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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ow0 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Cbf1-Met4-Met28 complex / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Dendooven, T.D. / Zhang, Z. / Yang, J. / McLaughlin, S. / Schwabb, J. / Scheres, S. / Yatskevich, S. / Barford, D. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere. 著者: Tom Dendooven / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / Johannes Schwab / Sjors H W Scheres / Stanislau Yatskevich / David Barford / ![]() 要旨: The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) ...The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) complex and the microtubule-binding outer kinetochore KNL1-MIS12-NDC80 (KMN) network. The budding yeast inner kinetochore also contains the DNA binding centromere-binding factor 1 (CBF1) and CBF3 complexes. We determined the cryo-electron microscopy structure of the yeast inner kinetochore assembled onto the centromere-specific centromere protein A nucleosomes (CENP-A). This revealed a central CENP-A with extensively unwrapped DNA ends. These free DNA duplexes bind two CCAN protomers, one of which entraps DNA topologically, positioned on the centromere DNA element I (CDEI) motif by CBF1. The two CCAN protomers are linked through CBF3 forming an arch-like configuration. With a structural mechanism for how CENP-A can also be linked to KMN involving only CENP-QU, we present a model for inner kinetochore assembly onto a point centromere and how it organizes the outer kinetochore for chromosome attachment to the mitotic spindle. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 DE
#1: DNA鎖 | 分子量: 47239.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 47194.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 5種, 10分子 bfdheagcAB
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 26885.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 39444.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CBF1, CEP1, CP1, CPF1, YJR060W, J1730 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-Inner kinetochore subunit ... , 13種, 13分子 HIKLNOPQTUWYZ
#8: タンパク質 | 分子量: 21166.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM16, YPR046W / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 84345.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 発現宿主: ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 27602.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 28093.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 52743.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 43028.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 発現宿主: ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 42841.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 発現宿主: ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 47427.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: OKP1, YGR179C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 41359.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CNN1, YFR046C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 37506.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 10255.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: WIP1, YDR374W-A / 発現宿主: ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 27006.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: NKP1, YDR383C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 17877.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: NKP2, YLR315W / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100311 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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