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- PDB-8ove: CRYO-EM STRUCTURE OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ove
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 snoRNA mutant
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 26
  • (60S ribosomal protein ...) x 33
  • (Ribosomal protein ...) x 8
  • 40S ribosomal proteins S11, putativeリボソーム
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • 60S ribosomal subunit protein L31, putativeリボソーム
  • E-SITE TRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • HIS-THR-CYS-THR
  • LSUb rRNA
  • LUS_alpha rRNA
  • Probable 40S ribosomal protein S9
  • Putative ribosomal protein S29
  • RNA-binding proteinRNA結合タンパク質
  • SSU rRNA
  • SrRNA 1
  • SrRNA 2
  • SrRNA 4
  • SrRNA 6
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / CRYO-EM (低温電子顕微鏡法) / TRYPANOSOMA BRUCEI (ブルーストリパノソーマ) / 80S RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 転写後修飾 / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / regulation of cytokinesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of cell growth / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / ribosome binding / regulation of cell population proliferation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / apoptotic process / 核小体 / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e signature. ...Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 60S ribosomal protein L27, putative / 60S ribosomal protein L18a / RNA結合タンパク質 / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein L14, putative / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / 40S ribosomal protein S27, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S21, putative / 40S ribosomal protein S5, putative / Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L17, putative / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S2, putative / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L37a, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S18, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L9, putative / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal proteins S11, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L36, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27a / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L11, putative / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L21E, putative / 40S ribosomal protein S33, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L7a / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L2, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L19, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative / 60S ribosomal protein L4 / Ribosomal protein S19, putative / 60S ribosomal protein L35A, putative / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L13a, putative / 40S ribosomal protein S13, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rajan, K.S. / Yonath, A.
資金援助 イスラエル, European Union, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation イスラエル
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A single pseudouridine on rRNA regulates ribosome structure and function in the mammalian parasite Trypanosoma brucei.
著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz ...著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz / Andre Rivalta / Ella Zimmerman / Ron Unger / Toshiaki Isobe / Ada Yonath / Shulamit Michaeli /
要旨: Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification ...Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification on rRNA in the two life stages of the parasite using four different genome-wide approaches. CRISPR-Cas9 knock-outs of all four snoRNAs guiding Ψ on helix 69 (H69) of the large rRNA subunit were lethal. A single knock-out of a snoRNA guiding Ψ530 on H69 altered the composition of the 80S monosome. These changes specifically affected the translation of only a subset of proteins. This study correlates a single site Ψ modification with changes in ribosomal protein stoichiometry, supported by a high-resolution cryo-EM structure. We propose that alteration in rRNA modifications could generate ribosomes preferentially translating state-beneficial proteins.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: SSU rRNA
AB: E-SITE TRNA
BA: LUS_alpha rRNA
BB: LSUb rRNA
BC: 5.8S rRNA
BD: 5S rRNA
BE: SrRNA 1
BP: 40S ribosomal protein L14, putative
BQ: Ribosomal protein L15
BR: 60S ribosomal protein L17, putative
BS: 60S ribosomal protein L18a
BT: 60S ribosomal protein L19, putative
BU: 60S ribosomal protein L21E, putative
BW: 60S ribosomal protein L23, putative
BY: Ribosomal protein L24
BX: 60S ribosomal protein L23a
BZ: 60S ribosomal protein L26, putative
Bp: 60S ribosomal protein L38, putative
Bq: 60S ribosomal protein L39, putative
Br: 60S ribosomal protein L4
Bt: 60S ribosomal protein L44
Bw: 60S ribosomal protein L7, putative
Bx: 60S ribosomal protein L7a
Bl: 60S ribosomal protein L35A, putative
Bu: 60S ribosomal protein L5, putative
By: 60S ribosomal protein L9, putative
A0: 40S ribosomal protein S3a
A2: 40S ribosomal protein S5, putative
A5: 40S ribosomal protein S8
AD: 40S ribosomal protein S10, putative
A8: Putative ribosomal protein S29
AE: 40S ribosomal proteins S11, putative
AG: 40S ribosomal protein S13, putative
AI: 40S ribosomal protein S15, putative
AH: 40S ribosomal protein S14
AJ: 40S ribosomal protein S15a, putative
AL: 40S ribosomal protein S17, putative
AM: 40S ribosomal protein S18, putative
AO: Ribosomal protein S19, putative
AP: 40S ribosomal protein S2, putative
AS: 40S ribosomal protein S23, putative
AU: 40S ribosomal protein S25
AX: 40S ribosomal protein S3, putative
AZ: 40S ribosomal protein S33, putative
A3: 40S ribosomal protein S6
AT: 40S ribosomal protein S24
A1: 40S ribosomal protein S4
AC: 40S ribosomal protein SA
Bc: 60S ribosomal protein L28, putative
Bz: Ribosomal protein L41
Bo: 60S ribosomal protein L37a, putative
Bn: Ribosomal protein L37
Bm: Ribosomal protein L36, putative
Bk: 60S ribosomal protein L35, putative
Bj: 60S ribosomal protein L34, putative
Bi: 60S ribosomal protein L32, putative
Bg: 60S ribosomal protein L30
Bd: 60S ribosomal protein L29
Bb: 60S ribosomal protein L27a
Ba: 60S ribosomal protein L27
BO: 60S ribosomal protein L13a, putative
BN: 60S ribosomal protein L13
BL: 60S ribosomal protein L11, putative
BK: 60S ribosomal protein L10, putative
BI: 60S ribosomal protein L18
Be: 60S ribosomal protein L2, putative
AK: 40S ribosomal protein S16, putative
A6: Probable 40S ribosomal protein S9
Bf: Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative
AY: 40S ribosomal protein S30
Bv: 60S ribosomal protein L6, putative
Bh: 60S ribosomal subunit protein L31, putative
BF: SrRNA 6
BG: SrRNA 2
BH: SrRNA 4
Bs: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
BV: 60S ribosomal protein L22, putative
Az: RNA-binding protein
AQ: Ribosomal protein S10
AR: 40S ribosomal protein S21, putative
AV: 40S ribosomal protein S26
AW: 40S ribosomal protein S27, putative
A4: 40S ribosomal protein S7
A7: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
A: HIS-THR-CYS-THR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,626,290326
ポリマ－3,619,89385
非ポリマー6,397241
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 10種, 10分子 AAABBABBBCBDBEBFBGBH

#1: RNA鎖 SSU rRNA


分子量: 734333.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
#2: RNA鎖 E-SITE TRNA


分子量: 6106.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
#3: RNA鎖 LUS_alpha rRNA


分子量: 619662.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
#4: RNA鎖 LSUb rRNA / LSU_beta rRNA


分子量: 494694.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
#5: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 67019.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: GenBank: 10527
#6: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38316.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: GenBank: 162230
#7: RNA鎖 SrRNA 1


分子量: 69132.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: GenBank: 10528
#73: RNA鎖 SrRNA 6


分子量: 24646.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: GenBank: 62359081
#74: RNA鎖 SrRNA 2


分子量: 59196.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: GenBank: 10528
#75: RNA鎖 SrRNA 4


分子量: 43694.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: GenBank: 10519

+
40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 BPA0A2A5ADAGAIAHAJALAMAPASAUAXAZA3ATA1ACAKAYARAVAWA4

#8: タンパク質 40S ribosomal protein L14, putative / リボソーム


分子量: 21521.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383F5
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 29477.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38BK6
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S5, putative / リボソーム


分子量: 21424.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385D9
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 25001.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57YL6
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative / リボソーム


分子量: 19322.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38B66
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S13, putative / リボソーム


分子量: 17347.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q586C2
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S15, putative / リボソーム


分子量: 17512.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57XN7
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S14 /


分子量: 15540.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P19800
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S15a, putative / リボソーム


分子量: 14669.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q580K6
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative / リボソーム


分子量: 16259.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q382Z8
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S18, putative / リボソーム


分子量: 17548.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38B69
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S2, putative / リボソーム


分子量: 28688.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q388D3
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative / リボソーム


分子量: 15963.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CD1
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S25 /


分子量: 12589.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57XX0
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S3, putative / リボソーム


分子量: 24259.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EW1
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S33, putative / リボソーム


分子量: 11186.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57U30
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 28507.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CL9
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15722.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AM9
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 30704.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q386F2
#48: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA


分子量: 31395.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383I8
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative / リボソーム


分子量: 17031.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57VV0
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 7454.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q584U5
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S21, putative / リボソーム


分子量: 21228.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385B8
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 12837.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q384J9
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S27, putative / リボソーム


分子量: 9648.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383V7
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 23889.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FD9

-
Ribosomal protein ... , 8種, 8分子 BQBYAOBzBnBmBfAQ

#9: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 26461.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CY7
#15: タンパク質 Ribosomal protein L24 /


分子量: 14633.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: O77067
#39: タンパク質 Ribosomal protein S19, putative / リボソーム


分子量: 18891.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q583K7
#50: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L41 / / eL41


分子量: 4348.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
#52: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 10128.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q386L1
#53: タンパク質 Ribosomal protein L36, putative / リボソーム


分子量: 12491.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CY6
#69: タンパク質 Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative / リボソーム


分子量: 48802.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q581Q1
#79: タンパク質 Ribosomal protein S10 / / uS10


分子量: 13377.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)

+
60S ribosomal protein ... , 33種, 33分子 BRBSBTBUBWBXBZBpBqBrBtBwBxBlBuByBcBoBkBjBiBgBdBbBaBOBNBLBKBI...

#10: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative / リボソーム


分子量: 19147.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385T6
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L18a /


分子量: 20950.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q382C4
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L19, putative / リボソーム


分子量: 29494.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57ZI7
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L21E, putative / リボソーム


分子量: 18043.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q4FKD4
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative / リボソーム


分子量: 14989.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DP2
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / / L25


分子量: 18211.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P41165
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L26, putative / リボソーム


分子量: 16497.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38D25
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L38, putative / リボソーム


分子量: 9527.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FV6
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L39, putative / リボソーム


分子量: 6567.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57UJ8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L4 /


分子量: 41941.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q582N2
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L44 /


分子量: 12488.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P17843
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L7, putative / リボソーム


分子量: 29416.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57V35
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L7a /


分子量: 30945.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57VM1
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L35A, putative / リボソーム


分子量: 17061.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q584G9
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative / リボソーム


分子量: 34710.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CY8
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L9, putative / リボソーム


分子量: 21897.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CD0
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L28, putative / リボソーム


分子量: 16901.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385E9
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L37a, putative / リボソーム


分子量: 10482.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AW9
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L35, putative / リボソーム


分子量: 15187.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FW8
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L34, putative / リボソーム


分子量: 19396.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383V6
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L32, putative / リボソーム


分子量: 15432.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CL1
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L30 /


分子量: 11531.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P49153
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L29 /


分子量: 8244.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383S6
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L27a /


分子量: 16307.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DN9
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15618.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q381J6
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L13a, putative / リボソーム


分子量: 25775.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q585J5
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 25491.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57V55
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L11, putative / リボソーム


分子量: 22420.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EI9
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L10, putative / リボソーム


分子量: 24785.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EC5
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L18 /


分子量: 21929.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P50885
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L2, putative / リボソーム


分子量: 28372.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57W56
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative / リボソーム


分子量: 21232.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q389K1
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L22, putative / リボソーム


分子量: 15288.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383R3

-
タンパク質 , 7種, 7分子 A8AEA6BhBsAzA7

#31: タンパク質 Putative ribosomal protein S29 /


分子量: 6744.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
#32: タンパク質 40S ribosomal proteins S11, putative / リボソーム


分子量: 20132.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CI4
#68: タンパク質 Probable 40S ribosomal protein S9


分子量: 22098.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P17959
#72: タンパク質 60S ribosomal subunit protein L31, putative / リボソーム


分子量: 21752.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DH8
#76: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14685.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P21899
#78: タンパク質 RNA-binding protein / RNA結合タンパク質


分子量: 30340.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: Q382D5
#84: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Activated protein kinase C receptor homolog


分子量: 34715.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
参照: UniProt: P69103

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#85: タンパク質・ペプチド HIS-THR-CYS-THR


分子量: 461.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)

-
非ポリマー , 4種, 564分子

#86: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#87: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#88: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#89: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S ribosomeEukaryotic ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#17, #19-#37, #39-#85 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1.16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 552813 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14V8M

4v8m

14V8M1PDBexperimental model
28A3W

8a3w

18A3W2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004217787
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.634319685
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.36175708
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03939817
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00520677

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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