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万見
- PDB-8jiw: Atomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jiw
タイトルAtomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 2
  • (40S ribosomal protein ...) x 22
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • 60S ribosomal protein L41
  • KH type-2 domain-containing protein
  • Mitogen-activated protein kinase分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ
  • Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein
  • S5 DRBM domain-containing protein
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Protein Synthesis Machinery / Eukaryotic Ribosome / Plant (植物)
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e ...40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / KHドメイン / Ribosomal protein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S17 / Uncharacterized protein ...: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S17 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S30 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / 40S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein eS32 / 40S ribosomal protein S7 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS7c / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Mishra, R.K. / Sharma, P. / Hussain, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes.
著者: Rishi Kumar Mishra / Prafful Sharma / Faisal Tarique Khaja / Adwaith B Uday / Tanweer Hussain /
要旨: Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high- ...Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high-resolution structures of the 60S and 80S ribosomes from wheat, a monocot staple crop plant (Triticum aestivum). While plant ribosomes have unique plant-specific rRNA modification (Cm1847) in the peptide exit tunnel (PET), the zinc-finger motif in eL34 is absent, and uL4 is extended, making an exclusive interaction network. We note differences in the eL15-helix 11 (25S) interaction, eL6-ES7 assembly, and certain rRNA chemical modifications between monocot and dicot ribosomes. In eukaryotes, we observe highly conserved rRNA modification (Gm75) in 5.8S rRNA and a flipped base (G1506) in PET. These features are likely involved in sensing or stabilizing nascent chain. Finally, we discuss the importance of the universal conservation of three consecutive rRNA modifications in all ribosomes for their interaction with A-site aminoacyl-tRNA.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Uday, A.B. / Khaja, F.T.
履歴
登録2023年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Ad: 18S rRNA
BA: 40S ribosomal protein SA
BB: 40S ribosomal protein S3a
BC: S5 DRBM domain-containing protein
BE: 40S ribosomal protein S4
BG: 40S ribosomal protein S6
BH: 40S ribosomal protein S7
BI: 40S ribosomal protein S8
BJ: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
BL: 40S ribosomal protein S11 N-terminal domain-containing protein
BN: Ribosomal protein S13/S15 N-terminal domain-containing protein
BO: 40S ribosomal protein S14
BR: 40S ribosomal protein S17
BV: 40S ribosomal protein S21
BW: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
BX: 40S ribosomal protein S23
BY: 40S ribosomal protein S24
Ba: 40S ribosomal protein S26
Bb: 40S ribosomal protein S27
Be: 40S ribosomal protein S30
Cn: 60S ribosomal protein L41
BD: KH type-2 domain-containing protein
BF: Ribosomal protein S7 domain-containing protein
BK: Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein
BP: 40S ribosomal protein S15
BQ: 40S ribosomal protein S16
BS: 40S ribosomal protein S18
BT: 40S ribosomal protein S19
BU: Ribosomal protein S10 domain-containing protein
Bc: 40S ribosomal protein S28
Bd: 40S ribosomal protein S29
Bg: Mitogen-activated protein kinase
BZ: 40S ribosomal protein S25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,178,904120
ポリマ－1,176,51233
非ポリマー2,39287
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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40S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 BABBBEBGBHBIBLBOBRBVBXBYBaBbBeBPBQBSBTBcBdBZ

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA


分子量: 32926.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6AV88
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 30043.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6IU74
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 30008.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5SLI4
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 28522.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5C8N6
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 22297.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K2
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 25185.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6C6G0
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S11 N-terminal domain-containing protein / リボソーム / Ribosomal S17 N domain-containing protein


分子量: 18135.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6QHW3
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / 40S ribosomal protein uS11


分子量: 16398.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6SS17
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S17 /


分子量: 16479.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5XY60
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9194.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EL62
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / / 40S ribosomal protein uS12


分子量: 15696.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FV77
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15739.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6PK86
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 15319.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6KQB8
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9583.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5HZ68
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 6934.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6S9M7
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / 40S ribosomal protein uS19


分子量: 17295.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LV48
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / / 40S ribosomal protein uS9


分子量: 16870.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6HX49
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / / 40S ribosomal protein uS13


分子量: 17676.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6TWW5
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S19 /


分子量: 17097.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FWF5
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / 40S ribosomal protein eS28


分子量: 7477.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5E8X2
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / / 40S ribosomal protein uS14


分子量: 6417.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5ZKM9
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S25 /


分子量: 10860.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6HY18

-
タンパク質 , 4種, 4分子 BCBDBKBg

#4: タンパク質 S5 DRBM domain-containing protein


分子量: 30482.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6N0N5
#22: タンパク質 KH type-2 domain-containing protein


分子量: 25398.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5I1R7
#24: タンパク質 Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein eS10


分子量: 20463.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5AUH7
#32: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ


分子量: 36314.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5Z4Q0

-
30S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BJBW

#9: タンパク質 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / リボソーム / 40S body ribosomal protein uS4


分子量: 22534.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FPA7
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / リボソーム / 40S ribosomal protein S15a-1


分子量: 14815.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: E2F3W4

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 BNBFBU

#11: タンパク質 Ribosomal protein S13/S15 N-terminal domain-containing protein / リボソーム


分子量: 17132.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5I035
#23: タンパク質 Ribosomal protein S7 domain-containing protein / リボソーム


分子量: 22350.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D067
#29: タンパク質 Ribosomal protein S10 domain-containing protein / リボソーム


分子量: 13036.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6K9W5

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AdCn

#1: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 584375.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: XR_006452643.1
#21: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 /


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P62124

-
非ポリマー , 3種, 87分子

#34: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#35: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#36: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The large subunit of wheat Ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample is the small subunit of wheat ribosome
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（補正後）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 44.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105563 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 71.8 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002173217
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5542106288
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.034113091
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00387652
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.309723327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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