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- PDB-8fr8: Structure of Mycobacterium smegmatis Rsh bound to a 70S translati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fr8
タイトルStructure of Mycobacterium smegmatis Rsh bound to a 70S translation initiation complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • 16S rRNA (1511-MER)
  • 23S rRNA (3119-MER)
  • 5S rRNA (118-MER)
  • GTP pyrophosphokinase RelA
  • fMet tRNA (77-MER)
  • mRNA伝令RNA
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / starvation sensing / RelA/SpoT homologue / Mycobacterium (マイコバクテリウム属) / 70S initiation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / kinase activity / 5S rRNA binding ...GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / kinase activity / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / リン酸化 / mRNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain profile. / ACT domain / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / ACT-like domain / HD domain profile. / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / HD domain / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL11 ...: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein bS18A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein bL33B / 50S ribosomal protein L28 / 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / GTP pyrophosphokinase RelA / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Majumdar, S. / Sharma, M.R. / Manjari, S.R. / Banavali, N.K. / Agrawal, R.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI132422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM61576 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Starvation sensing by mycobacterial RelA/SpoT homologue through constitutive surveillance of translation.
著者: Yunlong Li / Soneya Majumdar / Ryan Treen / Manjuli R Sharma / Jamie Corro / Howard B Gamper / Swati R Manjari / Jerome Prusa / Nilesh K Banavali / Christina L Stallings / Ya-Ming Hou / ...著者: Yunlong Li / Soneya Majumdar / Ryan Treen / Manjuli R Sharma / Jamie Corro / Howard B Gamper / Swati R Manjari / Jerome Prusa / Nilesh K Banavali / Christina L Stallings / Ya-Ming Hou / Rajendra K Agrawal / Anil K Ojha /
要旨: The stringent response, which leads to persistence of nutrient-starved mycobacteria, is induced by activation of the RelA/SpoT homolog (Rsh) upon entry of a deacylated-tRNA in a translating ribosome. ...The stringent response, which leads to persistence of nutrient-starved mycobacteria, is induced by activation of the RelA/SpoT homolog (Rsh) upon entry of a deacylated-tRNA in a translating ribosome. However, the mechanism by which Rsh identifies such ribosomes in vivo remains unclear. Here, we show that conditions inducing ribosome hibernation result in loss of intracellular Rsh in a Clp protease-dependent manner. This loss is also observed in nonstarved cells using mutations in Rsh that block its interaction with the ribosome, indicating that Rsh association with the ribosome is important for Rsh stability. The cryo-EM structure of the Rsh-bound 70S ribosome in a translation initiation complex reveals unknown interactions between the ACT domain of Rsh and components of the ribosomal L7/L12 stalk base, suggesting that the aminoacylation status of A-site tRNA is surveilled during the first cycle of elongation. Altogether, we propose a surveillance model of Rsh activation that originates from its constitutive interaction with the ribosomes entering the translation cycle.
履歴
登録2023年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
c: 50S ribosomal protein L33 2
y: 50S ribosomal protein L28
E: fMet tRNA (77-MER)
d: 30S ribosomal protein S19
B: 5S rRNA (118-MER)
j: 30S ribosomal protein S13
N: 50S ribosomal protein L16
3: 50S ribosomal protein eL31
A: 23S rRNA (3119-MER)
K: 50S ribosomal protein L2
L: 50S ribosomal protein L3
M: 50S ribosomal protein L4
O: 50S ribosomal protein L5
P: 50S ribosomal protein L6
Q: 50S ribosomal protein L9
R: 50S ribosomal protein L10
S: 50S ribosomal protein L11
T: 50S ribosomal protein L13
U: 50S ribosomal protein L14
V: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L17
D: 50S ribosomal protein L18
C: 50S ribosomal protein L19
W: 50S ribosomal protein L20
X: 50S ribosomal protein L21
Y: 50S ribosomal protein L22
Z: 50S ribosomal protein L23
1: 50S ribosomal protein L24
2: 50S ribosomal protein L25
4: 50S ribosomal protein L27
6: 50S ribosomal protein L29
7: 50S ribosomal protein L30
8: 50S ribosomal protein L32
0: 50S ribosomal protein L34
x: 50S ribosomal protein L35
F: 50S ribosomal protein L36
a: 16S rRNA (1511-MER)
b: 30S ribosomal protein S22
G: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
k: 30S ribosomal protein S9
l: 30S ribosomal protein S10
m: 30S ribosomal protein S11
n: 30S ribosomal protein S12
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S2
v: mRNA
I: GTP pyrophosphokinase RelA
H: 50S ribosomal protein L31
o: 30S ribosomal protein S18 1
9: 30S ribosomal protein S14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,345,27858
ポリマ－2,345,27858
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 cyN3KLMOPQRSTUVJDCWXYZ1246780xFH

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L33 2 / リボソーム


分子量: 6484.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R551
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 8729.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R552
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15498.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD8
#8: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein eL31 /


分子量: 2710.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTP4
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30008.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD4
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22621.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD1
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22346.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD2
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20588.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG1
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19165.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7F6
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L10 /


分子量: 13095.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS62
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14109.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS45
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16015.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP8
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSF9
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15383.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7G436
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13210.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL9
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 13580.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7FGD9
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV42
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 14035.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU6
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 10724.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R151
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12408.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD6
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10748.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD3
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG0
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 20331.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R3D2
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 8322.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R150
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7590.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD9
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6761.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG7
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6050.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R3I9
#34: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5391.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7K0
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7167.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU7
#36: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL4
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 9141.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R554

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 EBAav

#3: RNA鎖 fMet tRNA (77-MER)


分子量: 24780.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1329944645
#5: RNA鎖 5S rRNA (118-MER)


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#9: RNA鎖 23S rRNA (3119-MER)


分子量: 1011834.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#37: RNA鎖 16S rRNA (1511-MER)


分子量: 490111.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#54: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 6502.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 djbGefghiklmnpqrtuo9

#4: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 9379.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13374.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL5
#38: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S22 / / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein


分子量: 4033.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2G8BJD4
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 23617.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD7
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23284.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL7
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 18481.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG6
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2U9Q0X2
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17529.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS97
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14361.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG3
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14093.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP9
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11252.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7I7K4Z0
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 12151.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL6
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13678.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS96
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10236.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVQ3
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 12635.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV37
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 10680.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSE0
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9424.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R102
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 25576.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVB8
#57: タンパク質 30S ribosomal protein S18 1 / リボソーム


分子量: 9449.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R549
#58: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11661.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R550

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タンパク質 , 1種, 1分子 I

#55: タンパク質 GTP pyrophosphokinase RelA


分子量: 88057.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: relA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: I7FCZ4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome bound to Rsh, and initiator tRNA-fMet
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 66.59 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0-beta-2粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.8.8 ELモデルフィッティング
10RELION4.0-beta-2最終オイラー角割当
11RELION4.0-beta-2分類
12RELION4.0-beta-2３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1928609
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36321 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005165983
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.611248351
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.9165121
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03731750
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00513531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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