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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f25 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Lumazine synthase nanoparticle linked to VP8* antigen | ||||||
要素 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseLumazine synthase | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Rotavirus (ロタウイルス) / VP8* / lumazine synthase / nanoparticle (ナノ粒子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Mangala Prasad, V. / Lee, K.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2023 タイトル: mRNA-based VP8* nanoparticle vaccines against rotavirus are highly immunogenic in rodents. 著者: Sandro Roier / Vidya Mangala Prasad / Monica M McNeal / Kelly K Lee / Benjamin Petsch / Susanne Rauch / 要旨: Despite the availability of live-attenuated oral vaccines, rotavirus remains a major cause of severe childhood diarrhea worldwide. Due to the growing demand for parenteral rotavirus vaccines, we ...Despite the availability of live-attenuated oral vaccines, rotavirus remains a major cause of severe childhood diarrhea worldwide. Due to the growing demand for parenteral rotavirus vaccines, we developed mRNA-based vaccine candidates targeting the viral spike protein VP8*. Our monomeric P2 (universal T cell epitope)-VP8* mRNA design is equivalent to a protein vaccine currently in clinical development, while LS (lumazine synthase)-P2-VP8* was designed to form nanoparticles. Cyro-electron microscopy and western blotting-based data presented here suggest that proteins derived from LS-P2-VP8* mRNA are secreted in vitro and self-assemble into 60-mer nanoparticles displaying VP8*. mRNA encoded VP8* was immunogenic in rodents and introduced both humoral and cellular responses. LS-P2-VP8* induced superior humoral responses to P2-VP8* in guinea pigs, both as monovalent and trivalent vaccines, with encouraging responses detected against the most prevalent P genotypes. Overall, our data provide evidence that trivalent LS-P2-VP8* represents a promising mRNA-based next-generation rotavirus vaccine candidate. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f25.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f25.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f25.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/8f25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/8f25 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 28807MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16728.186 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: ribH, aq_132 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O66529, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lumazine synthase nanoparticle linked to rotatvirus VP8* protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 2.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Phosphate Buffer Saline |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: monodisperse sample in PBS |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 284 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 135718 / 詳細: Automated particle picking | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1936 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: Rigid body fitting followed by default Real space refinement in phenix with only rigid body fitting and occupancy refinement | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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