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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bys | ||||||
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タイトル | Outer membrane attachment porin OmpM1 from Veillonella parvula, native | ||||||
要素 | S-layer homology domain-containing protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Outer membrane attachment / porin (ポリン (タンパク質)) / peptidoglycan-binding / nutrient transport | ||||||
機能・相同性 | S層 / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / S-layer homology domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Veillonella parvula (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | ||||||
データ登録者 | Silale, A. / van den Berg, B. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Dual function of OmpM as outer membrane tether and nutrient uptake channel in diderm Firmicutes. 著者: Augustinas Silale / Yiling Zhu / Jerzy Witwinowski / Robert E Smith / Kahlan E Newman / Satya P Bhamidimarri / Arnaud Baslé / Syma Khalid / Christophe Beloin / Simonetta Gribaldo / Bert van den Berg / 要旨: The outer membrane (OM) in diderm, or Gram-negative, bacteria must be tethered to peptidoglycan for mechanical stability and to maintain cell morphology. Most diderm phyla from the Terrabacteria ...The outer membrane (OM) in diderm, or Gram-negative, bacteria must be tethered to peptidoglycan for mechanical stability and to maintain cell morphology. Most diderm phyla from the Terrabacteria group have recently been shown to lack well-characterised OM attachment systems, but instead have OmpM, which could represent an ancestral tethering system in bacteria. Here, we have determined the structure of the most abundant OmpM protein from Veillonella parvula (diderm Firmicutes) by single particle cryogenic electron microscopy. We also characterised the channel properties of the transmembrane β-barrel of OmpM and investigated the structure and PG-binding properties of its periplasmic stalk region. Our results show that OM tethering and nutrient acquisition are genetically linked in V. parvula, and probably other diderm Terrabacteria. This dual function of OmpM may have played a role in the loss of the OM in ancestral bacteria and the emergence of monoderm bacterial lineages. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bys.cif.gz | 206.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bys.ent.gz | 150.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bys.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8bys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8bys | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46547.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア) 株: SKV38 遺伝子: D3219_09385, DWV36_08570, FNLLGLLA_01389, GL281_07935, HMPREF1865_01844 発現宿主: Veillonella parvula (バクテリア) / 株 (発現宿主): SKV38 / Variant (発現宿主): ompM1-3 deletion strain / 参照: UniProt: A0A100YN03 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Outer membrane attachment porin OmpM1 trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.13 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Veillonella parvula (バクテリア) / 株: SKV38 |
由来(組換発現) | 生物種: Veillonella parvula (バクテリア) / 株: SKV38 |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM HEPES-NaOH, 100 mM NaCl, 0.12% decyl maltoside |
試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 240000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6505 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144245 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |