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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bn3 | |||||||||
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タイトル | Yeast 80S, ES7s delta, eIF5A, Stm1 containing | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / eIF5A / Stm1 / Rpl41A / delta ES7s | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding ...positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal subunit export from nucleus / translation regulator activity / translation elongation factor activity / 90S preribosome / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / オートファジー / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nucleic acid binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Dimitrova-Paternoga, L. / Paternoga, H. / Wilson, D.N. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Evolving precision: rRNA expansion segment 7S modulates translation velocity and accuracy in eukaryal ribosomes. 著者: Robert Rauscher / Cristian Eggers / Lyudmila Dimitrova-Paternoga / Vaishnavi Shankar / Alessia Rosina / Marina Cristodero / Helge Paternoga / Daniel N Wilson / Sebastian A Leidel / Norbert Polacek / 要旨: Ribosome-enhanced translational miscoding of the genetic code causes protein dysfunction and loss of cellular fitness. During evolution, open reading frame length increased, necessitating mechanisms ...Ribosome-enhanced translational miscoding of the genetic code causes protein dysfunction and loss of cellular fitness. During evolution, open reading frame length increased, necessitating mechanisms for enhanced translation fidelity. Indeed, eukaryal ribosomes are more accurate than bacterial counterparts, despite their virtually identical, conserved active centers. During the evolution of eukaryotic organisms ribosome expansions at the rRNA and protein level occurred, which potentially increases the options for translation regulation and cotranslational events. Here we tested the hypothesis that ribosomal RNA expansions can modulate the core function of the ribosome, faithful protein synthesis. We demonstrate that a short expansion segment present in all eukaryotes' small subunit, ES7S, is crucial for accurate protein synthesis as its presence adjusts codon-specific velocities and guarantees high levels of cognate tRNA selection. Deletion of ES7S in yeast enhances mistranslation and causes protein destabilization and aggregation, dramatically reducing cellular fitness. Removal of ES7S did not alter ribosome architecture but altered the structural dynamics of inter-subunit bridges thus affecting A-tRNA selection. Exchanging the yeast ES7S sequence with the human ES7S increases accuracy whereas shortening causes the opposite effect. Our study demonstrates that ES7S provided eukaryal ribosomes with higher accuracy without perturbing the structurally conserved decoding center. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bn3.cif.gz | 5.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bn3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8bn3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bn3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 16127MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+60S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 BPL2L3L6L7L8M3M4M6M7M8M9N0N1N2N3N5N7N8N9O0O1O3O5O6O9Q0Q2Q3
+タンパク質 , 21種, 21分子 S5C5D0D8S2C7D2D6D9L4L5L9M0M1M5N4O2O8SMeIE1
-Small ribosomal subunit protein ... , 9種, 9分子 C0S0S1S6S9C1D1SRS4
#3: タンパク質 | 分子量: 11585.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08745 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 27920.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905 |
#16: タンパク質 | 分子量: 24312.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PRY4 |
#19: タンパク質 | 分子量: 25895.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37 |
#22: タンパク質 | 分子量: 21210.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516 |
#23: タンパク質 | 分子量: 17668.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47 |
#28: タンパク質 | 分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8 |
#36: タンパク質 | 分子量: 34710.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011 |
#80: タンパク質 | 分子量: 29338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35 |
-40S ribosomal protein ... , 13種, 13分子 C4C8D5S3S7S8C3C6C9D3D4D7E0
#4: タンパク質 | 分子量: 13446.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39516 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 16940.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX55 |
#8: タンパク質 | 分子量: 8001.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZ18 |
#18: タンパク質 | 分子量: 24702.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3Q1 |
#20: タンパク質 | 分子量: 21000.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786 |
#21: タンパク質 | 分子量: 21147.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0J9X221 |
#24: タンパク質 | 分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756 |
#25: タンパク質 | 分子量: 15659.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX51 |
#27: タンパク質 | 分子量: 15810.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280 |
#30: タンパク質 | 分子量: 15942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29 |
#31: タンパク質 | 分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31 |
#33: タンパク質 | 分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997 |
#35: タンパク質 | 分子量: 6779.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX33 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 3412
#11: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886537 |
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#12: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1331532632 |
#13: RNA鎖 | 分子量: 1022006.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
#14: RNA鎖 | 分子量: 559592.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-Large ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 N6O4O7Q1
#60: タンパク質 | 分子量: 14134.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743 |
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#68: タンパク質 | 分子量: 12479.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262 |
#71: タンパク質 | 分子量: 9675.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166 |
#75: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX87 |
-非ポリマー , 6種, 2113分子
#82: 化合物 | ChemComp-MG / #83: 化合物 | ChemComp-K / #84: 化合物 | ChemComp-3HE / | #85: 化合物 | #86: 化合物 | ChemComp-ZN / #87: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dormant yeast 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME Entity ID: #11-#12, #1, #10, #15-#18, #80, #2, #19-#22, #3, #23-#24, #4-#5, #25-#26, #6, #27, #7, #28-#31, #8, #32-#33, #9, #34-#35, #81, #36, #38, #40-#44, #46-#48, #50-#62, #64-#67, #69-#70, #72-#79 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 80S peak from Sucrose gradient |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 254202 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127945 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Correlation coefficient |