+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zpl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Symmetric dimer of influenza A/H7N9 polymerase bound to 5' vRNA hook | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza (インフルエンザ) / H7N9 (H7N9亜型) / viral RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ ...symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
データ登録者 | Cusack, S. / Kouba, T. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Direct observation of backtracking by influenza A and B polymerases upon consecutive incorporation of the nucleoside analog T1106. 著者: Tomas Kouba / Anna Dubankova / Petra Drncova / Elisa Donati / Pietro Vidossich / Valentina Speranzini / Alex Pflug / Johanna Huchting / Chris Meier / Marco De Vivo / Stephen Cusack / 要旨: The antiviral pseudo-base T705 and its de-fluoro analog T1106 mimic adenine or guanine and can be competitively incorporated into nascent RNA by viral RNA-dependent RNA polymerases. Although ...The antiviral pseudo-base T705 and its de-fluoro analog T1106 mimic adenine or guanine and can be competitively incorporated into nascent RNA by viral RNA-dependent RNA polymerases. Although dispersed, single pseudo-base incorporation is mutagenic, consecutive incorporation causes polymerase stalling and chain termination. Using a template encoding single and then consecutive T1106 incorporation four nucleotides later, we obtained a cryogenic electron microscopy structure of stalled influenza A/H7N9 polymerase. This shows that the entire product-template duplex backtracks by 5 nt, bringing the singly incorporated T1106 to the +1 position, where it forms an unexpected T1106:U wobble base pair. Similar structures show that influenza B polymerase also backtracks after consecutive T1106 incorporation, regardless of whether prior single incorporation has occurred. These results give insight into the unusual mechanism of chain termination by pyrazinecarboxamide base analogs. Consecutive incorporation destabilizes the proximal end of the product-template duplex, promoting irreversible backtracking to a more energetically favorable overall configuration. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zpl.cif.gz | 529.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7zpl.ent.gz | 409.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zpl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpl | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 14857MC 7qtlC 7r0eC 7r1fC 7zpmC 8bdrC 8be0C 8bekC 8bf5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82930.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9) / 遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: M9TI86, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 86496.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9) / 遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: M9TLW3, RNA依存性RNAポリメラーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 86007.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MERIKELRDLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPALRMKWMMAMKYPITADKRIMEMIPERNEQGQTLWSK TNDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPTTSTVHYPKVYKTYFEKVERLKHGTFGPVHFRNQVKIRRRVDINPGHADLSAKEAQ ...詳細: MERIKELRDLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPALRMKWMMAMKYPITADKRIMEMIPERNEQGQTLWSK TNDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPTTSTVHYPKVYKTYFEKVERLKHGTFGPVHFRNQVKIRRRVDINPGHADLSAKEAQ DVIMEVVFPNEVGARILTSESQLTITKEKKKELQDCKIAPLMVAYMLERELVRKTRFLPVAGGTSSVYIEVLHLTQGTCW EQMYTPGGEVRNDDVDQSLIIAARNIVRRATVSADPLASLLEMCHSTQIGGVRMVDILRQNPTEEQAVDICKAAMGLRIS SSFSFGGFTFKRTSGSSVKREEEVLTGNLQTLKIRVHEGYEEFTMVGRRATAILRKATRRLIQLIVSGKDEQSIAEAIIV AMVFSQEDCMIKAVRGDLNFVNRANQRLNPMHQLLRHFQKDAKVLFQNWGIEPIDNVMGMIGILPDMTPSTEMSLRGVRV SKMGVDEYSSTERVVVSIDRFLRVRDQRGNVLLSPEEVSETQGTEKLTITYSSSMMWEINGPESVLVNTYQWIIRNWENV KIQWSQDPTMLYNKMEFEPFQSLVPKAARGQYSGFVRVLFQQMRDVLGTFDTVQIIKLLPFAAAPPEQSRMQFSSLTVNV RGSGMRIVVRGNSPVFNYNKATKRLTVLGKDAGALMEDPDEGTAGVESAVLRGFLILGKENKRYGPALSINELSNLAKGE KANVLIGQGDVVLVMKRKRDSSILTDSQTATKRIRMAIN 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9) / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: X5F427 #4: RNA鎖 | 分子量: 4557.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) #5: 化合物 | ChemComp-MG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Symmetric dimer of influenza A/H7N9 polymerase bound to 5' vRNA hook タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.51 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58775 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|