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万見
- PDB-7z49: The capsid of bacteriophage SU10. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z49
タイトルThe capsid of bacteriophage SU10.
要素Major head protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / bacteriophage (ファージ) / capsid (カプシド) / major capsid protein
機能・相同性Protein of unknown function DUF5309 / Family of unknown function (DUF5309) / Major head protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Siborova, M. / Fuzik, T. / Prochazkova, M. / Novacek, J. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLL1906 チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Tail proteins of phage SU10 reorganize into the nozzle for genome delivery.
著者: Marta Šiborová / Tibor Füzik / Michaela Procházková / Jiří Nováček / Martin Benešík / Anders S Nilsson / Pavel Plevka /
要旨: Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses ...Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses elongate upon cell attachment. Here we show that the virion of SU10 has a prolate head, containing genome and ejection proteins, and a tail, which is formed of portal, adaptor, nozzle, and tail needle proteins and decorated with long and short fibers. The binding of the long tail fibers to the receptors in the outer bacterial membrane induces the straightening of nozzle proteins and rotation of short tail fibers. After the re-arrangement, the nozzle proteins and short tail fibers alternate to form a nozzle that extends the tail by 28 nm. Subsequently, the tail needle detaches from the nozzle proteins and five types of ejection proteins are released from the SU10 head. The nozzle with the putative extension formed by the ejection proteins enables the delivery of the SU10 genome into the bacterial cytoplasm. It is likely that this mechanism of genome delivery, involving the formation of the tail nozzle, is employed by all Kuraviruses.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月23日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年4月19日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
AA: Major head protein
AB: Major head protein
AC: Major head protein
AD: Major head protein
AE: Major head protein
AF: Major head protein
AG: Major head protein
AH: Major head protein
AI: Major head protein
AJ: Major head protein
AK: Major head protein
AL: Major head protein
AM: Major head protein
AN: Major head protein
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AP: Major head protein
AQ: Major head protein
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AX: Major head protein
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BP: Major head protein
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BW: Major head protein
BX: Major head protein
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CB: Major head protein
CC: Major head protein
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CI: Major head protein
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CK: Major head protein
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CM: Major head protein
CN: Major head protein
CO: Major head protein
CP: Major head protein
CQ: Major head protein
CR: Major head protein
CS: Major head protein
CT: Major head protein
CU: Major head protein
CV: Major head protein
CW: Major head protein
CX: Major head protein
CY: Major head protein
CZ: Major head protein
DA: Major head protein
DB: Major head protein
DC: Major head protein
DD: Major head protein
DE: Major head protein
DF: Major head protein
DG: Major head protein
DH: Major head protein
DI: Major head protein
DJ: Major head protein
DK: Major head protein
DL: Major head protein
DM: Major head protein
DN: Major head protein
DO: Major head protein
DP: Major head protein
DQ: Major head protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,668,56395
ポリマ－3,668,56395
非ポリマー00
水0
1
AA: Major head protein
AB: Major head protein
AC: Major head protein
AD: Major head protein
AE: Major head protein
AF: Major head protein
AG: Major head protein
AH: Major head protein
AI: Major head protein
AJ: Major head protein
AK: Major head protein
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AM: Major head protein
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AO: Major head protein
AP: Major head protein
AQ: Major head protein
AR: Major head protein
AS: Major head protein
AT: Major head protein
AU: Major head protein
AV: Major head protein
AW: Major head protein
AX: Major head protein
AY: Major head protein
AZ: Major head protein
BA: Major head protein
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BC: Major head protein
BD: Major head protein
BE: Major head protein
BF: Major head protein
BG: Major head protein
BH: Major head protein
BI: Major head protein
BJ: Major head protein
BK: Major head protein
BL: Major head protein
BM: Major head protein
BN: Major head protein
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BP: Major head protein
BQ: Major head protein
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BT: Major head protein
BU: Major head protein
BV: Major head protein
BW: Major head protein
x 10
BX: Major head protein
BY: Major head protein
BZ: Major head protein
CA: Major head protein
CB: Major head protein
CC: Major head protein
CD: Major head protein
CE: Major head protein
CF: Major head protein
CG: Major head protein
CH: Major head protein
CI: Major head protein
CJ: Major head protein
CK: Major head protein
CL: Major head protein
CM: Major head protein
CN: Major head protein
CO: Major head protein
CP: Major head protein
CQ: Major head protein
CR: Major head protein
CS: Major head protein
CT: Major head protein
CU: Major head protein
CV: Major head protein
CW: Major head protein
CX: Major head protein
CY: Major head protein
CZ: Major head protein
DA: Major head protein
DB: Major head protein
DC: Major head protein
DD: Major head protein
DE: Major head protein
DF: Major head protein
DG: Major head protein
DH: Major head protein
DI: Major head protein
DJ: Major head protein
DK: Major head protein
DL: Major head protein
DM: Major head protein
DN: Major head protein
DO: Major head protein
DP: Major head protein
DQ: Major head protein
x 5


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, C10 sym, 電子顕微鏡法, C5 sym
  • 27.8 MDa, 720 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,803,849720
ポリマ－27,803,849720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5552
point symmetry operation13

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要素

#1: タンパク質 ...
Major head protein


分子量: 38616.457 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
参照: UniProt: A0A0B4N1Q7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 27.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia phage vB_EcoP_SU10 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMtrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
210 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
310 mMcalcium chlorideCaCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: PFU 10^11
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10ISOLDEモデル精密化
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 25689
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9418 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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