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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x2g | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb nAb 2E6 (CVB1-E:2E6) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Coxsackievirus B1 / Neutralizing antiboy / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Q. / Zhu, R. / Sun, H. / Cheng, T. / Li, S. / Xia, N. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the synergistic neutralization of coxsackievirus B1 by a triple-antibody cocktail. 著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Longfa Xu / Hui Sun / Hai Yu / Yuanyuan Wu / Yichao Jiang / Qiongzi Huang / Yang Huang / Dongqing Zhang / Liqin Liu / Hongwei Yang / Maozhou He / ...著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Longfa Xu / Hui Sun / Hai Yu / Yuanyuan Wu / Yichao Jiang / Qiongzi Huang / Yang Huang / Dongqing Zhang / Liqin Liu / Hongwei Yang / Maozhou He / Zhenhong Zhou / Yanan Jiang / Zhenqin Chen / Huan Zhao / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Lizhi Zhou / Tingting Li / Jun Zhang / Wenxin Luo / Ying Gu / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Coxsackievirus B1 (CVB1) is an emerging pathogen associated with severe neonatal diseases including aseptic meningitis, myocarditis, and pancreatitis and also with the development of type 1 diabetes. ...Coxsackievirus B1 (CVB1) is an emerging pathogen associated with severe neonatal diseases including aseptic meningitis, myocarditis, and pancreatitis and also with the development of type 1 diabetes. We characterize the binding and therapeutic efficacies of three CVB1-specific neutralizing antibodies (nAbs) identified for their ability to inhibit host receptor engagement. High-resolution cryo-EM structures showed that these antibodies recognize different epitopes but with an overlapping region in the capsid VP2 protein and specifically the highly variable EF loop. Moreover, they perturb capsid-receptor interactions by binding various viral particle forms. Antibody combinations achieve synergetic neutralization via a stepwise capsid transition and virion disruption, indicating dynamic changes in the virion in response to multiple nAbs targeting the receptor-binding site. Furthermore, this three-antibody cocktail protects against lethal challenge in neonatal mice and limits pancreatitis and viral replication in a non-obese diabetic mouse model. These results illustrate the utility of nAbs for rational design of therapeutics against picornaviruses such as CVB. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x2g.cif.gz | 164 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x2g.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7x2g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/7x2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/7x2g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 32967MC 7x2iC 7x2oC 7x2tC 7x2wC 7x37C 7x38C 7x3cC 7x3dC 7x3eC 7x3fC 7x40C 7x42C 7x46C 7x47C 7x49C 7x4kC 7x4mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 11720.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 13091.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 31207.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: W8GTF7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 29122.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: A0A2S0RQC2 |
#5: タンパク質 | 分子量: 26328.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: L7UV52, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 2E6 (CVB1-E:2E6) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
由来(組換発現) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3259: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4561 / 対称性のタイプ: POINT |