[日本語] English
万見
- PDB-7qid: tentative model of the human insulin receptor ectodomain bound by... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qid
タイトルtentative model of the human insulin receptor ectodomain bound by three insulin
要素
  • (Insulinインスリン) x 2
  • Insulin receptorインスリン受容体
  • Isoform Short of Insulin receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / cell surface receptor (細胞表面受容体) / insulin (インスリン) / tyrosine kinase receptor (受容体型チロシンキナーゼ) / glucose homeostasis / hormone (ホルモン) / diabetes (糖尿病)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of developmental growth / insulin-like growth factor II binding / male sex determination / exocrine pancreas development / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / positive regulation of protein-containing complex disassembly ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of developmental growth / insulin-like growth factor II binding / male sex determination / exocrine pancreas development / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / insulin receptor activity / positive regulation of protein-containing complex disassembly / cargo receptor activity / dendritic spine maintenance / insulin binding / PTB domain binding / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / adrenal gland development / negative regulation of fatty acid metabolic process / neuronal cell body membrane / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / IRS activation / activation of protein kinase activity / Insulin processing / regulation of protein secretion / amyloid-beta clearance / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / regulation of embryonic development / positive regulation of receptor internalization / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / transport across blood-brain barrier / insulin receptor substrate binding / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / epidermis development / negative regulation of protein secretion / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / fatty acid homeostasis / regulation of protein localization to plasma membrane / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of gluconeogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase binding / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / heart morphogenesis / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / dendrite membrane / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / positive regulation of mitotic nuclear division / receptor-mediated endocytosis / Insulin receptor signalling cascade / 学習 / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / Regulation of insulin secretion / カベオラ / acute-phase response / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of proteolysis / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / regulation of synaptic plasticity / insulin receptor binding / negative regulation of protein catabolic process / receptor internalization / hormone activity / 受容体型チロシンキナーゼ / 記憶 / cellular response to growth factor stimulus / 認識 / positive regulation of neuron projection development / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / peptidyl-tyrosine phosphorylation
類似検索 - 分子機能
Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. ...Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
インスリン / インスリン受容体 / Isoform Short of Insulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å
データ登録者Gutman, T. / Schaefer, I.B. / Poojari, C.S. / Vattulainen, I. / Strauss, M. / Coskun, U.
資金援助European Union, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)251981924TRR83European Union
German Research Foundation (DFG)347368302 FOR2682European Union
European Research Council (ERC)CROWDED-PRO-LIPIDSEuropean Union
Academy of FinlandEuropean Union
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the complete and ligand-saturated insulin receptor ectodomain.
著者: Theresia Gutmann / Ingmar B Schäfer / Chetan Poojari / Beate Brankatschk / Ilpo Vattulainen / Mike Strauss / Ünal Coskun /
要旨: Glucose homeostasis and growth essentially depend on the hormone insulin engaging its receptor. Despite biochemical and structural advances, a fundamental contradiction has persisted in the current ...Glucose homeostasis and growth essentially depend on the hormone insulin engaging its receptor. Despite biochemical and structural advances, a fundamental contradiction has persisted in the current understanding of insulin ligand-receptor interactions. While biochemistry predicts two distinct insulin binding sites, 1 and 2, recent structural analyses have resolved only site 1. Using a combined approach of cryo-EM and atomistic molecular dynamics simulation, we present the structure of the entire dimeric insulin receptor ectodomain saturated with four insulin molecules. Complementing the previously described insulin-site 1 interaction, we present the first view of insulin bound to the discrete insulin receptor site 2. Insulin binding stabilizes the receptor ectodomain in a T-shaped conformation wherein the membrane-proximal domains converge and contact each other. These findings expand the current models of insulin binding to its receptor and of its regulation. In summary, we provide the structural basis for a comprehensive description of ligand-receptor interactions that ultimately will inform new approaches to structure-based drug design.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin receptor
B: Isoform Short of Insulin receptor
C: Insulin receptor
D: Isoform Short of Insulin receptor
E: Insulin
F: Insulin
K: Insulin
L: Insulin
I: Insulin
J: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,81110
ポリマ－225,81110
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Insulin receptor / インスリン受容体 / IR


分子量: 82551.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P06213, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: タンパク質 Isoform Short of Insulin receptor / IR


分子量: 21627.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P06213-2, 受容体型チロシンキナーゼ
#3: タンパク質・ペプチド Insulin / インスリン


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#4: タンパク質・ペプチド Insulin / インスリン


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: insulin receptor ectodomain with three insulin bound
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.37 MDa / 実験値: YES
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影平均露光時間: 10.2 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 51

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50079 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316221
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62522021
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.1076000
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442394
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042870

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る