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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ptl | ||||||
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タイトル | Mature conformer of a 6-helix bundle of RNA with clasp | ||||||
要素 | Chains: B | ||||||
キーワード | RNA (リボ核酸) / origami (折り紙) / nanostructure (ナノ構造体) | ||||||
機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||
データ登録者 | McRae, E.K.S. / Andersen, E.S. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2023 タイトル: Structure, folding and flexibility of co-transcriptional RNA origami. 著者: Ewan K S McRae / Helena Østergaard Rasmussen / Jianfang Liu / Andreas Bøggild / Michael T A Nguyen / Nestor Sampedro Vallina / Thomas Boesen / Jan Skov Pedersen / Gang Ren / Cody Geary / Ebbe Sloth Andersen / 要旨: RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the ...RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the method further, an improved understanding of RNA structural properties and folding principles is required. Here we use cryogenic electron microscopy to study RNA origami sheets and bundles at sub-nanometre resolution revealing structural parameters of kissing-loop and crossover motifs, which are used to improve designs. In RNA bundle designs, we discover a kinetic folding trap that forms during folding and is only released after 10 h. Exploration of the conformational landscape of several RNA designs reveal the flexibility of helices and structural motifs. Finally, sheets and bundles are combined to construct a multidomain satellite shape, which is characterized by individual-particle cryo-electron tomography to reveal the domain flexibility. Together, the study provides a structural basis for future improvements to the design cycle of genetically encoded RNA nanodevices. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ptl.cif.gz | 501.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ptl.ent.gz | 388.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ptl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13630MC 7ptkC 7ptqC 7ptsC 7qduC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 231958.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mature conformer of a 6-helix bundle of RNA with clasp タイプ: COMPLEX 詳細: In vitro transcribed RNA purified by SEC. This is the mature conformer. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.232 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: Freshly prepared and filtered through 0.22 micron filter prior to use. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was purified by size exclusion chromatography and concentrated in an Amicon spin concentrator. | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 294 K 詳細: 3 microlitre droplet, 4 second delay before blotting, 6 second blot, 0 second delay before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8359 / 詳細: Images were collected as 56 frame movies. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Patch CTF estimation (multi) from cryoSPARC. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1476537 詳細: Particle picking was performed using the template picker from cryoSPARC with templates generated from an ab initio model from the same dataset. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 337099 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 303 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient 詳細: Helical templates and tetraloops were generated in RNAbuild. Kissing loops were modelling based on the PDB:2D1B structure. A combination of PHENIX RSR and ISOLDE were used to arrive at the final structure. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 265.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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