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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p3x | ||||||
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タイトル | Homology model of the full-length AP-3 complex in a compact open conformation | ||||||
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機能・相同性 | ![]() AP-3 adaptor complex / clathrin adaptor complex / Golgi to vacuole transport / protein targeting to vacuole / membrane coat / vesicle-mediated transport / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schubert, E. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Flexible open conformation of the AP-3 complex explains its role in cargo recruitment at the Golgi. 著者: Jannis Schoppe / Evelyn Schubert / Amir Apelbaum / Erdal Yavavli / Oliver Birkholz / Heike Stephanowitz / Yaping Han / Angela Perz / Oliver Hofnagel / Fan Liu / Jacob Piehler / Stefan Raunser ...著者: Jannis Schoppe / Evelyn Schubert / Amir Apelbaum / Erdal Yavavli / Oliver Birkholz / Heike Stephanowitz / Yaping Han / Angela Perz / Oliver Hofnagel / Fan Liu / Jacob Piehler / Stefan Raunser / Christian Ungermann / ![]() 要旨: Vesicle formation at endomembranes requires the selective concentration of cargo by coat proteins. Conserved adapter protein complexes at the Golgi (AP-3), the endosome (AP-1), or the plasma membrane ...Vesicle formation at endomembranes requires the selective concentration of cargo by coat proteins. Conserved adapter protein complexes at the Golgi (AP-3), the endosome (AP-1), or the plasma membrane (AP-2) with their conserved core domain and flexible ear domains mediate this function. These complexes also rely on the small GTPase Arf1 and/or specific phosphoinositides for membrane binding. The structural details that influence these processes, however, are still poorly understood. Here we present cryo-EM structures of the full-length stable 300 kDa yeast AP-3 complex. The structures reveal that AP-3 adopts an open conformation in solution, comparable to the membrane-bound conformations of AP-1 or AP-2. This open conformation appears to be far more flexible than AP-1 or AP-2, resulting in compact, intermediate, and stretched subconformations. Mass spectrometrical analysis of the cross-linked AP-3 complex further indicates that the ear domains are flexibly attached to the surface of the complex. Using biochemical reconstitution assays, we also show that efficient AP-3 recruitment to the membrane depends primarily on cargo binding. Once bound to cargo, AP-3 clustered and immobilized cargo molecules, as revealed by single-molecule imaging on polymer-supported membranes. We conclude that its flexible open state may enable AP-3 to bind and collect cargo at the Golgi and could thus allow coordinated vesicle formation at the trans-Golgi upon Arf1 activation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 251.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110903.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS5975 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 91712.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS2762 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 21951.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3239, PACBIOSEQ_LOCUS3310, SCNYR20_0009016500, SCP684_0009016000 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 54899.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: APM3, YKS6, YBR288C, YBR2035 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes pH 7.4 150 mM NaCl 1.5 mM MgCl2 |
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: The sample was blotted using a 2.5 s blotting time and 0 blotting force with 100% humidity at 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 81 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 958892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 23039 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |