+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kpx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the yeast CKM | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of filamentous growth / positive regulation of transcription by galactose / CKM complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y.C. / Chao, T.C. / Kim, H.J. / Cholko, T. / Chen, S.F. / Nakanishi, K. / Chang, C.E. / Murakami, K. / Garcia, B.A. / Boyer, T.G. / Tsai, K.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and noncanonical Cdk8 activation mechanism within an Argonaute-containing Mediator kinase module. 著者: Yi-Chuan Li / Ti-Chun Chao / Hee Jong Kim / Timothy Cholko / Shin-Fu Chen / Guojie Li / Laura Snyder / Kotaro Nakanishi / Chia-En Chang / Kenji Murakami / Benjamin A Garcia / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai / ![]() 要旨: The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic ...The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic mutations causative for neurodevelopmental disorders and cancer congregate in CKM subunits. However, the structure of the intact CKM and the mechanism by which Cdk8 is non-canonically activated and functionally affected by oncogenic CKM alterations are poorly understood. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of CKM that redefines prior CKM structural models and explains the mechanism of Med12-dependent Cdk8 activation. Med12 interacts extensively with CycC and activates Cdk8 by stabilizing its activation (T-)loop through conserved Med12 residues recurrently mutated in human tumors. Unexpectedly, Med13 has a characteristic Argonaute-like bi-lobal architecture. These findings not only provide a structural basis for understanding CKM function and pathological dysfunction, but also further impute a previously unknown regulatory mechanism of Mediator in transcriptional modulation through its Med13 Argonaute-like features. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 505.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 384.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62940.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P39073, ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 41136.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Authors introduced a tag to the C-terminus of the chain B protein in the yeast genome. So the promoter of the chain B is still its endogenous promoter. They did not use a plasmid for protein expression 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47821 |
#3: タンパク質 | 分子量: 167049.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25648 |
#4: タンパク質 | 分子量: 160175.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38931 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: yeast CDK8 complex![]() |
---|---|
分子量 | 値: 0.43 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Hepes pH 7.4, 200 mM NaCl, and 0.005% NP-40 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 815542 | |||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138178 / 対称性のタイプ: POINT |