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- PDB-7kh1: Baseplate Complex for Myoviridae Phage XM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kh1
タイトルBaseplate Complex for Myoviridae Phage XM1
要素
  • (baseplate wedge protein, ...) x 2
  • baseplate organization protein, gp11
  • baseplate stabilizing protein, gp12
  • tail sheath initiator protein, gp15
  • tail sheath protein, gp6
  • tail tube protein, gp7
キーワードVIRUS (ウイルス) / Myoviridae / Phage (ファージ) / Baseplate complex (三脚)
生物種Vibrio phage XM1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, Z. / Klose, T. / Jiang, W. / Kuhn, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structure of Vibrio phage XM1, a simple contractile DNA injection machine
著者: Wang, Z. / Fokine, A. / Guo, X. / Jiang, W. / Rossmann, M.G. / Kuhn, R.J. / Luo, Z.H. / Klose, T.
履歴
登録2020年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22873
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22873
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: tail tube protein, gp7
B1: tail tube protein, gp7
C1: tail tube protein, gp7
D1: tail tube protein, gp7
E1: tail tube protein, gp7
F1: tail tube protein, gp7
A2: baseplate wedge protein, gp17
B2: baseplate wedge protein, gp17
C2: baseplate wedge protein, gp17
D2: baseplate wedge protein, gp17
E2: baseplate wedge protein, gp17
F2: baseplate wedge protein, gp17
A3: baseplate organization protein, gp11
B3: baseplate organization protein, gp11
C3: baseplate organization protein, gp11
D3: baseplate organization protein, gp11
E3: baseplate organization protein, gp11
F3: baseplate organization protein, gp11
A4: baseplate stabilizing protein, gp12
B4: baseplate stabilizing protein, gp12
C4: baseplate stabilizing protein, gp12
D4: baseplate stabilizing protein, gp12
E4: baseplate stabilizing protein, gp12
F4: baseplate stabilizing protein, gp12
A5: baseplate wedge protein, gp16
B5: baseplate wedge protein, gp16
C5: baseplate wedge protein, gp16
D5: baseplate wedge protein, gp16
E5: baseplate wedge protein, gp16
F5: baseplate wedge protein, gp16
G5: baseplate wedge protein, gp16
H5: baseplate wedge protein, gp16
I5: baseplate wedge protein, gp16
J5: baseplate wedge protein, gp16
K5: baseplate wedge protein, gp16
L5: baseplate wedge protein, gp16
A6: tail sheath protein, gp6
B6: tail sheath protein, gp6
C6: tail sheath protein, gp6
D6: tail sheath protein, gp6
E6: tail sheath protein, gp6
F6: tail sheath protein, gp6
A7: tail sheath initiator protein, gp15
B7: tail sheath initiator protein, gp15
C7: tail sheath initiator protein, gp15
D7: tail sheath initiator protein, gp15
E7: tail sheath initiator protein, gp15
F7: tail sheath initiator protein, gp15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,434,34648
ポリマ－1,434,34648
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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26given(-0.999981984843, -0.00556735659048, -0.00224377566601), (0.00556836691865, -0.999984397829, -0.000444285063222), (-0.00224126716486, -0.000456771225549, 0.999997384037)213.275630941, 213.536831792, 0.182057441642
27given(0.496740329195, -0.86789661041, -0.00212579144805), (0.867899030127, 0.496737140402, 0.00186731082571), (-0.00056467317122, -0.00277254093028, 0.999995997072)146.307602768, -38.2714240351, 0.47920784878
28given(0.495166820154, 0.868797708327, -0.000601850992681), (-0.868797904755, 0.495166809789, -0.000176571983966), (0.00014461130099, 0.000610319469245, 0.999999803299)-39.6622434636, 146.302654947, -0.145940775677
29given(-0.499266674083, -0.866439115576, 0.00400588947088), (0.866446481733, -0.499269914051, 0.000217290450558), (0.00181175114602, 0.00357937471882, 0.999991952785)251.536108569, 68.3297025147, -0.564132701402
30given(-0.504671364512, 0.863311521433, 0.000175506098633), (-0.863310003358, -0.504670072748, -0.00198891312993), (-0.00162847894464, -0.00115526367378, 0.999998006709)67.2652238048, 253.021220723, 0.242384008273

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要素

-
タンパク質 , 5種, 30分子 A1B1C1D1E1F1A3B3C3D3E3F3A4B4C4D4E4F4A6B6C6D6E6F6A7B7C7D7E7F7

#1: タンパク質
tail tube protein, gp7


分子量: 15665.332 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#3: タンパク質
baseplate organization protein, gp11


分子量: 27675.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#4: タンパク質
baseplate stabilizing protein, gp12


分子量: 13733.485 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#6: タンパク質
tail sheath protein, gp6


分子量: 53006.762 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#7: タンパク質
tail sheath initiator protein, gp15


分子量: 13392.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)

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Baseplate wedge protein, ... , 2種, 18分子 A2B2C2D2E2F2A5B5C5D5E5F5G5H5I5J5K5L5

#2: タンパク質
baseplate wedge protein, gp17


分子量: 27419.787 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#5: タンパク質
baseplate wedge protein, gp16


分子量: 44082.316 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vibrio phage XM1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Vibrio rotiferianus
ウイルス殻名称: capsidカプシド / 直径: 640 nm / 三角数 (T数): 7
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
9PHENIXモデル精密化
11jspr最終オイラー角割当
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16068 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 114.9 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009598910
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9347134508
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05415750
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005517598
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.76913506
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2B1ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000694393022894
ens_1d_3C1ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0006911169827
ens_1d_4D1ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708880230873
ens_1d_5A1ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703867570836
ens_1d_6F1ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706089274347
ens_2d_2A2ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000711227034052
ens_2d_3E2ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00069657712371
ens_2d_4D2ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706670290573
ens_2d_5F2ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707550725229
ens_2d_6C2ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000710295600912
ens_3d_2B3ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000424680357421
ens_3d_3C3ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703022136274
ens_3d_4D3ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070331816913
ens_3d_5A3ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706744383148
ens_3d_6F3ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707880342826
ens_4d_2A4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000691933204684
ens_4d_3C4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000694216767632
ens_4d_4D4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000694985731837
ens_4d_5F4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070222918319
ens_4d_6E4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701122410811
ens_5d_2B6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712025446389
ens_5d_3C6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706246430749
ens_5d_4D6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00047547179968
ens_5d_5E6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00069957006379
ens_5d_6F6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070340744468
ens_6d_2E7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709324490223
ens_6d_3C7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000729566592542
ens_6d_4A7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000686906848093
ens_6d_5D7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000715118830917
ens_6d_6F7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000715820714918

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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