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万見
- PDB-5zdh: CryoEM structure of ETEC Pilotin-Secretin AspS-GspD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zdh
タイトルCryoEM structure of ETEC Pilotin-Secretin AspS-GspD complex
要素
  • Type II secretion system lipoproteinType II secretion system
  • Type II secretion system protein DType II secretion system
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Pilotin / Secretin (セクレチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / : / GspD-like, N0 domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily ...Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / : / GspD-like, N0 domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Secretin GspD 2 / Pilotin AspS 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O78:H11
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yin, M. / Yan, Z. / Li, X.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural insight into the assembly of the type II secretion system pilotin-secretin complex from enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Meng Yin / Zhaofeng Yan / Xueming Li /
要旨: Secretin is a large outer-membrane channel found in secretion systems of Gram-negative bacteria, facilitating the last step for transfer of proteins into the extracellular environment. In the type II ...Secretin is a large outer-membrane channel found in secretion systems of Gram-negative bacteria, facilitating the last step for transfer of proteins into the extracellular environment. In the type II secretion system, a lipoprotein called pilotin is essential to bind and target its corresponding secretin to the outer membrane. However, there is only limited structural information available about the interaction and assembly of the pilotin-secretin complex. Here we report the first near-atomic-resolution structure of a full-length Vibrio-type pilotin-secretin (AspS-GspD) complex from enterotoxigenic Escherichia coli by cryo-electron microscopy, which reveals the detailed assembly mode of the full-length pilotin-secretin complex. The AspS subunits attach to the secretin channel surface with a 15:15 stoichiometric ratio to GspD subunits, and insert their amino terminus into the outer membrane. The AspS subunits interact with all three secondary structural elements of the S domain of GspD, including strong interaction with the carboxy-terminal α-helix and weak interactions with another two elements, an α-helix and a loop. These structural and biochemical details provide a deeper insight to pilotin-secretin interaction and their assembly mode.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6917
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretion system protein D
B: Type II secretion system protein D
C: Type II secretion system protein D
D: Type II secretion system protein D
E: Type II secretion system protein D
F: Type II secretion system protein D
G: Type II secretion system protein D
H: Type II secretion system protein D
I: Type II secretion system protein D
J: Type II secretion system protein D
K: Type II secretion system protein D
L: Type II secretion system protein D
M: Type II secretion system protein D
N: Type II secretion system protein D
O: Type II secretion system protein D
P: Type II secretion system lipoprotein
Q: Type II secretion system lipoprotein
R: Type II secretion system lipoprotein
S: Type II secretion system lipoprotein
T: Type II secretion system lipoprotein
U: Type II secretion system lipoprotein
V: Type II secretion system lipoprotein
W: Type II secretion system lipoprotein
X: Type II secretion system lipoprotein
Y: Type II secretion system lipoprotein
Z: Type II secretion system lipoprotein
a: Type II secretion system lipoprotein
b: Type II secretion system lipoprotein
c: Type II secretion system lipoprotein
d: Type II secretion system lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,228,29930
ポリマ－1,228,29930
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area208830 Å2
ΔGint-1061 kcal/mol
Surface area374130 Å2

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要素

#1: タンパク質
Type II secretion system protein D / Type II secretion system / GspD


分子量: 69700.820 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O78:H11 (strain H10407 / ETEC) (大腸菌)
株: H10407 / ETEC / 遺伝子: ETEC_3237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3PJ86
#2: タンパク質
Type II secretion system lipoprotein / Type II secretion system / AspS


分子量: 12185.780 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O78:H11 (strain H10407 / ETEC) (大腸菌)
株: H10407 / ETEC / 遺伝子: ETEC_3239 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3PJ88

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pilotin-Secretin Complex Asps-GspD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: CTFFIND / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37928 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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