[日本語] English
万見
- PDB-7f2p: The head structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP40 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f2p
タイトルThe head structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP40
要素
  • Cement protein gp16
  • KHP40 MCP
キーワードVIRUS (ウイルス) / CAPSID (カプシド) / PHAGE (ファージ) / PHAGE HEAD / CRYOEM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性Protein of unknown function DUF4043 / Protein of unknown function (DUF4043) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter phage KHP40 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kamiya, R. / Uchiyama, J. / Matsuzaki, S. / Murata, K. / Iwasaki, K. / Miyazaki, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K18521 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06154 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Acid-stable capsid structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP30 by single-particle cryoelectron microscopy.
著者: Ryosuke Kamiya / Jumpei Uchiyama / Shigenobu Matsuzaki / Kazuyoshi Murata / Kenji Iwasaki / Naoyuki Miyazaki /
要旨: The acid-stable capsid structures of Helicobacter pylori phages KHP30 and KHP40 are solved at 2.7 and 3.0 Å resolutions by cryoelectron microscopy, respectively. The capsids have icosahedral T = 9 ...The acid-stable capsid structures of Helicobacter pylori phages KHP30 and KHP40 are solved at 2.7 and 3.0 Å resolutions by cryoelectron microscopy, respectively. The capsids have icosahedral T = 9 symmetry and consist of each 540 copies of 2 structural proteins, a major capsid protein, and a cement protein. The major capsid proteins form 12 pentagonal capsomeres occupying icosahedral vertexes and 80 hexagonal capsomeres located at icosahedral faces and edges. The major capsid protein has a unique protruding loop extending to the neighboring subunit that stabilizes hexagonal capsomeres. Furthermore, the capsid is decorated with trimeric cement proteins with a jelly roll motif. The cement protein trimer sits on the quasi-three-fold axis formed by three major capsid protein capsomeres, thereby enhancing the particle stability by connecting these capsomeres. Sequence and structure comparisons between the related Helicobacter pylori phages suggest a possible mechanism of phage adaptation to the human gastric environment.
履歴
登録2021年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30800
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30800
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Cement protein gp16
2: Cement protein gp16
3: Cement protein gp16
4: Cement protein gp16
5: Cement protein gp16
6: Cement protein gp16
7: Cement protein gp16
8: Cement protein gp16
9: Cement protein gp16
a: KHP40 MCP
b: KHP40 MCP
c: KHP40 MCP
d: KHP40 MCP
e: KHP40 MCP
f: KHP40 MCP
g: KHP40 MCP
h: KHP40 MCP
i: KHP40 MCP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)506,92318
ポリマ－506,92318
非ポリマー00
水0
1
1: Cement protein gp16
2: Cement protein gp16
3: Cement protein gp16
4: Cement protein gp16
5: Cement protein gp16
6: Cement protein gp16
7: Cement protein gp16
8: Cement protein gp16
9: Cement protein gp16
a: KHP40 MCP
b: KHP40 MCP
c: KHP40 MCP
d: KHP40 MCP
e: KHP40 MCP
f: KHP40 MCP
g: KHP40 MCP
h: KHP40 MCP
i: KHP40 MCP
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,415,4071080
ポリマ－30,415,4071080
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Cement protein gp16
2: Cement protein gp16
3: Cement protein gp16
4: Cement protein gp16
5: Cement protein gp16
6: Cement protein gp16
7: Cement protein gp16
8: Cement protein gp16
9: Cement protein gp16
a: KHP40 MCP
b: KHP40 MCP
c: KHP40 MCP
d: KHP40 MCP
e: KHP40 MCP
f: KHP40 MCP
g: KHP40 MCP
h: KHP40 MCP
i: KHP40 MCP
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.53 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,534,61790
ポリマ－2,534,61790
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Cement protein gp16
2: Cement protein gp16
3: Cement protein gp16
4: Cement protein gp16
5: Cement protein gp16
6: Cement protein gp16
7: Cement protein gp16
8: Cement protein gp16
9: Cement protein gp16
a: KHP40 MCP
b: KHP40 MCP
c: KHP40 MCP
d: KHP40 MCP
e: KHP40 MCP
f: KHP40 MCP
g: KHP40 MCP
h: KHP40 MCP
i: KHP40 MCP
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.04 MDa, 108 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,041,541108
ポリマ－3,041,541108
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Cement protein gp16


分子量: 13469.469 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter phage KHP40 (ファージ) / 参照: UniProt: I7GUT5
#2: タンパク質
KHP40 MCP


分子量: 42855.359 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter phage KHP40 (ファージ) / 参照: UniProt: I7HFY0

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Helicobacter phage KHP40 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Helicobacter phage KHP40 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6772 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00734710
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75946980
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.6244752
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0525416
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056064

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る