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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bbh | |||||||||
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タイトル | Structure of Coronavirus Spike from Smuggled Guangdong Pangolin | |||||||||
要素 | Surface glycoprotein | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Coronavirus / Pangolin / Spike / Smuggled / DSP | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pangolin coronavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wrobel, A.G. / Benton, D.J. / Rosenthal, P.B. / Gamblin, S.J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure and binding properties of Pangolin-CoV spike glycoprotein inform the evolution of SARS-CoV-2. 著者: Antoni G Wrobel / Donald J Benton / Pengqi Xu / Lesley J Calder / Annabel Borg / Chloë Roustan / Stephen R Martin / Peter B Rosenthal / John J Skehel / Steven J Gamblin / 要旨: Coronaviruses of bats and pangolins have been implicated in the origin and evolution of the pandemic SARS-CoV-2. We show that spikes from Guangdong Pangolin-CoVs, closely related to SARS-CoV-2, bind ...Coronaviruses of bats and pangolins have been implicated in the origin and evolution of the pandemic SARS-CoV-2. We show that spikes from Guangdong Pangolin-CoVs, closely related to SARS-CoV-2, bind strongly to human and pangolin ACE2 receptors. We also report the cryo-EM structure of a Pangolin-CoV spike protein and show it adopts a fully-closed conformation and that, aside from the Receptor-Binding Domain, it resembles the spike of a bat coronavirus RaTG13 more than that of SARS-CoV-2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bbh.cif.gz | 574.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bbh.ent.gz | 481.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bbh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bbh_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bbh_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bbh_validation.xml.gz | 95.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bbh_validation.cif.gz | 144.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138407.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pangolin coronavirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6M3G9R1 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pangolin Coronavirus Spike Ectodomain Trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.41 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pangolin coronavirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 51.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2.14 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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