[日本語] English
万見
- PDB-7aml: RET/GDNF/GFRa1 extracellular complex Cryo-EM structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aml
タイトルRET/GDNF/GFRa1 extracellular complex Cryo-EM structure
要素
  • GDNF family receptor alphaGFRα
  • Glial cell line-derived neurotrophic factorグリア細胞株由来神経栄養因子
  • Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードSIGNALING PROTEIN / VERTEBRATE DEVELOPMENT / PART OF THE RET-GFL-GFRA COMPLEX / NEUROTROPHIC FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


branchiomeric skeletal muscle development / pronephros morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / : / diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding ...branchiomeric skeletal muscle development / pronephros morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / : / diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / enteric nervous system development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / 蠕動 / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / mRNA stabilization / metanephros development / positive regulation of kinase activity / axon extension / 神経堤 / branching involved in ureteric bud morphogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / MAP kinase kinase kinase activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / growth factor activity / 受容体型チロシンキナーゼ / receptor tyrosine kinase binding / neuron projection development / signaling receptor activity / nervous system development / protein-containing complex assembly / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / 神経繊維 / calcium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / グリア細胞株由来神経栄養因子 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain ...: / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / グリア細胞株由来神経栄養因子 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cadherin repeats. / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Cystine-knot cytokine / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / GDNF family receptor alpha / グリア細胞株由来神経栄養因子
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Adams, S.E. / Earl, C.P. / Purkiss, A.G. / McDonald, N.Q.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick Institute10115 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A two-site flexible clamp mechanism for RET-GDNF-GFRα1 assembly reveals both conformational adaptation and strict geometric spacing.
著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh ...著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh / Francesca M Houghton / Svend Kjær / Neil Q McDonald /
要旨: RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET ...RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET stimulating its cytoplasmic kinase function. The principles for RET ligand-co-receptor recognition are incompletely understood. Here, we report a crystal structure of the cadherin-like module (CLD1-4) from zebrafish RET revealing interdomain flexibility between CLD2 and CLD3. Comparison with a cryo-electron microscopy structure of a ligand-engaged zebrafish RET-GDNF-GFRα1a complex indicates conformational changes within a clade-specific CLD3 loop adjacent to the co-receptor. Our observations indicate that RET is a molecular clamp with a flexible calcium-dependent arm that adapts to different GFRα co-receptors, while its rigid arm recognizes a GFL dimer to align both membrane-proximal cysteine-rich domains. We also visualize linear arrays of RET-GDNF-GFRα1a suggesting that a conserved contact stabilizes higher-order species. Our study reveals that ligand-co-receptor recognition by RET involves both receptor plasticity and strict spacing of receptor dimers by GFL ligands.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11822
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11822
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
B: GDNF family receptor alpha
C: Glial cell line-derived neurotrophic factor
E: GDNF family receptor alpha
F: Glial cell line-derived neurotrophic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,53830
ポリマ－241,6786
非ポリマー3,86024
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "D"
d_2ens_1chain "A"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYPROL1 - 596
d_12ens_1NAGNAGM
d_13ens_1NAGNAGN
d_14ens_1NAGNAGO
d_15ens_1NAGNAGP
d_16ens_1NAGNAGQ
d_17ens_1NAGNAGR
d_18ens_1NAGNAGS
d_21ens_1GLYPROA1 - 596
d_22ens_1NAGNAGB
d_23ens_1NAGNAGC
d_24ens_1NAGNAGD
d_25ens_1NAGNAGE
d_26ens_1NAGNAGF
d_27ens_1NAGNAGG
d_28ens_1NAGNAGH
d_11ens_2ARGGLYI1 - 304
d_21ens_2ARGGLYT1 - 304
d_11ens_3GLNVALJ1 - 98
d_12ens_3NAGNAGK
d_21ens_3GLNVALU1 - 98
d_22ens_3NAGNAGV

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999998415374, -0.00177998617107), (0.00177998726659, -0.999998415153), (0.999999998882)179.366558691, 165.967286175, -0.179739366316
2given(-0.999720161988, -0.00942115824473, -0.0216988362036), (0.00923448692586, -0.999919626719, 0.00868702211368), (-0.021778934007, 0.00848421353545, 0.999726810761)181.27484087, 165.214413934, 0.41746535266
3given(-0.999989199402, 0.00464761817397), (0.000133492566125, -0.999736963592, 0.0229343804838), (0.00464577856382, 0.0229347532013, 0.999726169427)179.221881202, 165.271640213, -2.39670297898

-
要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret


分子量: 69536.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: ret, ret1 / プラスミド: pBacPAK-LL-zRETECD-3C-Protein-A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): IPLB-Sf21-AE
参照: UniProt: A8E7C6, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: タンパク質 GDNF family receptor alpha / GFRα


分子量: 39735.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: gfra1a, gfralpha1a / プラスミド: pBacPAK-LL-zGFRa1aD1-D3-3C-ProteinA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): IPLB-Sf21-AE / 参照: UniProt: Q98TT9
#3: タンパク質 Glial cell line-derived neurotrophic factor / グリア細胞株由来神経栄養因子 / zGDNF


分子量: 11567.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: gdnf / プラスミド: pBacPAK-LL-melittin-zGDNFmat-3C-ProteinA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): IPLB-Sf21-AE / 参照: UniProt: Q98TU0
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ternary complex of RET extracellular domain with GDNF and GFRa1 ligand-coreceptor pair
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.24 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: IPLB-Sf21-AE / プラスミド: pBacPAK
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン(HOCH2)3CNH21
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMcalcium chlorideCaCL21
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Crosslinked using the GraFIX method with a gradient of 0-0.1% glutaraldehyde, 5-20% sucrose. Further purified by size exclusion chromatography.
試料支持詳細: 45 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: 90 s wait time, 5 s blot time

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 46296 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 48.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12475
詳細: 6105 movies were collected without stage tilt, 6375 movies were collected with a tilt angle of 30 degrees.
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2Gautomatch粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFIND4.1CTF補正
8PHENIX1.18.2モデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11cryoSPARC2最終オイラー角割当
12cryoSPARC2分類
13cryoSPARC2３次元再構成
20PHENIX1.18.2モデル精密化
21Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2549540
詳細: 1156517 particles picked from 0 tilt data, 1393023 particles picked from 30-degree tilt data
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 382547 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7AB8

7ab8

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 37.37 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00516330
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.81922104
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.6296156
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0572486
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042872
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.303118945511
ens_2d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0448414218699
ens_3d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.422740336666

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る