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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rqc | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an MCM loading intermediate | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Orc1 removal from chromatin / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication ...CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Orc1 removal from chromatin / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / single-stranded DNA helicase activity / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Miller, T.C.R. / Locke, J. / Costa, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of head-to-head MCM double-hexamer formation revealed by cryo-EM. 著者: Thomas C R Miller / Julia Locke / Julia F Greiwe / John F X Diffley / Alessandro Costa / ![]() 要旨: In preparation for bidirectional DNA replication, the origin recognition complex (ORC) loads two hexameric MCM helicases to form a head-to-head double hexamer around DNA. The mechanism of MCM double- ...In preparation for bidirectional DNA replication, the origin recognition complex (ORC) loads two hexameric MCM helicases to form a head-to-head double hexamer around DNA. The mechanism of MCM double-hexamer formation is debated. Single-molecule experiments have suggested a sequential mechanism, in which the ORC-dependent loading of the first hexamer drives the recruitment of the second hexamer. By contrast, biochemical data have shown that two rings are loaded independently via the same ORC-mediated mechanism, at two inverted DNA sites. Here we visualize MCM loading using time-resolved electron microscopy, and identify intermediates in the formation of the double hexamer. We confirm that both hexamers are recruited via the same interaction that occurs between ORC and the C-terminal domains of the MCM helicases. Moreover, we identify the mechanism of coupled MCM loading. The loading of the first MCM hexamer around DNA creates a distinct interaction site, which promotes the engagement of ORC at the N-terminal homodimerization interface of MCM. In this configuration, ORC is poised to direct the recruitment of the second hexamer in an inverted orientation, which is suitable for the formation of the double hexamer. Our results therefore reconcile the two apparently contrasting models derived from single-molecule experiments and biochemical data. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Origin recognition complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 108612.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence includes an N-terminal CBP-tag and TEV cleavage site. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ORC1, YML065W / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 71342.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ORC2, RRR1, SIR5, YBR060C, YBR0523 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 72161.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ORC3, OAF1, OIF1, YLL004W, L1365 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 60772.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ORC4, YPR162C, P9325.5 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 55347.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ORC5, YNL261W, N0834 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 50369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ORC6, AAP1, YHR118C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467
#7: タンパク質 | 分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 111720.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence includes an N-terminal CBP-tag and TEV cleavage site. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 5
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#13: DNA鎖 | 分子量: 27116.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
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#14: DNA鎖 | 分子量: 27154.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 15分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#15: 化合物 | ![]() #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-ADP / ![]() #18: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 288 K 詳細: 10 second incubation, 3.5 seconds single side blotting. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.68 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177637 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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