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万見
- PDB-6hiz: Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hiz
タイトルCryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the head of the small mitoribosomal subunit
要素
  • (Unknown protein) x 2
  • RNA (143-MER)
  • mS29
  • mS33
  • mS35
  • mS48
  • mS49
  • mS50
  • mS52
  • mS53
  • mS54
  • mS55
  • mS57
  • mS58
  • mS59
  • mS67
  • mS69
  • mS70
  • mS71
  • mS72
  • uS10m
  • uS11m
  • uS14m
  • uS18m
  • uS19m
  • uS3m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitoribosome / translation (翻訳 (生物学)) / Trypanosoma (トリパノソーマ) / small ribosomal subunit / 9S rRNA / ribosomal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / thiosulfate sulfurtransferase activity / キネトプラスト / nuclear lumen / mRNA stabilization / ciliary plasm / mitochondrial small ribosomal subunit / 転写後修飾 / mitochondrion organization ...mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / thiosulfate sulfurtransferase activity / キネトプラスト / nuclear lumen / mRNA stabilization / ciliary plasm / mitochondrial small ribosomal subunit / 転写後修飾 / mitochondrion organization / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Rhodanese-like domain / LysM domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Rhodanese-like domain / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S9 ...Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Rhodanese-like domain / LysM domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Rhodanese-like domain / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / スペルミジン / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein ...グアノシン三リン酸 / スペルミジン / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / LysM domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Leibundgut, M. / Bieri, P. / Prange, C. / Horn, E.K. / Leitner, A. / Boehringer, A. / Schneider, A. / Ban, N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Evolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes.
著者: David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0233
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
DA: mS48
DL: mS59
DB: mS49
DC: mS50
DE: mS52
DF: mS53
DG: mS54
DH: mS55
DJ: mS57
DK: mS58
DT: mS67
DV: mS69
DW: mS70
DX: mS71
DY: mS72
CC: uS3m
CI: uS9m
CJ: uS10m
CK: uS11m
CN: uS14m
CR: uS18m
CS: uS19m
Cg: mS29
Ci: mS33
Ck: mS35
CA: RNA (143-MER)
UO: Unknown protein
UP: Unknown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,650,36735
ポリマ－1,648,99628
非ポリマー1,3717
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 25種, 25分子 DADLDBDCDEDFDGDHDJDKDTDVDWDXDYCCCICJCKCNCRCSCgCiCk

#1: タンパク質 mS48


分子量: 201811.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UJ2
#2: タンパク質 mS59


分子量: 35395.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38BS2
#3: タンパク質 mS49


分子量: 137234.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q586P5
#4: タンパク質 mS50


分子量: 131719.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57YB5
#5: タンパク質 mS52


分子量: 85012.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q386Q7
#6: タンパク質 mS53


分子量: 75338.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38ET1
#7: タンパク質 mS54


分子量: 72046.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57ZP8
#8: タンパク質 mS55


分子量: 66676.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q580V1
#9: タンパク質 mS57


分子量: 45956.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q584U8
#10: タンパク質 mS58


分子量: 35623.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38BP1
#11: タンパク質 mS67


分子量: 30096.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q586G5
#12: タンパク質 mS69


分子量: 21589.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UZ6
#13: タンパク質 mS70


分子量: 21247.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q383N9
#14: タンパク質 mS71


分子量: 20093.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q383G5
#15: タンパク質 mS72


分子量: 19317.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57YD4
#16: タンパク質 uS3m


分子量: 9070.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Mitochondrial gene uS3m (MURF-5)
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#17: タンパク質 uS9m


分子量: 50128.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57W62
#18: タンパク質 uS10m


分子量: 94351.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57Z45
#19: タンパク質 uS11m


分子量: 37925.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q389T7
#20: タンパク質 uS14m


分子量: 19900.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q580I0
#21: タンパク質 uS18m


分子量: 36988.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38AS2
#22: タンパク質 uS19m


分子量: 28364.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q584T8
#23: タンパク質 mS29


分子量: 57048.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q585C2
#24: タンパク質 mS33


分子量: 21244.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57WW0
#25: タンパク質 mS35


分子量: 98377.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q387C7

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 CA

#26: RNA鎖 RNA (143-MER)


分子量: 195379.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: GenBank: 343546

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 UOUP

#27: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#28: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Variant: Lister 427

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#29: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#30: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / ウリジン三リン酸


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#31: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#32: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#33: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: head of the T. brucei mitoribosome small subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.25 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
株: Lister 427
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
12RELION３次元再構成
13Cootモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101308 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 45 / プロトコル: AB INITIO MODEL
詳細: We used Coot and O for initial model building and refined the structure using Phenix

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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