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万見
- PDB-5nej: CryoEM Structure of Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nej
タイトルCryoEM Structure of Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa
要素
  • (O1 Manisa VP1) x 2
  • O1 Manisa VP2
  • O1 Manisa VP3
キーワードVIRUS (ウイルス) / Foot and Mouth Disease Virus (口蹄疫ウイルス) / FMDV (口蹄疫ウイルス) / OpanAsia
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / modulation by virus of host chromatin organization / : / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / regulation of translation / monoatomic ion channel activity ...icosahedral viral capsid / modulation by virus of host chromatin organization / : / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / regulation of translation / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / イレギュラー / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kotecha, A. / Stuart, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100525/1 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus.
著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_sample_support / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3631
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3631
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: O1 Manisa VP3
4: O1 Manisa VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3404
ポリマ－80,3404
非ポリマー00
水0
1
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: O1 Manisa VP3
4: O1 Manisa VP1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,820,389240
ポリマ－4,820,389240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: O1 Manisa VP3
4: O1 Manisa VP1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 402 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,69920
ポリマ－401,69920
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: O1 Manisa VP3
4: O1 Manisa VP1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 482 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,03924
ポリマ－482,03924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 O1 Manisa VP1


分子量: 23222.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: Q6PMW3
#2: タンパク質 O1 Manisa VP2


分子量: 24417.510 Da / 分子数: 1 / Mutation: S93Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: Q6PMW3
#3: タンパク質 O1 Manisa VP3


分子量: 23933.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: Q80B23, UniProt: Q6PMW3*PLUS
#4: タンパク質 O1 Manisa VP1


分子量: 8766.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: E1ACS1, UniProt: D1H101*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Foot-and-mouth disease virus口蹄疫ウイルス / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
株: O1 Manisa
由来(組換発現)生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 細胞: BHK-21
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Bos taurus
ウイルス殻名称: Foot and Mouth Disease virus口蹄疫ウイルス / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 8
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: HEPES
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 294 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 160000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 18 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 360
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 2-20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2645: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM6画像取得
4CTFFIND4.0.17CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION1.3初期オイラー角割当
10RELION1.3最終オイラー角割当
11RELION1.3分類
12RELION1.3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 13483
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13483 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 120 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 5AC9

5ac9


Accession code: 5AC9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0085250
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9717171
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1113088
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.059807
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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