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万見
- PDB-5fur: Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fur
タイトルStructure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA
要素
  • (SUPER CORE PROMOTER) x 2
  • (TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT ...) x 3
  • (TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT ...) x 5
  • TATA-BOX-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TFIID (TFIID) / TFIIA / RNA POLYMERASE II (RNAポリメラーゼII) / GENERAL TRANSCRIPTION FACTORS (基本転写因子) / PREINITIATION COMPLEX / CORE PROMOTER (プロモーター) / DNA BINDING (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / DNA-templated transcription open complex formation / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / DNA-templated transcription open complex formation / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation of androgen receptor activity / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / transcription regulator inhibitor activity / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / SAGA complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / 転写開始前複合体 / regulation of fat cell differentiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / inner cell mass cell proliferation / cellular response to ATP / histone acetyltransferase binding / midbrain development / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / RNA Polymerase I Transcription Initiation / ubiquitin conjugating enzyme activity / aryl hydrocarbon receptor binding / MLL1 complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / TFIIB-class transcription factor binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of cell cycle / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular estrogen receptor signaling pathway / regulation of DNA repair / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nuclear receptor binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / lysine-acetylated histone binding / ユークロマチン / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / response to organic cyclic compound / protein polyubiquitination / cellular response to UV / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / p53 binding / positive regulation of protein binding / 細胞結合 / kinase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 精子形成 / peptidyl-serine phosphorylation / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / protein autophosphorylation
類似検索 - 分子機能
TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins ...TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA結合タンパク質 / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / TBP domain superfamily / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Louder, R.K. / He, Y. / Lopez-Blanco, J.R. / Fang, J. / Chacon, P. / Nogales, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly.
著者: Robert K Louder / Yuan He / José Ramón López-Blanco / Jie Fang / Pablo Chacón / Eva Nogales /
要旨: The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the ...The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the core promoter. TFIID comprises the TATA-binding protein (TBP) and 13 TBP-associated factors (TAF1-13), which specifically interact with a variety of core promoter DNA sequences. Here we present the structure of human TFIID in complex with TFIIA and core promoter DNA, determined by single-particle cryo-electron microscopy at sub-nanometre resolution. All core promoter elements are contacted by subunits of TFIID, with TAF1 and TAF2 mediating major interactions with the downstream promoter. TFIIA bridges the TBP-TATA complex with lobe B of TFIID. We also present the cryo-electron microscopy reconstruction of a fully assembled human TAF-less PIC. Superposition of common elements between the two structures provides novel insights into the general role of TFIID in promoter recognition, PIC assembly, and transcription initiation.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN **-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A **-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3305
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 1
C: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 1
D: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 2
E: SUPER CORE PROMOTER
F: SUPER CORE PROMOTER
G: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 1
H: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 7
I: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 2
J: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 6
K: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 6
L: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)688,28912
ポリマ－688,28912
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TATA-BOX-BINDING PROTEIN / TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TATA-BINDING FACTOR / TATA-BOX FACTOR / TRANSCRIPTION INITIATION ...TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TATA-BINDING FACTOR / TATA-BOX FACTOR / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID TBP SUBUNIT


分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P20226

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TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT ... , 3種, 3分子 BCD

#2: タンパク質・ペプチド TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 1 / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 1 / TFIIAL / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIIA 42 KDA ...GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 1 / TFIIAL / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIIA 42 KDA SUBUNIT / TFIIA-42


分子量: 5098.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P52655
#3: タンパク質・ペプチド TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 1 / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 1 / TFIIAL / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIIA 42 KDA ...GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 1 / TFIIAL / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIIA 42 KDA SUBUNIT / TFIIA-42


分子量: 5594.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P52655
#4: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 2 / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 2 / TFIIA P12 SUBUNIT / TFIIAS / TRANSCRIPTION INITIATION ...GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 2 / TFIIA P12 SUBUNIT / TFIIAS / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA GAMMA CHAIN / TFIIA- GAMMA


分子量: 11275.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P52657

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#5: DNA鎖 SUPER CORE PROMOTER


分子量: 27664.635 Da / 分子数: 1 / Fragment: NONTEMPLATE STRAND / 由来タイプ: 天然
詳細: A COMPOSITE SEQUENCE COMBINING SEVERAL PROMOTER MOTIFS FROM HUMANS A
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA
#6: DNA鎖 SUPER CORE PROMOTER


分子量: 28485.129 Da / 分子数: 1 / Fragment: TEMPLATE STRAND / 由来タイプ: 天然
詳細: A COMPOSITE SEQUENCE COMBINING SEVERAL PROMOTER MOTIFS FROM HUMANS A
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA

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TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT ... , 5種, 6分子 GHIJKL

#7: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 1 / CELL CYCLE GENE 1 PROTEIN / TBP-ASSOCIATED FACTOR 250 KDA / P250 / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR ...CELL CYCLE GENE 1 PROTEIN / TBP-ASSOCIATED FACTOR 250 KDA / P250 / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 250 KDA SUBUNIT / TAFII250


分子量: 215152.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA
参照: UniProt: P21675, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ, non-specific serine/threonine protein kinase
#8: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 7 / RNA POLYMERASE II TBP-ASSOCIATED FACTOR SUBUNIT F / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 55 KDA ...RNA POLYMERASE II TBP-ASSOCIATED FACTOR SUBUNIT F / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 55 KDA SUBUNIT / TAFII55


分子量: 40325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q15545
#9: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 2 / 150 KDA COFACTOR OF INITIATOR FUNCTION / RNA POLYMERASE II TBP-ASSOCIATED FACTOR SUBUNIT B / TBP- ...150 KDA COFACTOR OF INITIATOR FUNCTION / RNA POLYMERASE II TBP-ASSOCIATED FACTOR SUBUNIT B / TBP-ASSOCIATED FACTOR 150 KDA / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 150 KDA SUBUNIT / TAFII150


分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q6P1X5
#10: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 6 / RNA POLYMERASE II TBP-ASSOCIATED FACTOR SUBUNIT E / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 70 KDA ...RNA POLYMERASE II TBP-ASSOCIATED FACTOR SUBUNIT E / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 70 KDA SUBUNIT / TAFII70 / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 80 KDA SUBUNIT / TAFII80


分子量: 72749.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P49848
#11: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 8 / PROTEIN TAUBE NUSS / TBP-ASSOCIATED FACTOR 43 KDA / TBP-ASSOCIATED FACTOR 8 / TRANSCRIPTION ...PROTEIN TAUBE NUSS / TBP-ASSOCIATED FACTOR 43 KDA / TBP-ASSOCIATED FACTOR 8 / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 43 KDA SUBUNIT / HTAFII43


分子量: 34304.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q7Z7C8

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詳細

配列の詳細THE SUPER CORE PROMOTER SEQUENCE IS DESCRIBED IN JUVEN- GERSHON. ET AL. (2006) NATURE METHODS, 3, P.917-922.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN TFIID-TFIIA COMPLEX BOUND TO SUPER CORE PROMOTER DNA
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 10 MM HEPES, 10 MM MGCL2, 50 MM KCL, 3% TREHALOSE 1 MM DTT, 0.0125% NP-40
pH: 7.9
詳細: 10 MM HEPES, 10 MM MGCL2, 50 MM KCL, 3% TREHALOSE 1 MM DTT, 0.0125% NP-40
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN / 日付: 2014年8月11日
詳細: THE CAMERA WAS OPERATED IN COUNTING MODE WITH A DOSE RATE OF 8 ELECTRONS PER PIXEL PER SECOND, WITH A TOTAL EXPOSURE TIME OF 10 SECONDS FRACTIONATED OVER 20 FRAMES.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 37879 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 46 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1253

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND4CTF補正
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3Bsoft３次元再構成
4RELION３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.5 Å / 粒子像の数: 22050 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.32 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3305. (DEPOSITION ID: 14001).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化最高解像度: 8.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18205 3280 0 0 21485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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