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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v1m | |||||||||
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タイトル | Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION INITIATION (転写 (生物学)) / RNA POLYMERASE II (RNAポリメラーゼII) / GENERAL TRANSCRIPTION FACTORS (基本転写因子) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / transcription elongation by RNA polymerase I / Dual incision in TC-NER / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III activity / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II activity / DNA修復 / RNA polymerase II, core complex / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Plaschka, C. / Lariviere, L. / Wenzeck, L. / Hemann, M. / Tegunov, D. / Petrotchenko, E.V. / Borchers, C.H. / Baumeister, W. / Herzog, F. / Villa, E. / Cramer, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core initiation complex. 著者: C Plaschka / L Larivière / L Wenzeck / M Seizl / M Hemann / D Tegunov / E V Petrotchenko / C H Borchers / W Baumeister / F Herzog / E Villa / P Cramer / 要旨: The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all ...The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all essential Mediator subunits from Saccharomyces cerevisiae. The cryo-electron microscopic structure of cMed bound to a core initiation complex was determined at 9.7 Å resolution. cMed binds Pol II around the Rpb4-Rpb7 stalk near the carboxy-terminal domain (CTD). The Mediator head module binds the Pol II dock and the TFIIB ribbon and stabilizes the initiation complex. The Mediator middle module extends to the Pol II foot with a 'plank' that may influence polymerase conformation. The Mediator subunit Med14 forms a 'beam' between the head and middle modules and connects to the tail module that is predicted to bind transcription activators located on upstream DNA. The Mediator 'arm' and 'hook' domains contribute to a 'cradle' that may position the CTD and TFIIH kinase to stimulate Pol II phosphorylation. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v1m.cif.gz | 759.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v1m.ent.gz | 600.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4v1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ... , 5種, 5分子 ABCIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P16370 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P27999 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P38902 |
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC ... , 5種, 5分子 EFHJL
#4: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P20434 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P20435 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P20436 |
#8: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P22139 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P40422, ポリメラーゼ |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#11: DNA鎖 | 分子量: 3068.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
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#13: DNA鎖 | 分子量: 6130.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#12: RNA鎖 | 分子量: 1914.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 9分子
#14: 化合物 | ChemComp-ZN / #15: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: POL II-DNA-RNA / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT pH: 7.5 詳細: 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: OTHER |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE 詳細: GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY ...詳細: GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年8月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 37000 X / 倍率(補正後): 37169 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.6 Å / 粒子像の数: 14777 / ピクセルサイズ(公称値): 1.35 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.35 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2784. (DEPOSITION ID: 12825). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4A3D Accession code: 4A3D / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 6.6 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 6.6 Å
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