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- PDB-4uer: 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uer
タイトル40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri
要素
  • 18S RRNA18S ribosomal RNA
  • EIF1
  • EIF1AEIF1AX
  • EIF3A
  • EIF3B
  • EIF3C
  • ES1
  • ES10
  • ES12
  • ES17
  • ES19
  • ES21
  • ES24
  • ES25
  • ES26
  • ES27
  • ES28
  • ES30
  • ES31
  • ES4
  • ES6
  • ES7
  • ES8
  • RACK1Receptor for activated C kinase 1
  • US10
  • US11
  • US12
  • US13
  • US14
  • US15
  • US17
  • US19
  • US2
  • US3
  • US4
  • US5
  • US7
  • US8
  • US9
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / EIF3 (EIF3) / TRANSLATION INITIATION
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus ...: / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / SUI1 domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / : / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S19e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 4C / ES31 / 40S ribosomal protein S0 / US3 / US4 / US5 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 4C / ES31 / 40S ribosomal protein S0 / US3 / US4 / US5 / eIF1 / US7 / US8 / US9 / ES28 / US10 / US11 / US13 / US14 / US15 / US17 / Rack1 / US19 / 40S ribosomal protein S8 / ES19 / 40S ribosomal protein S12 / ES17 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S21 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S1 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S27 / ES10 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S24 / RPS23
類似検索 - 構成要素
生物種LACHANCEA KLUYVERI (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.47 Å
データ登録者Aylett, C.H.S. / Boehringer, D. / Erzberger, J.P. / Schaefer, T. / Ban, N.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structure of a yeast 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex.
著者: Christopher H S Aylett / Daniel Boehringer / Jan P Erzberger / Tanja Schaefer / Nenad Ban /
要旨: Eukaryotic translation initiation requires cooperative assembly of a large protein complex at the 40S ribosomal subunit. We have resolved a budding yeast initiation complex by cryo-EM, allowing ...Eukaryotic translation initiation requires cooperative assembly of a large protein complex at the 40S ribosomal subunit. We have resolved a budding yeast initiation complex by cryo-EM, allowing placement of prior structures of eIF1, eIF1A, eIF3a, eIF3b and eIF3c. Our structure highlights differences in initiation-complex binding to the ribosome compared to that of mammalian eIF3, demonstrates a direct contact between eIF3j and eIF1A and reveals the network of interactions between eIF3 subunits.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / em_3d_fitting ...atom_site / em_3d_fitting / em_image_scans / em_software / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 3.02024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "0A" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "0A" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2845
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: EIF1A
1: ES28
2: ES8
3: ES7
4: ES1
5: ES26
6: ES27
7: ES10
8: ES25
9: ES31
A: 18S RRNA
B: US2
C: US3
D: US4
E: US5
F: EIF1
G: US7
H: US8
I: US9
J: US10
K: US11
L: US12
M: US13
N: US14
O: US15
P: ES24
Q: US17
R: RACK1
S: US19
T: ES19
U: ES12
V: ES17
W: ES4
X: ES30
Y: ES6
Z: ES21
a: EIF3A
b: EIF3B
c: EIF3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,428,95543
ポリマ－1,428,69339
非ポリマー2624
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

+
タンパク質 , 38種, 38分子 0123456789BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU...

#1: タンパク質 EIF1A / EIF1AX


分子量: 11514.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X202*PLUS
#2: タンパク質 ES28


分子量: 7116.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X212*PLUS
#3: タンパク質 ES8


分子量: 21147.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X221*PLUS
#4: タンパク質 ES7


分子量: 21000.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X232*PLUS
#5: タンパク質 ES1


分子量: 24312.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X233*PLUS
#6: タンパク質 ES26


分子量: 11022.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X234*PLUS
#7: タンパク質 ES27


分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X235*PLUS
#8: タンパク質 ES10


分子量: 11571.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X236*PLUS
#9: タンパク質 ES25


分子量: 8001.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X237*PLUS
#10: タンパク質 ES31


分子量: 7406.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X203*PLUS
#12: タンパク質 US2


分子量: 22811.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X204*PLUS
#13: タンパク質 US3


分子量: 24702.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X205*PLUS
#14: タンパク質 US4


分子量: 21210.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X206*PLUS
#15: タンパク質 US5


分子量: 23212.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X207*PLUS
#16: タンパク質 EIF1 /


分子量: 9594.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X208*PLUS
#17: タンパク質 US7


分子量: 22908.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X209*PLUS
#18: タンパク質 US8


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X210*PLUS
#19: タンパク質 US9


分子量: 15659.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X211*PLUS
#20: タンパク質 US10


分子量: 12190.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X213*PLUS
#21: タンパク質 US11


分子量: 13446.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X214*PLUS
#22: タンパク質 US12


分子量: 15942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: Q875Q2*PLUS
#23: タンパク質 US13


分子量: 16940.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X215*PLUS
#24: タンパク質 US14


分子量: 6335.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X216*PLUS
#25: タンパク質 US15


分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X217*PLUS
#26: タンパク質 ES24


分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: Q875Q1*PLUS
#27: タンパク質 US17


分子量: 17654.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X218*PLUS
#28: タンパク質 RACK1 / Receptor for activated C kinase 1


分子量: 34710.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X219*PLUS
#29: タンパク質 US19


分子量: 14155.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X220*PLUS
#30: タンパク質 ES19


分子量: 15810.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X222*PLUS
#31: タンパク質 ES12


分子量: 13327.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X223*PLUS
#32: タンパク質 ES17


分子量: 13768.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X224*PLUS
#33: タンパク質 ES4


分子量: 29338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X225*PLUS
#34: タンパク質 ES30


分子量: 6779.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X226*PLUS
#35: タンパク質 ES6


分子量: 25895.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X227*PLUS
#36: タンパク質 ES21


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X228*PLUS
#37: タンパク質 EIF3A /


分子量: 110517.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X229*PLUS
#38: タンパク質 EIF3B /


分子量: 88241.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X230*PLUS
#39: タンパク質 EIF3C /


分子量: 93310.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J9X231*PLUS

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 5分子 A

#11: RNA鎖 18S RRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 571936.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACHANCEA KLUYVERI (菌類)
#40: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

配列の詳細THE 40S SUBUNIT IS TAKEN FROM PDBS 3U5B,3U5G AND RECHAINED TO MATCH 2XZM THE UNIPROT SC EIF3B ...THE 40S SUBUNIT IS TAKEN FROM PDBS 3U5B,3U5G AND RECHAINED TO MATCH 2XZM THE UNIPROT SC EIF3B SEQUENCE USES AN UPSTREAM START CODON THOUGHT TO BE DISFAVOURED. WE HAVE USED THE NUMBERING CORRESPONDING TO THE LATER START CODON.

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: LACHANCEA KLUYVERI 40S- EIF1- EIF1A-EIF3-EIF3J INITIATION COMPLEX
タイプ: RIBOSOME / 詳細: MICROGRAPHS SELECTED BY CTF
緩衝液名称: 25 MM K-HEPES, 10 MM MGCL2, 75 MM KCL, 0.5 MM TCEP / pH: 7.6 / 詳細: 25 MM K-HEPES, 10 MM MGCL2, 75 MM KCL, 0.5 MM TCEP
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 75, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- 5 SECONDS BLOTTING BEFORE PLUNGING., DETAILS- CARBON FLOATED ON THE SAMPLE PRIOR TO ...詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 75, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- 5 SECONDS BLOTTING BEFORE PLUNGING., DETAILS- CARBON FLOATED ON THE SAMPLE PRIOR TO RECOVERY ONTO THE GRID AND FLASH -FREEZING.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年4月6日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100719 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3RELION1.2３次元再構成
CTF補正詳細: BY IMAGE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MAXIMUM A POSTERIORI PROJECTION MATCHING / 解像度: 6.47 Å / 粒子像の数: 27354 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.39 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.39 Å
詳細: THIS DEPOSITION DETAILS AN S. CEREVISIAE MODEL FOR THE CLOSELY RELATED L. KLUYVERI STRUCTURE. INITIAL PLACEMENT OF FOLDED DOMAINS WAS ACCORDING TO THE MASS-SPECTROMETRY MODEL IN DOMAINS WERE ...詳細: THIS DEPOSITION DETAILS AN S. CEREVISIAE MODEL FOR THE CLOSELY RELATED L. KLUYVERI STRUCTURE. INITIAL PLACEMENT OF FOLDED DOMAINS WAS ACCORDING TO THE MASS-SPECTROMETRY MODEL IN DOMAINS WERE FITTED INTO CRYOEM DENSITY LOW-PASS FILTERED AT MEAN LOCAL RESOLUTION AS RIGID BODIES USING CALCULATED DENSITIES GENERATED AT THE SAME RESOLUTION. CORRELATION COEFFICIENT WAS USED AS THE TARGET FUNCTION IN CHIMERA. THE RRM DOMAIN OF EIF3B IS DEPOSITED AS CA TRACE ONLY TO INDICATE THAT ITS POSITION HAS LOWER ANGULAR CONFIDENCE BECAUSE THE DOMAIN IS EXTREMELY SMALL AND GENERATED NO DIRECT CROSS-LINKS TO THE 40S TO AID PLACEMENT. EIF3B HAS BEEN NUMBERED ACCORDING TO THE SECOND START CODON AS THIS IS THOUGHT TO BE THE PREDOMINANT FORM OF THE PROTEIN IN VIVO. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2845.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 3U5B

3u5b
PDB 未公開エントリ


Accession code: 3U5B / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 6.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数51480 37813 4 0 89297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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