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- PDB-3jca: Core model of the Mouse Mammary Tumor Virus intasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jca
タイトルCore model of the Mouse Mammary Tumor Virus intasome
要素
  • (Integraseインテグラーゼ) x 2
  • 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3'
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / integration / retrovirus (レトロウイルス科) / integrase (インテグラーゼ) / intasome
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb ...GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / インテグラーゼ / Gag-Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Lyumkis, D.L. / Ballandras-Colas, A. / Brown, M. / Cook, N.J. / Dewdney, T.G. / Demeler, B. / Cherepanov, P. / Engelman, A.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
著者: Allison Ballandras-Colas / Monica Brown / Nicola J Cook / Tamaria G Dewdney / Borries Demeler / Peter Cherepanov / Dmitry Lyumkis / Alan N Engelman /
要旨: Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase- ...Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase-viral DNA complexes, or intasomes, from the spumavirus prototype foamy virus revealed a functional integrase tetramer, and it is generally believed that intasomes derived from other retroviral genera use tetrameric integrase. However, the intasomes of orthoretroviruses, which include all known pathogenic species, have not been characterized structurally. Here, using single-particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, we determine an unexpected octameric integrase architecture for the intasome of the betaretrovirus mouse mammary tumour virus. The structure is composed of two core integrase dimers, which interact with the viral DNA ends and structurally mimic the integrase tetramer of prototype foamy virus, and two flanking integrase dimers that engage the core structure via their integrase carboxy-terminal domains. Contrary to the belief that tetrameric integrase components are sufficient to catalyse integration, the flanking integrase dimers were necessary for mouse mammary tumour virus integrase activity. The integrase octamer solves a conundrum for betaretroviruses as well as alpharetroviruses by providing critical carboxy-terminal domains to the intasome core that cannot be provided in cis because of evolutionarily restrictive catalytic core domain-carboxy-terminal domain linker regions. The octameric architecture of the intasome of mouse mammary tumour virus provides new insight into the structural basis of retroviral DNA integration.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_software
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_software.name
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6441
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
E: Integrase
F: Integrase
G: Integrase
H: Integrase
I: 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
J: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3'
K: 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
L: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,48316
ポリマ－168,22212
非ポリマー2624
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Integrase / インテグラーゼ


分子量: 30034.287 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1437-1701 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: K9W608, UniProt: P03365*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Integrase / インテグラーゼ


分子量: 5571.474 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 1653-1701) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: K9W608, UniProt: P03365*PLUS
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'


分子量: 6738.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pre-cleaved viral DNA 3' strand
由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*A)-3'


分子量: 6160.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pre-cleaved viral DNA 5' strand
由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Mouse Mammary Tumor Virus intasome complexCOMPLEXIntegrase octamer bound to two vDNA strands0
2betaretroviral integrase1
3MMTV U5 DNA end1
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: size-exclusion buffer / pH: 7.4 / 詳細: size-exclusion buffer
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400 mesh C-flat 1.2/1.3-4C, plasma-treated for 6 seconds
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / Temp: 77 K / 湿度: 90 %
詳細: Sample containing MMTV intasomes in SEC buffer (to which the detergent NP-40 was added to a final concentration of 0.05%) was applied onto a freshly plasma-treated (6s, Gatan Solarus plasma ...詳細: Sample containing MMTV intasomes in SEC buffer (to which the detergent NP-40 was added to a final concentration of 0.05%) was applied onto a freshly plasma-treated (6s, Gatan Solarus plasma cleaner) holey carbon C-flat grid (CF-1.2/1.3-4C, Protochips, Inc.), allowing the sample to adsorb for 30 seconds and then plunge-freezing in liquid ethane using a manual cryo-plunger in an ambient environment of 4 degrees C.
手法: 3 uL sample was applied to grid, adsorbed for 30 seconds, blotted, and plunge-frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年4月15日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 38167 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using Leginon, and coma-free alignment was established.
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 2714

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Rosettaモデルフィッティング
2FREALIGN３次元再構成
CTF補正詳細: each particle
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30307 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.31 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.31 Å
詳細: Local FSC values range from 4-5 A. (Single particle details: IN-NTD and IN-CCD domains of flanking INs 5-8 were computationally removed using Relion after assignment of Euler angles to full ...詳細: Local FSC values range from 4-5 A. (Single particle details: IN-NTD and IN-CCD domains of flanking INs 5-8 were computationally removed using Relion after assignment of Euler angles to full octameric particles and masking out of flanking regions.) (Single particle - Applied symmetry: C2)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 300 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: FSC, Rosetta energy
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--real-space refinement DETAILS--Initial components solved by X-ray were rigid-body docked. Linker regions were built de novo from the EM density. The full model was ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--real-space refinement DETAILS--Initial components solved by X-ray were rigid-body docked. Linker regions were built de novo from the EM density. The full model was refined using real-space methods in Rosetta.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15CZ1

5cz1

15CZ11PDBexperimental model
25CZ2

5cz2

15CZ22PDBexperimental model
35D7U

5d7u

15D7U3PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9826 1636 4 0 11466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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