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万見
- PDB-3jc9: Architectural model of the type IVa pilus machine in a non-piliat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jc9
タイトルArchitectural model of the type IVa pilus machine in a non-piliated state
要素
  • PilA
  • PilC
  • PilM
  • PilN
  • PilO
  • PilP
  • PilQ
  • TsaP
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / motor (機関 (機械)) / pilus (性繊毛) / ring / membrane channel (膜チャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / protein secretion / cell outer membrane / 細胞分裂 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type IV pilus inner membrane component PilN / Fimbrial assembly protein (PilN) / Type IV pilus inner membrane component PilO / Pilus assembly protein, PilO / Type IV pilus inner membrane component PilM / Type IV pilus assembly protein PilM; / GspF/PilC family / Type IV pilus inner membrane component PilP / Type II secretion system protein GspF domain / Type II secretion system GspF domain superfamily ...Type IV pilus inner membrane component PilN / Fimbrial assembly protein (PilN) / Type IV pilus inner membrane component PilO / Pilus assembly protein, PilO / Type IV pilus inner membrane component PilM / Type IV pilus assembly protein PilM; / GspF/PilC family / Type IV pilus inner membrane component PilP / Type II secretion system protein GspF domain / Type II secretion system GspF domain superfamily / Type II secretion system (T2SS), protein F / Pilus assembly protein, PilP / Type IV pilus secretin PilQ / AMIN domain / AMIN domain / SHS2 domain inserted in FtsA / Cell division protein FtsA / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / GspD/PilQ family / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Type IV pilus assembly protein PilC / Type IV pilus biogenesis protein PilM / LysM domain protein / PilP / PilO / PilN / PilQ
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chang, Y.-W. / Rettberg, L.A. / Jensen, G.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Architecture of the type IVa pilus machine.
著者: Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Anke Treuner-Lange / Janet Iwasa / Lotte Søgaard-Andersen / Grant J Jensen /
要旨: Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of ...Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of intact Myxococcus xanthus cells to visualize type IVa pili and the protein machine that assembles and retracts them (the type IVa pilus machine, or T4PM) in situ, in both the piliated and nonpiliated states, at a resolution of 3 to 4 nanometers. We found that T4PM comprises an outer membrane pore, four interconnected ring structures in the periplasm and cytoplasm, a cytoplasmic disc and dome, and a periplasmic stem. By systematically imaging mutants lacking defined T4PM proteins or with individual proteins fused to tags, we mapped the locations of all 10 T4PM core components and the minor pilins, thereby providing insights into pilus assembly, structure, and function.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3260
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3260
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: PilA
Ab: PilA
Ac: PilA
Ad: PilA
Ae: PilA
Ca: PilC
Cb: PilC
Na: PilN
Oa: PilO
Ma: PilM
Nb: PilN
Ob: PilO
Mb: PilM
Nc: PilN
Oc: PilO
Mc: PilM
Nd: PilN
Od: PilO
Md: PilM
Ne: PilN
Oe: PilO
Me: PilM
Nf: PilN
Of: PilO
Mf: PilM
Ng: PilN
Og: PilO
Mg: PilM
Nh: PilN
Oh: PilO
Mh: PilM
Ni: PilN
Oi: PilO
Mi: PilM
Nj: PilN
Oj: PilO
Mj: PilM
Nk: PilN
Ok: PilO
Mk: PilM
Nl: PilN
Ol: PilO
Ml: PilM
Qa: PilQ
Pa: PilP
Qb: PilQ
Pb: PilP
Qc: PilQ
Pc: PilP
Qd: PilQ
Pd: PilP
Qe: PilQ
Pe: PilP
Qf: PilQ
Pf: PilP
Qg: PilQ
Pg: PilP
Qh: PilQ
Ph: PilP
Qi: PilQ
Pi: PilP
Qj: PilQ
Pj: PilP
Qk: PilQ
Pk: PilP
Ql: PilQ
Pl: PilP
Ta: TsaP
Tb: TsaP
Tc: TsaP
Td: TsaP
Te: TsaP
Tf: TsaP
Tg: TsaP
Th: TsaP
Ti: TsaP
Tj: TsaP
Tk: TsaP
Tl: TsaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,172,336103
ポリマ－3,165,95879
非ポリマー6,37824
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
タンパク質 , 8種, 79分子 AaAbAcAdAeCaCbNaNbNcNdNeNfNgNhNiNjNkNlOaObOcOdOeOfOgOhOiOjOk...

#1: タンパク質
PilA


分子量: 17210.494 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
#2: タンパク質 PilC


分子量: 45191.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q1D0A0
#3: タンパク質
PilN


分子量: 24889.914 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q306N5
#4: タンパク質
PilO


分子量: 22911.150 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q306N4
#5: タンパク質
PilM


分子量: 42267.102 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q1D0B0
#6: タンパク質
PilQ


分子量: 96199.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q9ZFG1
#7: タンパク質
PilP


分子量: 18154.627 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q306N3
#8: タンパク質
TsaP


分子量: 44704.219 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q1D813

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非ポリマー , 2種, 24分子

#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: Type IVa pilus machine in vivo / タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2013年12月31日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 27500 X / Cs: 2.2 mm
試料ホルダ温度: 77 K / 傾斜角・最大: -60 ° / 傾斜角・最小: 60 °
撮影電子線照射量: 150 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1IMOD３次元再構成
2PEET３次元再構成
3TOMO3D３次元再構成
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: Simultaneous iterative reconstruction technique / ピクセルサイズ（公称値）: 7.8 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 7.8 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数77832 0 384 0 78216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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