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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jc8 | ||||||
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タイトル | Architectural model of the type IVa pilus machine in a piliated state | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, Y.-W. / Rettberg, L.A. / Jensen, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture of the type IVa pilus machine. 著者: Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Anke Treuner-Lange / Janet Iwasa / Lotte Søgaard-Andersen / Grant J Jensen / ![]() ![]() 要旨: Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of ...Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of intact Myxococcus xanthus cells to visualize type IVa pili and the protein machine that assembles and retracts them (the type IVa pilus machine, or T4PM) in situ, in both the piliated and nonpiliated states, at a resolution of 3 to 4 nanometers. We found that T4PM comprises an outer membrane pore, four interconnected ring structures in the periplasm and cytoplasm, a cytoplasmic disc and dome, and a periplasmic stem. By systematically imaging mutants lacking defined T4PM proteins or with individual proteins fused to tags, we mapped the locations of all 10 T4PM core components and the minor pilins, thereby providing insights into pilus assembly, structure, and function. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3247MC ![]() 3248C ![]() 3249C ![]() 3250C ![]() 3251C ![]() 3252C ![]() 3253C ![]() 3254C ![]() 3255C ![]() 3256C ![]() 3257C ![]() 3258C ![]() 3259C ![]() 3260C ![]() 3261C ![]() 3262C ![]() 3263C ![]() 3264C ![]() 3jc9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 9種, 115分子 AaAbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtAuAvAwAxAyAzA1A2A3A4...
#1: タンパク質 | 分子量: 17210.494 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 62618.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1D098 #3: タンパク質 | 分子量: 45191.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1D0A0 #4: タンパク質 | 分子量: 24889.914 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q306N5 #5: タンパク質 | 分子量: 22911.150 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q306N4 #6: タンパク質 | 分子量: 42267.102 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1D0B0 #7: タンパク質 | 分子量: 96199.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9ZFG1 #8: タンパク質 | 分子量: 18154.627 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q306N3 #9: タンパク質 | ![]() 分子量: 44704.219 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1D813 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Type IVa pilus machine in vivo / タイプ: COMPLEX |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III). |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2013年8月26日 |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 資料ホルダタイプ: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 77 K / 傾斜角・最大: -60 ° / 傾斜角・最小: 60 ° |
撮影 | 電子線照射量: 150 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
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解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||
3次元再構成![]() | 手法: Simultaneous iterative reconstruction technique / ピクセルサイズ(公称値): 7.8 Å / ピクセルサイズ(実測値): 7.8 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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