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- EMDB-9955: Cryo-EM structure of the C2S2-type PSII-LHCII supercomplex from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9955
タイトルCryo-EM structure of the C2S2-type PSII-LHCII supercomplex from Chlamydomonas reihardtii
マップデータ
試料
  • 複合体: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 19種
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid light-harvesting complex / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / photosystem II repair / 葉緑体 / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly ...thylakoid light-harvesting complex / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / photosystem II repair / 葉緑体 / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / calcium ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / PsbP, C-terminal / PsbP / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich ...Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / PsbP, C-terminal / PsbP / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K ...Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit beta / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP29 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sheng X / Li AJ / Song DF / Liu ZF
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
National Natural Science Foundation of China31670749 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC005 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structural insight into light harvesting for photosystem II in green algae.
著者: Xin Sheng / Akimasa Watanabe / Anjie Li / Eunchul Kim / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Danfeng Song / Jun Minagawa / Zhenfeng Liu /
要旨: Green algae and plants rely on light-harvesting complex II (LHCII) to collect photon energy for oxygenic photosynthesis. In Chlamydomonas reinhardtii, LHCII molecules associate with photosystem II ...Green algae and plants rely on light-harvesting complex II (LHCII) to collect photon energy for oxygenic photosynthesis. In Chlamydomonas reinhardtii, LHCII molecules associate with photosystem II (PSII) to form various supercomplexes, including the CSML type, which is the largest PSII-LHCII supercomplex in algae and plants that is presently known. Here, we report high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) maps and structural models of the CSML and CS supercomplexes from C. reinhardtii. The CS supercomplex contains an LhcbM1-LhcbM2/7-LhcbM3 heterotrimer in the strongly associated LHCII, and the LhcbM1 subunit assembles with CP43 through two interfacial galactolipid molecules. The loosely and moderately associated LHCII trimers interact closely with the minor antenna complex CP29 to form an intricate subcomplex bound to CP47 in the CSML supercomplex. A notable direct pathway is established for energy transfer from the loosely associated LHCII to the PSII reaction centre, as well as several indirect routes. Structure-based computational analysis on the excitation energy transfer within the two supercomplexes provides detailed mechanistic insights into the light-harvesting process in green algae.
履歴
登録2019年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月23日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
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  • 原子モデル: PDB-6kac
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9955.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.05401791 - 0.12666354
平均 (標準偏差)0.00000313700 (±0.0045198733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.360399.360399.360
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start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0540.1270.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex

全体名称: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex
要素
  • 複合体: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: 4.1 kDa photosystem II subunit光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP29
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Predicted proteinタンパク質構造予測
    • タンパク質・ペプチド: 10 kDa photosystem II polypeptide PsbR (potential)光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Unindentified Stromal Protein (USP)
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BICARBONATE ION炭酸水素塩
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex

超分子名称: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.06634 KDa
配列文字列: MTAILERREN SSLWARFCEW ITSTENRLYI GWFGVIMIPC LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVIPTSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF LLGVYCYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF ...文字列:
MTAILERREN SSLWARFCEW ITSTENRLYI GWFGVIMIPC LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVIPTSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVCHF LLGVYCYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYR FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVIGIWFTA LGLSTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVLNTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLAST NSSSNN

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 56.15982 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVINDPGRLI SVHLMHTALV SGWAGSMALF EISVFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMTRLG ITQSWGGWTI SGETATNPG IWSYEGVAAA HIILSGALFL ASVWHWTYWD LELFRDPRTG KTALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G VFGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVINDPGRLI SVHLMHTALV SGWAGSMALF EISVFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMTRLG ITQSWGGWTI SGETATNPG IWSYEGVAAA HIILSGALFL ASVWHWTYWD LELFRDPRTG KTALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G VFGPGIWV SDPYGLTGRV QPVAPSWGAD GFDPYNPGGI ASHHIAAGIL GVLAGLFHLC VRPSIRLYFG LSMGSIETVL SS SIAAVFW AAFVVAGTMW YGSAATPIEL FGPTRYQWDQ GFFQQEIQKR VQASLAEGAS LSDAWSRIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR TGAMNSGDGI AVGWLGHASF KDQEGRELFV RRMPTFFETF PVLLLDKDGI VRADVPFRKA ESKYSIEQVG VSVT FYGGE LDGLTFTDPA TVKKYARKAQ LGEIFEFDRS TLQSDGVFRS SPRGWFTFGH VCFALLFFFG HIWHGARTIF RDVFA GIDD DINDQVEFGK YKKLGDTSSL REAF

+
分子 #3: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.333058 KDa
配列文字列:
MNIELALTLV SLVLVVSAGP LVVVLLSARG GNL

+
分子 #4: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 50.680738 KDa
配列文字列: METLFNGTLT VGGRDQETTG FAWWSGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMNLFEV SHFVPEKPMY EQGLILLPHI ATLGYGVGP GGEIIDTFPY FVSGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPETLE ESYPFFGYVW KDKNKMTNIL GYHLIMLGLG A WLLVWKAM ...文字列:
METLFNGTLT VGGRDQETTG FAWWSGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMNLFEV SHFVPEKPMY EQGLILLPHI ATLGYGVGP GGEIIDTFPY FVSGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPETLE ESYPFFGYVW KDKNKMTNIL GYHLIMLGLG A WLLVWKAM YFGGVYDTWA PGGGDVRVIT NPTTNAAVIF GYLVKSPFGG DGWICSVDNM EDIIGGHIWI GTLEILGGIW HI YTTPWPW ARRAFVWSGE AYLSYSLGAI GVMGFIACCM SWFNNTAYPS EFYGPTGPEA SQSQAFTFLV RDQRLGANVA SAQ GPTGLG KYLMRSPTGE IIFGGETMRF WDFRGPWLEP LRGPNGLDLN KLKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVAT EINAV NFVSPRSWLA CSHFCLGFFF FIGHLWHAGR ARAAAAGFEK GIDRFDEPVL SMRPLD

+
分子 #5: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.474031 KDa
配列文字列: MTIAIGTYQE KRTWFDDADD WLRQDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWLT GTTFVTSWYT HGLATSYLEG CNFLTAAVST PANSMAHSL LFVWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FGLIGFMLRQ FEIARSVNLR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF ...文字列:
MTIAIGTYQE KRTWFDDADD WLRQDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWLT GTTFVTSWYT HGLATSYLEG CNFLTAAVST PANSMAHSL LFVWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FGLIGFMLRQ FEIARSVNLR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF FAPSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLLVPVT GLWMSAIGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMAAQDQPH ERLVFPEEVL PRGNAL

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.312598 KDa
配列文字列:
MAGKPVERPF SDILTSIRYW VIHSITVPAL FIAGWLFVST GLAYDVFGTP RPNEYFTEDR QEAPLITDRF NALEQVKKLS GN

+
分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.986013 KDa
配列文字列:
MTTKKSAEVL VYPIFTVRWL AIHGIAVPTI FFLGAITAMQ FIQR

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.445063 KDa
配列文字列:
MATGTSKAKP SKVNSDFQEP GLVTPLGTLL RPLNSEAGKV LPGWGTTVLM AVFILLFAAF LLIILEIYNS SLILDDVSMS WETLAKVS

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.245035 KDa
配列文字列:
MLTLKIFVYT VVTFFVCLFI FGFLSNDPAR NPGKNLD

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.291 KDa
配列文字列:
MSNTGTTGRI PLWLVGTVVG TLAIGLLAVF FYGSYVGLGS SL

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 5.062142 KDa
配列文字列:
MTTLALVLAK LPEAYAPFAP IVDVLPVIPV FFILLAFVWQ AAVSFR

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.431229 KDa
配列文字列:
MARPNPNKQV VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYIFN

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.762433 KDa
配列文字列:
MEVNIYGLTA TALFIIIPTS FLLILYVKTA STQD

+
分子 #14: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 30.557697 KDa
配列文字列: MALRAAQSAK AGVRAARPNR ATAVVCKAQK VGQAAAAAAL ATAMVAGSAN ALTFDEIQGL TYLQVKGSGI ANTCPVLESG TTNLKELKA GSYKLENFCI EPTSFTVKEE SQFKGGETEF VKTKLMTRLT YTLDAMSGSF KVGSDGSAEL KEDDGIDYAA T TVQLPGGE ...文字列:
MALRAAQSAK AGVRAARPNR ATAVVCKAQK VGQAAAAAAL ATAMVAGSAN ALTFDEIQGL TYLQVKGSGI ANTCPVLESG TTNLKELKA GSYKLENFCI EPTSFTVKEE SQFKGGETEF VKTKLMTRLT YTLDAMSGSF KVGSDGSAEL KEDDGIDYAA T TVQLPGGE RVAFLFTIKQ FDGKGTLDGI KGDFLVPSYR GSSFLDPKGR GGSTGYDNAV ALPARADAEE LLKENVKITK AL KGSAVFS VAKVDPVTGE IAGVFESIQP SDTDLGAKPP KDIKVTGLWY AQLK

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分子 #15: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.930125 KDa
配列文字列: MATALCNKAF AAAPVARPAS RRSAVVVRAS GSDVSRRAAL AGFAGAAALV SSSPANAAYG DSANVFGKVT NKSGFVPYAG DGFALLLPA KWNPSKENDF PGVILRYEDN FDAVNNLVVI AQDTDKKAIA DFGSQDKFLE SVSYLLGKQA YSGETQSEGG F APNRVSAA ...文字列:
MATALCNKAF AAAPVARPAS RRSAVVVRAS GSDVSRRAAL AGFAGAAALV SSSPANAAYG DSANVFGKVT NKSGFVPYAG DGFALLLPA KWNPSKENDF PGVILRYEDN FDAVNNLVVI AQDTDKKAIA DFGSQDKFLE SVSYLLGKQA YSGETQSEGG F APNRVSAA SLLDVSTTTD KKGKTYYKYE LLVRSADGDE GGRHQLIGAT VGSDNKLYII KIQIGDKRWF KGAKKEAMGA FD SFTVV

+
分子 #16: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.860053 KDa
配列文字列: MALASKVATR PAVASRRGAV VVRASGESRR AVLGGLLASA VAAVAPKAAL ALTPVDLFDD RSVRDRGFDL IYEARDLDLP QNVREGFTQ ARASLDETKK RVKESEARID ADLDVFIQKS YWTEAREQLR RQVGTLRFDL NTLASTKEKE AKKAALGLRK E FIQAVEDL ...文字列:
MALASKVATR PAVASRRGAV VVRASGESRR AVLGGLLASA VAAVAPKAAL ALTPVDLFDD RSVRDRGFDL IYEARDLDLP QNVREGFTQ ARASLDETKK RVKESEARID ADLDVFIQKS YWTEAREQLR RQVGTLRFDL NTLASTKEKE AKKAALGLRK E FIQAVEDL DFALREKDQA SAAKKLEITK AKLDSVLAAV L

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.639438 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VGTLGIIFFS IFFRDPPRMI K

+
分子 #18: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 12.155054 KDa
配列文字列:
MQALSARAPR VAAKPVSRSG ARSAVTVVCK ATTVRSEVAK KVAMLSTLPA TLAAHPAFAL VDERMNGDGT GRPFGVNDPV LGWVLLGVF GTMWAIWFIG QKDLGDFEDA DDGLKL

+
分子 #19: 4.1 kDa photosystem II subunit

分子名称: 4.1 kDa photosystem II subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.894716 KDa
配列文字列:
MAAVCVSSKA VAVRPATRVA SRPAARMVVR ASAKPAQISE KAIAAGVSAA AAASLALAPI AEAAVTPSLK NFLGSLIAGA TVLGGIALA ITAVSKFDKT IR

+
分子 #20: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.565863 KDa
配列文字列:
MTSILQVALL ALIFVSFALV VGVPVVFATP NGWTDNKGAV FSGLSLWLLL VFVVGILNSF VV

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.405008 KDa
配列文字列: MAFALSFSRK ALQVSAKATG KKGTGKTAAK QAPASSGIEF YGPNRAKWLG PYSENATPAY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCITPEL LAKSGTQFGE AVWFKAGAQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQNI VATLAVQVIL M GLVEGYRV ...文字列:
MAFALSFSRK ALQVSAKATG KKGTGKTAAK QAPASSGIEF YGPNRAKWLG PYSENATPAY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCITPEL LAKSGTQFGE AVWFKAGAQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQNI VATLAVQVIL M GLVEGYRV NGGPAGEGLD PLYPGESFDP LGLADDPDTF AELKVKEIKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GPIQNLDDHL SN PTVNNAF AFATKFTPSA

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.67535 KDa
配列文字列: MAAIMKSAVR SSVRPTVSGR SARVVPRAAI EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWA MLGALGCITP ELLAKNGIPF GEAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR A NGGPLGEG ...文字列:
MAAIMKSAVR SSVRPTVSGR SARVVPRAAI EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWA MLGALGCITP ELLAKNGIPF GEAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR A NGGPLGEG LDPLHPGGAF DPLGLADDPD TFAELKVKEI KNGRLAMFSM FGFFVQAIVT GKGPIQNLDD HLANPTAVNA FA YATKFTP SA

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein CP29

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.970846 KDa
配列文字列: MVFKFPTPPG TQKKAGTTAT KPAPKATTKK VATSTGTRSG GVGYRKYQGD ALWLPNTTRP EWLDGSLPGD RGFDPLGLSK PSEFVVIGV DENDQNAAKN NKGSVEAIVQ ATPDEVSSEN RLAPYSEVFG LARFRECELI HGRWAMLACL GALVAEATTG V SWVEAGKV ...文字列:
MVFKFPTPPG TQKKAGTTAT KPAPKATTKK VATSTGTRSG GVGYRKYQGD ALWLPNTTRP EWLDGSLPGD RGFDPLGLSK PSEFVVIGV DENDQNAAKN NKGSVEAIVQ ATPDEVSSEN RLAPYSEVFG LARFRECELI HGRWAMLACL GALVAEATTG V SWVEAGKV ELDGASYAGL SLPFSITQLI WIEVILVGGA EFYRNSETNP EKRCYPGGVF DPLKLASEDE ERAFRLKTAE IK HARLAMV SFFGYGVQAL STGEGALGSL AKFADGLNNG KGL

+
分子 #24: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 30.74283 KDa
配列文字列: MQIQALFKKT GASAPAKKGT ASTKVVKPSK AGGKATRGWL GGQGGAADLD KWYGPDRKLF LPSGLYDRSE IPEYLNGELA GDYGYDPLG LGKDPETVAK YRENELLHAR WAMLAAAGIL IPEGLQANGA NIKGGTWFET GAEMLNGGTL NYFAVPWGIV S NPLPLFAV ...文字列:
MQIQALFKKT GASAPAKKGT ASTKVVKPSK AGGKATRGWL GGQGGAADLD KWYGPDRKLF LPSGLYDRSE IPEYLNGELA GDYGYDPLG LGKDPETVAK YRENELLHAR WAMLAAAGIL IPEGLQANGA NIKGGTWFET GAEMLNGGTL NYFAVPWGIV S NPLPLFAV IAVEVGLMGA VEFYRRNGTG PAGYSPGIGK FDSSVFDGLD PLYPGGPFDP LGLADDPEVL QELKVKEIKN GR LAMVSVL GFAVQSYVTG EGPYANWTKH VADPFGYNLL TVLGAEERTP TL

+
分子 #25: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.591336 KDa
配列文字列: MAFALAKSSA RAAVSRRSTV KVEARRTVKP ASKASTPDSF WYGPERPLFL GAFTGEPPSY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCIFPEL LGSYGVPFGE AVWFKAGAQI FQEGGLDYLG NPNLVHAQSI LAILGTQVLL M GAIEGYRV ...文字列:
MAFALAKSSA RAAVSRRSTV KVEARRTVKP ASKASTPDSF WYGPERPLFL GAFTGEPPSY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCIFPEL LGSYGVPFGE AVWFKAGAQI FQEGGLDYLG NPNLVHAQSI LAILGTQVLL M GAIEGYRV NGGPLGEGLD KLYPGGSFDP LGLADDPDTF AELKVKEIKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GPLQNLSDHL AN PGTNNAF AYATKFTPQ

+
分子 #26: Predicted protein

分子名称: Predicted protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 19.116842 KDa
配列文字列:
MASITCSSGK AAVVSRAKTA RPVARRMSVV ASAAPQGNAS RRELLGLSAV AASLLLSSRP AHAIFGFADD NTALFDTYTA ETSAILDKV KVTLALDKDD PAKEDSVKGL RKDINNWVAK YRREPKVSGK PSFGNTYSAL NALAGHFNSF GATAPIPKKR L ERLQKELD DATLLLTRNR

+
分子 #27: 10 kDa photosystem II polypeptide PsbR (potential)

分子名称: 10 kDa photosystem II polypeptide PsbR (potential) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 1.738856 KDa
配列文字列:
GAAGAAAAAG AAAAAAAAGA AAAAA

+
分子 #28: Unindentified Stromal Protein (USP)

分子名称: Unindentified Stromal Protein (USP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 2.380551 KDa
配列文字列:
AWAAAAGAAG AGYGVYRYEA AYGAA

+
分子 #29: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #30: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #31: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #32: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 148 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #33: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #34: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #35: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #36: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 10 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #37: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 10 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #38: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 18 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #39: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM / 炭酸水素塩

+
分子 #40: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / プラストキノン

+
分子 #41: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #42: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 6 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #43: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 50 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #44: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 16 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #45: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 8 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #46: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 10 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #47: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 595 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.6 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.875 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 358312
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6617

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 258242
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-6kac:
Cryo-EM structure of the C2S2-type PSII-LHCII supercomplex from Chlamydomonas reihardtii

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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