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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9274 | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-3 antibody | |||||||||||||||
![]() | EEEV-EEEV-3 Fab full map | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Hasan SS / Sun C / Kim AS / Watanabe Y / Chen CL / Klose T / Buda G / Crispin M / Diamond MS / Klimstra WB / Rossmann MG | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structures of Eastern Equine Encephalitis Virus Reveal Mechanisms of Virus Disassembly and Antibody Neutralization. 著者: S Saif Hasan / Chengqun Sun / Arthur S Kim / Yasunori Watanabe / Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Geeta Buda / Max Crispin / Michael S Diamond / William B Klimstra / Michael G Rossmann / ![]() ![]() 要旨: Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an ...Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an alphavirus that causes fatal encephalitis in humans. Our analysis provides insights into viral entry into host cells. The envelope protein E2 showed a binding site for the cellular attachment factor heparan sulfate. The presence of a cryptic E2 glycan suggests how EEEV escapes surveillance by lectin-expressing myeloid lineage cells, which are sentinels of the immune system. A mechanism for nucleocapsid core release and disassembly upon viral entry was inferred based on pH changes and capsid dissociation from envelope proteins. The EEEV capsid structure showed a viral RNA genome binding site adjacent to a ribosome binding site for viral genome translation following genome release. Using five Fab-EEEV complexes derived from neutralizing antibodies, our investigation provides insights into EEEV host cell interactions and protective epitopes relevant to vaccine design. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 534.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 23.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 233.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 369.3 MB 369.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6mw9MC ![]() 9249C ![]() 9275C ![]() 9278C ![]() 9279C ![]() 9280C ![]() 9281C ![]() 6muiC ![]() 6mwcC ![]() 6mwvC ![]() 6mwxC ![]() 6mx4C ![]() 6mx7C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EEEV-EEEV-3 Fab full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: EEEV-EEEV-3 Fab half map #1
ファイル | emd_9274_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV-EEEV-3 Fab half map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EEEV-EEEV-3 Fab half map #2
ファイル | emd_9274_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV-EEEV-3 Fab half map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Eastern equine encephalitis virus / EEEV-3 Fab complex
全体 | 名称: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-3 Fab complex |
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要素 |
|
-超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-3 Fab complex
超分子 | 名称: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-3 Fab complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purified from infected BHK-15 cells |
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-超分子 #2: Eastern equine encephalitis virus
超分子 | 名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: BHK-15 |
-超分子 #3: EEEV-3 Fab
超分子 | 名称: EEEV-3 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: E1
分子 | 名称: E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.938141 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS ...文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS SAWSPFDNKV VVYGHEVYNY DFPEYGTGKA GSFGDLQSRT STSNDLYANT NLKLQRPQAG IVHTPFTQAP SG FERWKRD KGAPLNDVAP FGCSIALEPL RAENCAVGSI PISIDIPDAA FTRISETPTV SDLECKITEC TYASDFGGIA TVA YKSSKA GNCPIHSPSG VAVIKENDVT LAESGSFTFH FSTANIHPAF KLQVCTSAVT CKGDCKPPKD HIVDYPAQHT ESFT SAISA TAWSWLKVLV GGTSAFIVLG LIATAVVALV LFFHRH |
-分子 #2: E2
分子 | 名称: E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.046953 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ ...文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ PGLVADHSLL SIHSAKVKIT VPSGAQVKYY CKCPDVREGI TSSDHTTTCT DVKQCRAYLI DNKKWVYNSG RL PRGEGDT FKGKLHVPFV PVKAKCIATL APEPLVEHKH RTLILHLHPD HPTLLTTRSL GSDANPTRQW IERPTTVNFT VTG EGLEYT WGNHPPKRVW AQESGEGNPH GWPHEVVVYY YNRYPLTTII GLCTCVAIIM VSCVTSVWLL CRTRNLCITP YKLA PNAQV PILLALLCCI KPTRA |
-分子 #3: EEEV-3 antibody heavy chain
分子 | 名称: EEEV-3 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.743719 KDa |
配列 | 文字列: QIQLVQSGRE VKNPGETVKI SCKASGYTFT EYPMLWVKQA PGKGFRWMGL IYTNTGEPTY AEEFKGRFVF SLEISASTAY LQINNLTNE DTATYFCVRD YFISLDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGGTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH ...文字列: QIQLVQSGRE VKNPGETVKI SCKASGYTFT EYPMLWVKQA PGKGFRWMGL IYTNTGEPTY AEEFKGRFVF SLEISASTAY LQINNLTNE DTATYFCVRD YFISLDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGGTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH TFPALLQSGL YTLSSSVTVT SNTWPSQTIT CNVAHPASST KVDKKIESRR |
-分子 #4: EEEV-3 antibody light chain
分子 | 名称: EEEV-3 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.177713 KDa |
配列 | 文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSNIGAVT SSNCANWVQE KPDHFFTGLI GDTNNRRSGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNLWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS ...文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSNIGAVT SSNCANWVQE KPDHFFTGLI GDTNNRRSGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNLWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS KQSNNKYMAS SYLTLTARAW ERHSSYSCQV THEGHTVEKS LSRADC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: HELIUM / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8416 |
FSC曲線 (解像度の算出)![]() | ![]() |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6mw9: |