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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8241 | ||||||||||||
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タイトル | EBOV sGP in complex with IgG c13C6 and BDBV91 Fabs | ||||||||||||
マップデータ | EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91 | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pallesen J / Murin CD / de Val N / Cottrell CA / Hastie KM / Turner HL / Fusco ML / Flyak AI / Zeitlin L / Crowe Jr JE ...Pallesen J / Murin CD / de Val N / Cottrell CA / Hastie KM / Turner HL / Fusco ML / Flyak AI / Zeitlin L / Crowe Jr JE / Andersen KG / Saphire EO / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016 タイトル: Structures of Ebola virus GP and sGP in complex with therapeutic antibodies. 著者: Jesper Pallesen / Charles D Murin / Natalia de Val / Christopher A Cottrell / Kathryn M Hastie / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Andrew I Flyak / Larry Zeitlin / James E Crowe / Kristian G ...著者: Jesper Pallesen / Charles D Murin / Natalia de Val / Christopher A Cottrell / Kathryn M Hastie / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Andrew I Flyak / Larry Zeitlin / James E Crowe / Kristian G Andersen / Erica Ollmann Saphire / Andrew B Ward / 要旨: The Ebola virus (EBOV) GP gene encodes two glycoproteins. The major product is a soluble, dimeric glycoprotein (sGP) that is secreted abundantly. Despite the abundance of sGP during infection, little ...The Ebola virus (EBOV) GP gene encodes two glycoproteins. The major product is a soluble, dimeric glycoprotein (sGP) that is secreted abundantly. Despite the abundance of sGP during infection, little is known regarding its structure or functional role. A minor product, resulting from transcriptional editing, is the transmembrane-anchored, trimeric viral surface glycoprotein (GP). GP mediates attachment to and entry into host cells, and is the intended target of antibody therapeutics. Because large portions of sequence are shared between GP and sGP, it has been hypothesized that sGP may potentially subvert the immune response or may contribute to pathogenicity. In this study, we present cryo-electron microscopy structures of GP and sGP in complex with GP-specific and GP/sGP cross-reactive antibodies undergoing human clinical trials. The structure of the sGP dimer presented here, in complex with both an sGP-specific antibody and a GP/sGP cross-reactive antibody, permits us to unambiguously assign the oligomeric arrangement of sGP and compare its structure and epitope presentation to those of GP. We also provide biophysical evaluation of naturally occurring GP/sGP mutations that fall within the footprints identified by our high-resolution structures. Taken together, our data provide a detailed and more complete picture of the accessible Ebolavirus glycoprotein landscape and a structural basis to evaluate patient and vaccine antibody responses towards differently structured products of the GP gene. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8241.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8241-v30.xml emd-8241.xml | 26.4 KB 26.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8241_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8241.png | 140.3 KB | ||
その他 | emd_8241_additional_1.map.gz emd_8241_additional_2.map.gz emd_8241_additional_3.map.gz | 48.5 MB 48.5 MB 58.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8241 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8241 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: EBOV sGP in complex with variable Fab domains...
ファイル | emd_8241_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EBOV sGP in complex with variable Fab domains...
ファイル | emd_8241_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EBOV sGP in complex with variable Fab domains...
ファイル | emd_8241_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | EBOV sGP in complex with variable Fab domains of IgGs c13C6 and BDBV91 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ebola virus dimeric secreted glycoprotein in complex with IgG c13...
全体 | 名称: Ebola virus dimeric secreted glycoprotein in complex with IgG c13C6 and BDBV91 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus dimeric secreted glycoprotein in complex with IgG c13...
超分子 | 名称: Ebola virus dimeric secreted glycoprotein in complex with IgG c13C6 and BDBV91 Fabs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76 |
分子量 | 理論値: 270 KDa |
-分子 #1: BDBV91 variable Fab domain light chain
分子 | 名称: BDBV91 variable Fab domain light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.578873 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRATESIG IYLNWYQRKP GKAPNLLIFA TSSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYFCQ QGFSSPFSFG QGTRLEIK |
-分子 #2: BDBV91 variable Fab domain heavy chain
分子 | 名称: BDBV91 variable Fab domain heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.652312 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE LKPPGASVKV SCKPSGYTFT DYYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPKSGETHY AQKFRGWVTL TRDTSISTTY MDLTRLKSD DTAVYFCARG DLETTIFFYN AVDVWGQGTL VT |
-分子 #3: c13C6 variable Fab domain heavy chain
分子 | 名称: c13C6 variable Fab domain heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.169679 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) |
配列 | 文字列: DVKLLESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFSLS TSGVGVGWFR QPSGKGLEWL ALIWWDDDKY YNPSLKSQLS ISKDFSRNQV FLKISNVDI ADTATYYCAR RDPFGYDNAM GYWGQGTSVT VS |
-分子 #4: c13C6 variable Fab domain light chain
分子 | 名称: c13C6 variable Fab domain light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.611877 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPLS LSTSVGDRVS LTCKASQNVG TAVAWYQQKP GQSPKLLIYS ASNRYTGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNMQS EDLADYFCQ QYSSYPLTFG AGTKLELR |
-分子 #5: Ebola secreted glycoprotein
分子 | 名称: Ebola secreted glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76 |
分子量 | 理論値: 25.822863 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
配列 | 文字列: CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSECL PAAPDGIRGF PRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK DFFSSHPLRE PVNATEDPSS G YYSTTIRY ...文字列: CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSECL PAAPDGIRGF PRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK DFFSSHPLRE PVNATEDPSS G YYSTTIRY QATGFGTNET EYLFEVDNLT YVQLESRFTP QFLLQLNETI YTSGKRSNTT GKLIWKVNPE IDTT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: 1xTBS |
グリッド | モデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.0093 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2048 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Model building and refinement were conducted using a combination of software programs. The refinement target was optimizing using the MolProbity score while maintaining a high (good) EMRinger score. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: EMRinger |
得られたモデル | PDB-5kem: |