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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8148 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex in the P-REMOTE conformation | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / 90S preribosome / translational initiation / translation initiation factor binding ...translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / 90S preribosome / translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / ribosome binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Coureux P-D / Schmitt E / Mechulam Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM study of start codon selection during archaeal translation initiation. 著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Auriane Monestier / Eric Larquet / Lionel Cladière / Bruno P Klaholz / Emmanuelle Schmitt / Yves Mechulam / 要旨: Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal ...Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal subunit. e/aIF2 plays a crucial role in this process but how this factor controls start codon selection remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of the full archaeal 30S initiation complex showing two conformational states of the TC. In the first state, the TC is bound to the ribosome in a relaxed conformation with the tRNA oriented out of the P site. In the second state, the tRNA is accommodated within the peptidyl (P) site and the TC becomes constrained. This constraint is compensated by codon/anticodon base pairing, whereas in the absence of a start codon, aIF2 contributes to swing out the tRNA. This spring force concept highlights a mechanism of codon/anticodon probing by the initiator tRNA directly assisted by aIF2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8148.map.gz | 153.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8148-v30.xml emd-8148.xml | 47.5 KB 47.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8148_fsc.xml | 12.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8148.png | 156.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8148 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8148 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 30S archaeal translation initiation complex
+超分子 #1: 30S archaeal translation initiation complex
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #30: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
+分子 #31: mRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S11
+分子 #3: 30S ribosomal protein S12
+分子 #4: 30S ribosomal protein S15
+分子 #5: 30S ribosomal protein S17P
+分子 #6: 30S ribosomal protein S3Ae
+分子 #7: 30S ribosomal protein S2
+分子 #8: 30S ribosomal protein S24e
+分子 #9: 30S ribosomal protein S27e
+分子 #10: 30S ribosomal protein S3
+分子 #11: 30S ribosomal protein S4
+分子 #12: 30S ribosomal protein S4e
+分子 #13: 30S ribosomal protein S5
+分子 #14: 30S ribosomal protein S6e
+分子 #15: 30S ribosomal protein S8
+分子 #16: 30S ribosomal protein S8e
+分子 #17: 30S ribosomal protein SX
+分子 #18: 50S ribosomal protein L7Ae
+分子 #19: 30S ribosomal protein S10
+分子 #20: 30S ribosomal protein S13
+分子 #21: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #22: 30S ribosomal protein S17e
+分子 #23: 30S ribosomal protein S19
+分子 #24: 30S ribosomal protein S19e
+分子 #25: 30S ribosomal protein S28e
+分子 #26: 30S ribosomal protein S27ae
+分子 #27: 30S ribosomal protein S7
+分子 #28: 30S ribosomal protein S9
+分子 #29: 30S ribosomal protein eL41
+分子 #32: Protein translation factor SUI1 homolog
+分子 #33: Translation initiation factor 1A
+分子 #34: Translation initiation factor 2 subunit gamma
+分子 #35: Translation initiation factor 2 subunit beta
+分子 #36: Translation initiation factor 2 subunit alpha
+分子 #37: METHIONINE
+分子 #38: MAGNESIUM ION
+分子 #39: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
+分子 #40: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |