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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6995 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and Dc1a | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell presynaptic membrane / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / neuronal action potential / sodium channel regulator activity / toxin activity / axon / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) / Diguetia canities (クモ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Shen HZ / li ZQ / Jiang Y / Pan XJ / Wu JP / Cristofori-Armstrong B / Smith JJ / Chin YKY / Lei JL / Zhou Q ...Shen HZ / li ZQ / Jiang Y / Pan XJ / Wu JP / Cristofori-Armstrong B / Smith JJ / Chin YKY / Lei JL / Zhou Q / King GF / Yan N | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, オーストラリア, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structural basis for the modulation of voltage-gated sodium channels by animal toxins. 著者: Huaizong Shen / Zhangqiang Li / Yan Jiang / Xiaojing Pan / Jianping Wu / Ben Cristofori-Armstrong / Jennifer J Smith / Yanni K Y Chin / Jianlin Lei / Qiang Zhou / Glenn F King / Nieng Yan / 要旨: Animal toxins that modulate the activity of voltage-gated sodium (Na) channels are broadly divided into two categories-pore blockers and gating modifiers. The pore blockers tetrodotoxin (TTX) and ...Animal toxins that modulate the activity of voltage-gated sodium (Na) channels are broadly divided into two categories-pore blockers and gating modifiers. The pore blockers tetrodotoxin (TTX) and saxitoxin (STX) are responsible for puffer fish and shellfish poisoning in humans, respectively. Here, we present structures of the insect Na channel NaPaS bound to a gating modifier toxin Dc1a at 2.8 angstrom-resolution and in the presence of TTX or STX at 2.6-Å and 3.2-Å resolution, respectively. Dc1a inserts into the cleft between VSD and the pore of NaPaS, making key contacts with both domains. The structures with bound TTX or STX reveal the molecular details for the specific blockade of Na access to the selectivity filter from the extracellular side by these guanidinium toxins. The structures shed light on structure-based development of Na channel drugs. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6995.map.gz | 117 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6995-v30.xml emd-6995.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6995.png | 39.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6995 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6995_validation.pdf.gz | 502.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6995_full_validation.pdf.gz | 501.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6995_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6995_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6995 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cock...
全体 | 名称: complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and Dc1a |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cock...
超分子 | 名称: complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and Dc1a タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 200 KDa |
-超分子 #2: voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Perip...
超分子 | 名称: voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Dc1a
超分子 | 名称: Dc1a / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Diguetia canities (クモ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Sodium channel protein PaFPC1
分子 | 名称: Sodium channel protein PaFPC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) |
分子量 | 理論値: 183.875422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMADNSPL IREERQRLFR PYTRAMLTAP SAQPAKENGK TEENKDNSR DKGRGANKDR DGSAHPDQAL EQGSRLPARM RNIFPAELAS TPLEDFDPFY KNKKTFVVVT KAGDIFRFSG E KSLWMLDP ...文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMADNSPL IREERQRLFR PYTRAMLTAP SAQPAKENGK TEENKDNSR DKGRGANKDR DGSAHPDQAL EQGSRLPARM RNIFPAELAS TPLEDFDPFY KNKKTFVVVT KAGDIFRFSG E KSLWMLDP FTPIRRVAIS TMVQPIFSYF IMITILIHCI FMIMPATQTT YILELVFLSI YTIEVVVKVL ARGFILHPFA YL RDPWNWL DFLVTLIGYI TLVVDLGHLY ALRAFRVLRS WRTVTIVPGW RTIVDALSLS ITSLKDLVLL LLFSLFVFAV LGL QIYMGV LTQKCVKHFP ADGSWGNFTD ERWFNYTSNS SHWYIPDDWI EYPLCGNSSG AGMCPPGYTC LQGYGGNPNY GYTS FDTFG WAFLSVFRLV TLDYWEDLYQ LALRSAGPWH ILFFIIVVFY GTFCFLNFIL AVVVMSYTHM VKRADEEKAA ERELK KEKK AASVANNTAN GQEQTTIEMN GDEAVVIDNN DQAARQQSDP ETPAPSVTQR LTDFLCVWDC CVPWQKLQGA IGAVVL SPF FELFIAVIIV LNITFMALDH HDMNIEFERI LRTGNYIFTS IYIVEAVLKI IALSPKFYFK DSWNVFDFII VVFAILE LG LEGVQGLSVF RSFRLLRVFR LAKFWPTLNN FMSVMTKSYG AFVNVMYVMF LLLFIFAIIG MQLFGMNYID NMERFPDG D LPRWNFTDFL HSFMIVFRAL CGEWIESMWD CMLVGDWSCI PFFVAVFFVG NLVILNLLIA LLLNNYGSFC TSPTSDEED SKDEDALAQI VRIFKRFKPN LNAVKLSPMK PDSEDIVESQ EIQGNNIADA EDVLAGEFPP DCCCNAFYKC FPSRPARDSS VQRMWSNIR RVCFLLAKNK YFQKFVTAVL VITSVLLALE DIYLPQRPVL VNITLYVDYV LTAFFVIEMI IMLFAVGFKK Y FTSKWYWL DFIVVVAYLL NFVLMCAGIE ALQTLRLLRV FRLFRPLSKV NGMQVVTSTL VEAVPHIFNV ILVGIFFWLV FA IMGVQLF AGKFYKCVDE NSTVLSHEIT MDRNDCLHEN YTWENSPMNF DHVGNAYLSL LQVATFKGWL QIMNDAIDSR EVH KQPIRE TNIYMYLYFI FFIVFGSFFI LKLFVCILID IFRQQRRKAE GLSATDSRTQ LIYRRAVMRT MSAKPVKRIP KPTC HPQSL MYDISVNRKF EYTMMILIIL NVAVMAIDHY GQSMEFSEVL DYLNLIFIII FFVECVIKVS GLRHHYFKDP WNIID FLYV VLAIAGLMLS DVIEKYFISP TLLRILRILR VGRLLRYFQS ARGMRLLLLA LRKALRTLFN VSFLLFVIMF VYAVFG MEF FMHIRDAGAI DDVYNFKTFG QSIILLFQLA TSAGWDGVYF AIANEEDCRA PDHELGYPGN CGSRALGIAY LVSYLII TC LVVINMYAAV ILDYVLEVYE DSKEGLTDDD YDMFFEVWQQ FDPEATQYIR YDQLSELLEA LQPPLQVQKP NKYKILSM N IPICKDDHIF YKDVLEALVK DVFSRRGSPV EAGDVQAPNV DEAEYKPVSS TLQRQREEYC VRLIQNAWRK HKQQN |
-分子 #2: Mu-diguetoxin-Dc1a
分子 | 名称: Mu-diguetoxin-Dc1a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Diguetia canities (クモ) |
分子量 | 理論値: 6.502441 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SAKDGDVEGP AGCKKYDVEC DSGECCQKQY LWYKWRPLDC RCLKSGFFSS KCVCRDV |
-分子 #3: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
分子 | 名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 255265 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |