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万見
- EMDB-6321: Genome and RdRp structures within the capsid of transcribing cypo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6321
タイトルGenome and RdRp structures within the capsid of transcribing cypoviruses
マップデータsymmetry-mismatch reconstruction of transcribing cypoviruses
試料
  • 試料: transcribing cypoviruses
  • ウイルス: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
キーワードtranscribing cypoviruses / RNA-dependent RNA polymerases (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / genome structure / dsRNA virus
機能・相同性RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Liu H / Cheng L
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM shows the polymerase structures and a nonspooled genome within a dsRNA virus.
著者: Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /
要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess a segmented dsRNA genome and a number of RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) enclosed in a capsid. Until now, the precise structures of genomes and RdRps ...Double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess a segmented dsRNA genome and a number of RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) enclosed in a capsid. Until now, the precise structures of genomes and RdRps within the capsids have been unknown. Here we report the structures of RdRps and associated RNAs within nontranscribing and transcribing cypoviruses (NCPV and TCPV, respectively), using a combination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) and a symmetry-mismatch reconstruction method. The RdRps and associated RNAs appear to exhibit a pseudo-D3 symmetric organization in both NCPV and TCPV. However, the molecular interactions between RdRps and the genomic RNA were found to differ in these states. Our work provides insight into the mechanisms of the replication and transcription in dsRNA viruses and paves a way for structural determination of lower-symmetry complexes enclosed in higher-symmetry structures.
履歴
登録2015年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月10日-
マップ公開2015年10月28日-
更新2016年8月31日-
現状2016年8月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3ja4
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3ja4
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3ja4
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6321.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈symmetry-mismatch reconstruction of transcribing cypoviruses
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.392 Å
密度
表面レベル登録者による: 15.0 / ムービー #1: 15
最小 - 最大-15.513099670000001 - 36.009845730000002
平均 (標準偏差)2.76888371 (±9.63803673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 717.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.3922.3922.392
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z717.600717.600717.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-15.51336.0102.769

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添付データ

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セグメンテーションマップ: 4.8 angstrom resolution structure of RNA-dependent RNA polymerases...

注釈4.8 angstrom resolution structure of RNA-dependent RNA polymerases within transcribing cypoviruses
ファイルemd_6321_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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セグメンテーションマップ: 6 angstron resolution turret structure masked from whole virus

注釈6 angstron resolution turret structure masked from whole virus
ファイルemd_6321_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : transcribing cypoviruses

全体名称: transcribing cypoviruses
要素
  • 試料: transcribing cypoviruses
  • ウイルス: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)

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超分子 #1000: transcribing cypoviruses

超分子名称: transcribing cypoviruses / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Bombyx mori cypovirus 1

超分子名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 110829 / 生物種: Bombyx mori cypovirus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 715 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 125390 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
日付2012年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 36000
詳細Symmetry-mismatch reconstruction of icosahedral virus without symmetry imposed

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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