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万見
- EMDB-5223: Human Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5223
タイトルHuman Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule
マップデータReal space helical reconstruction of the human Ndc80 bonsai decorated microtubule
試料
  • 試料: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule
  • タンパク質・ペプチド: tubulinチューブリン
  • タンパク質・ペプチド: Ndc80-Spc25 Chimera
  • タンパク質・ペプチド: Nuf2-Spc24 Chimera
キーワードNdc80 / HEC1 / NUF2 / tubulin (チューブリン) / kinetochore (動原体) / mitosis (有糸分裂) / calponin homology domain / microtubule (微小管)
機能・相同性
機能・相同性情報


G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis I / positive regulation of axon guidance / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / centrosome duplication / chromosome, centromeric region / microtubule-based process / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of protein stability / structural constituent of cytoskeleton / 動原体 / microtubule cytoskeleton organization / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule binding / 微小管 / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / protein-containing complex binding / 核小体 / GTP binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family ...Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80 / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein Nuf2 / Kinetochore protein Spc24 / Kinetochore protein NDC80 homolog / Tubulin alpha-1B chain / Kinetochore protein Hec1 / Tubulin beta-2B chain / Kinetochore protein Nuf2 / Kinetochore protein Spc25
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Alushin GM / Ramey VH / Pasqualato S / Ball DA / Grigorieff N / Musacchio A / Nogales E
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: The Ndc80 kinetochore complex forms oligomeric arrays along microtubules.
著者: Gregory M Alushin / Vincent H Ramey / Sebastiano Pasqualato / David A Ball / Nikolaus Grigorieff / Andrea Musacchio / Eva Nogales /
要旨: The Ndc80 complex is a key site of regulated kinetochore-microtubule attachment (a process required for cell division), but the molecular mechanism underlying its function remains unknown. Here we ...The Ndc80 complex is a key site of regulated kinetochore-microtubule attachment (a process required for cell division), but the molecular mechanism underlying its function remains unknown. Here we present a subnanometre-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the human Ndc80 complex bound to microtubules, sufficient for precise docking of crystal structures of the component proteins. We find that the Ndc80 complex binds the microtubule with a tubulin monomer repeat, recognizing α- and β-tubulin at both intra- and inter-tubulin dimer interfaces in a manner that is sensitive to tubulin conformation. Furthermore, Ndc80 complexes self-associate along protofilaments through interactions mediated by the amino-terminal tail of the NDC80 protein, which is the site of phospho-regulation by Aurora B kinase. The complex's mode of interaction with the microtubule and its oligomerization suggest a mechanism by which Aurora B could regulate the stability of load-bearing kinetochore-microtubule attachments.
#1: ジャーナル: CELL (CAMBRIDGE,MASS.) / 年: 2008
タイトル: Implications for kinetochore-microtubule attachment from the structure of an engineered Ndc80 complex
著者: Ciferri C / Pasqualato S / Screpanti E / Varetti G / Santaguida S / Dos Reis G / Maiolica A / Polka J / De Luca JG / De Wulf P / Salek M / Rappsilber J / Moores CA / Salmon ED / Musacchio A
#2: ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2001
タイトル: Refined structure of alpha-beta tubulin from zinc-induced sheets stabilized with taxol
著者: Lowe J / Li H / Downing KH / Nogales E
履歴
登録2010年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年8月13日-
マップ公開2010年10月4日-
更新2010年10月19日-
現状2010年10月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iz0
  • 表面レベル: 1.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iz0
  • 表面レベル: 1.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iz0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5223_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Real space helical reconstruction of the human Ndc80 bonsai decorated microtubule
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.48 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.9 / ムービー #1: 1.9
最小 - 最大-4.59434 - 6.14608
平均 (標準偏差)0.00000000640655 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220100
Spacing220220100
セルA: 545.6 Å / B: 545.6 Å / C: 248 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.482.482.48
M x/y/z220220100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z545.600545.600248.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220100
D min/max/mean-4.5946.1460.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule

全体名称: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule
要素
  • 試料: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule
  • タンパク質・ペプチド: tubulinチューブリン
  • タンパク質・ペプチド: Ndc80-Spc25 Chimera
  • タンパク質・ペプチド: Nuf2-Spc24 Chimera

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超分子 #1000: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule

超分子名称: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Ndc80 bonsai is a heterodimer of Ndc80-Spc25 and Nuf2-Spc24 Tubulin is a heterodimer of alpha-beta tubulin
集合状態: 2 copies of the Ndc80 bonsai complex bind to each tubulin heterodimer
Number unique components: 2
分子量理論値: 260 KDa

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分子 #1: tubulin

分子名称: tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tubulin / コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow / 組織: brain / 細胞中の位置: cytoskeleton
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #2: Ndc80-Spc25 Chimera

分子名称: Ndc80-Spc25 Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Ndc80-Spc25 Chimera
詳細: Chimera of Ndc80 residues 1-286 with Spc25 residues 118-224
コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX6p-2RBS

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分子 #3: Nuf2-Spc24 Chimera

分子名称: Nuf2-Spc24 Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Nuf2-Spc24 Chimera
詳細: Chimera of Nuf2 residues 1-169 with Spc24 residues 122-197
コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量理論値: 29 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX6p-2RBS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 80mM PIPES, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05% Nonidet P-40, 20uM taxol
グリッド詳細: C-flat 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: 2ul of 0.25 mg per ml MTs applied to grid for 1 minute 4ul of 0.7 mg per ml Ndc80 bonsai added, 1 minute manually blotted, then another 4ul of Ndc80 applied 1 minute 2ul removed with pipetter ...手法: 2ul of 0.25 mg per ml MTs applied to grid for 1 minute 4ul of 0.7 mg per ml Ndc80 bonsai added, 1 minute manually blotted, then another 4ul of Ndc80 applied 1 minute 2ul removed with pipetter Blot for 2 seconds before plunging, 0mm offset

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism corrected at 100Kx mag
日付2009年3月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 15 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.54113 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 27.67984 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, FREALIGN
詳細: Particles were initially aligned using IHRSR protocol in SPIDER with naked MT as reference. Final reconstruction and CTF correction was performed with FREALIGN. A B-factor of -450 was applied ...詳細: Particles were initially aligned using IHRSR protocol in SPIDER with naked MT as reference. Final reconstruction and CTF correction was performed with FREALIGN. A B-factor of -450 was applied with BFACTOR. FSC was calculated only for MT and Ndc80-NUF2 head, disordered outer head was excluded with soft mask.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jff

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3iz0:
Human Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2ve7


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. The pdb was manually edited to remove disordered residues in EM map it ends at residue four hundred thirty seven
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3iz0:
Human Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2ve7


Chain - Chain ID: D
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. The pdb was manually edited to remove disordered residues in EM map it ends at residue one hundred fifty six
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3iz0:
Human Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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