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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5223 | |||||||||
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タイトル | Human Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule | |||||||||
マップデータ | Real space helical reconstruction of the human Ndc80 bonsai decorated microtubule | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ndc80 / HEC1 / NUF2 / tubulin (チューブリン) / kinetochore (動原体) / mitosis (有糸分裂) / calponin homology domain / microtubule (微小管) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis I / positive regulation of axon guidance / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / centrosome duplication / chromosome, centromeric region / microtubule-based process / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of protein stability / structural constituent of cytoskeleton / 動原体 / microtubule cytoskeleton organization / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule binding / 微小管 / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / protein-containing complex binding / 核小体 / GTP binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Alushin GM / Ramey VH / Pasqualato S / Ball DA / Grigorieff N / Musacchio A / Nogales E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2010 タイトル: The Ndc80 kinetochore complex forms oligomeric arrays along microtubules. 著者: Gregory M Alushin / Vincent H Ramey / Sebastiano Pasqualato / David A Ball / Nikolaus Grigorieff / Andrea Musacchio / Eva Nogales / 要旨: The Ndc80 complex is a key site of regulated kinetochore-microtubule attachment (a process required for cell division), but the molecular mechanism underlying its function remains unknown. Here we ...The Ndc80 complex is a key site of regulated kinetochore-microtubule attachment (a process required for cell division), but the molecular mechanism underlying its function remains unknown. Here we present a subnanometre-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the human Ndc80 complex bound to microtubules, sufficient for precise docking of crystal structures of the component proteins. We find that the Ndc80 complex binds the microtubule with a tubulin monomer repeat, recognizing α- and β-tubulin at both intra- and inter-tubulin dimer interfaces in a manner that is sensitive to tubulin conformation. Furthermore, Ndc80 complexes self-associate along protofilaments through interactions mediated by the amino-terminal tail of the NDC80 protein, which is the site of phospho-regulation by Aurora B kinase. The complex's mode of interaction with the microtubule and its oligomerization suggest a mechanism by which Aurora B could regulate the stability of load-bearing kinetochore-microtubule attachments. #1: ジャーナル: CELL (CAMBRIDGE,MASS.) / 年: 2008 タイトル: Implications for kinetochore-microtubule attachment from the structure of an engineered Ndc80 complex 著者: Ciferri C / Pasqualato S / Screpanti E / Varetti G / Santaguida S / Dos Reis G / Maiolica A / Polka J / De Luca JG / De Wulf P / Salek M / Rappsilber J / Moores CA / Salmon ED / Musacchio A #2: ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2001 タイトル: Refined structure of alpha-beta tubulin from zinc-induced sheets stabilized with taxol 著者: Lowe J / Li H / Downing KH / Nogales E | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5223.map.gz | 17.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5223-v30.xml emd-5223.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5223_1.png | 194.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5223 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5223 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Real space helical reconstruction of the human Ndc80 bonsai decorated microtubule | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule
全体 | 名称: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule
超分子 | 名称: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Ndc80 bonsai is a heterodimer of Ndc80-Spc25 and Nuf2-Spc24 Tubulin is a heterodimer of alpha-beta tubulin 集合状態: 2 copies of the Ndc80 bonsai complex bind to each tubulin heterodimer Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 260 KDa |
-分子 #1: tubulin
分子 | 名称: tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tubulin / コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow / 組織: brain / 細胞中の位置: cytoskeleton |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-分子 #2: Ndc80-Spc25 Chimera
分子 | 名称: Ndc80-Spc25 Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Ndc80-Spc25 Chimera 詳細: Chimera of Ndc80 residues 1-286 with Spc25 residues 118-224 コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Kinetochore |
分子量 | 理論値: 45 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX6p-2RBS |
-分子 #3: Nuf2-Spc24 Chimera
分子 | 名称: Nuf2-Spc24 Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Nuf2-Spc24 Chimera 詳細: Chimera of Nuf2 residues 1-169 with Spc24 residues 122-197 コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Kinetochore |
分子量 | 理論値: 29 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX6p-2RBS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 80mM PIPES, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05% Nonidet P-40, 20uM taxol |
グリッド | 詳細: C-flat 1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot 手法: 2ul of 0.25 mg per ml MTs applied to grid for 1 minute 4ul of 0.7 mg per ml Ndc80 bonsai added, 1 minute manually blotted, then another 4ul of Ndc80 applied 1 minute 2ul removed with pipetter ...手法: 2ul of 0.25 mg per ml MTs applied to grid for 1 minute 4ul of 0.7 mg per ml Ndc80 bonsai added, 1 minute manually blotted, then another 4ul of Ndc80 applied 1 minute 2ul removed with pipetter Blot for 2 seconds before plunging, 0mm offset |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism corrected at 100Kx mag |
日付 | 2009年3月12日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.54113 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 27.67984 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, FREALIGN 詳細: Particles were initially aligned using IHRSR protocol in SPIDER with naked MT as reference. Final reconstruction and CTF correction was performed with FREALIGN. A B-factor of -450 was applied ...詳細: Particles were initially aligned using IHRSR protocol in SPIDER with naked MT as reference. Final reconstruction and CTF correction was performed with FREALIGN. A B-factor of -450 was applied with BFACTOR. FSC was calculated only for MT and Ndc80-NUF2 head, disordered outer head was excluded with soft mask. |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid Body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3iz0: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. The pdb was manually edited to remove disordered residues in EM map it ends at residue four hundred thirty seven |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3iz0: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: D |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. The pdb was manually edited to remove disordered residues in EM map it ends at residue one hundred fifty six |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3iz0: |