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- EMDB-3364: Sub-tomogram averaging of Tula virus glycoprotein spike -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3364
タイトルSub-tomogram averaging of Tula virus glycoprotein spike
マップデータSub-tomogram average of Tula virus surface
試料
  • 試料: Glycoprotein spike of Tula hantavirus
  • ウイルス: Tula virus (ウイルス)
キーワードTula virus / membrane protein (膜タンパク質) / glycoprotein (糖タンパク質) / hantavirus (ハンタウイルス) / bunyavirus (ブニヤウイルス目) / receptor binding (受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal ...: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tula virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.6 Å
データ登録者Li S / Rissanen I / Zeltina A / Hepojoki J / Raghwani J / Harlos K / Pybus OG / Huiskonen JT / Bowden TA
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: A Molecular-Level Account of the Antigenic Hantaviral Surface.
著者: Sai Li / Ilona Rissanen / Antra Zeltina / Jussi Hepojoki / Jayna Raghwani / Karl Harlos / Oliver G Pybus / Juha T Huiskonen / Thomas A Bowden /
要旨: Hantaviruses, a geographically diverse group of zoonotic pathogens, initiate cell infection through the concerted action of Gn and Gc viral surface glycoproteins. Here, we describe the high- ...Hantaviruses, a geographically diverse group of zoonotic pathogens, initiate cell infection through the concerted action of Gn and Gc viral surface glycoproteins. Here, we describe the high-resolution crystal structure of the antigenic ectodomain of Gn from Puumala hantavirus (PUUV), a causative agent of hemorrhagic fever with renal syndrome. Fitting of PUUV Gn into an electron cryomicroscopy reconstruction of intact Gn-Gc spike complexes from the closely related but non-pathogenic Tula hantavirus localized Gn tetramers to the membrane-distal surface of the virion. The accuracy of the fitting was corroborated by epitope mapping and genetic analysis of available PUUV sequences. Interestingly, Gn exhibits greater non-synonymous sequence diversity than the less accessible Gc, supporting a role of the host humoral immune response in exerting selective pressure on the virus surface. The fold of PUUV Gn is likely to be widely conserved across hantaviruses.
履歴
登録2016年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月13日-
マップ公開2016年5月4日-
更新2016年6月8日-
現状2016年6月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5fyn
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5fyn
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5fyn
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3364.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of Tula virus surface
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-4.09631443 - 4.94078588
平均 (標準偏差)0.01067896 (±0.68623537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-4.0964.9410.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Glycoprotein spike of Tula hantavirus

全体名称: Glycoprotein spike of Tula hantavirus
要素
  • 試料: Glycoprotein spike of Tula hantavirus
  • ウイルス: Tula virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Glycoprotein spike of Tula hantavirus

超分子名称: Glycoprotein spike of Tula hantavirus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Lattice of GnGc tetramers / Number unique components: 1

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超分子 #1: Tula virus

超分子名称: Tula virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Tula hantavirus / NCBI-ID: 37133 / 生物種: Tula virus / Sci species strain: Moravia / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Tula hantavirus
宿主生物種: Microtus (ハタネズミ属) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Chlorocebus / 組換細胞: Vero E6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris, 75 mM NaCl
グリッド詳細: Grids (Cflat CF-2/1-2C-T) were glow-discharged for 15 s. 10-nm gold particles were added.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 160000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF QUANTUM LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 °
温度最低: 80 K / 最高: 120 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 160,000 times magnification.
詳細Super-resolution counting mode
日付2014年8月14日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 30 / 平均電子線量: 60 e/Å2
詳細: Each image is a tilt series of 19 movies, acquired at 5 degree intervals. Each movie consists of 8 frames.
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each tilted image
最終 3次元分類クラス数: 1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 5449
詳細Subtomograms were selected using template-based picking.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5fxu


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera, Segger
詳細Density was segmented in 6 segments and 1000 evenly rotated fits were considered for each segment.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-5fyn:
Sub-tomogram averaging of Tula virus glycoprotein spike

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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