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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction of wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon | ||||||||||||||||||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y ...Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing 著者: Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 44.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 33 MB 33 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33137_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33137_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
全体 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon |
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要素 |
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-超分子 #1: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
超分子 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of ...
分子 | 名称: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (intron and 3'-exon) タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 140.071703 KDa |
配列 | 文字列: AUAGCAAUAU UUACCUUUGG AGGGAAAAGU UAUCAGGCAU GCACCUGGUA GCUAGUCUUU AAACCAAUAG AUUGCAUCGG UUUAAAAGG CAAGACCGUC AAAUUGCGGG AAAGGGGUCA ACAGCCGUUC AGUACCAAGU CUCAGGGGAA ACUUUGAGAU G GCCUUGCA ...文字列: AUAGCAAUAU UUACCUUUGG AGGGAAAAGU UAUCAGGCAU GCACCUGGUA GCUAGUCUUU AAACCAAUAG AUUGCAUCGG UUUAAAAGG CAAGACCGUC AAAUUGCGGG AAAGGGGUCA ACAGCCGUUC AGUACCAAGU CUCAGGGGAA ACUUUGAGAU G GCCUUGCA AAGGGUAUGG UAAUAAGCUG ACGGACAUGG UCCUAACCAC GCAGCCAAGU CCUAAGUCAA CAGAUCUUCU GU UGAUAUG GAUGCAGUUC ACAGACUAAA UGUCGGUCGG GGAAGAUGUA UUCUUCUCAU AAGAUAUAGU CGGACCUCUC CUU AAUGGG AGCUAGCGGA UGAAGUGAUG CAACACUGGA GCCGCUGGGA ACUAAUUUGU AUGCGAAAGU AUAUUGAUUA GUUU UGGAG UACUCGUAAG GUAGCCAAAU GCCUCGUCA |
-分子 #2: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of ...
分子 | 名称: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (5'-exon) タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 8.014804 KDa |
配列 | 文字列: ACGGCGGGAG UAACUAUGAC UCUCU |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 28 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: SPERMIDINE
分子 | 名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPD |
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分子量 | 理論値: 145.246 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SPD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00068 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 79.3 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 4188150 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 494563 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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得られたモデル | ![]() PDB-7xd6: |