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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29503 | |||||||||
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タイトル | Neck structure of Agrobacterium phage Milano, C3 symmetry | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Myophage / redox trigger / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Agrobacterium phage Milano (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Sonani RR / Wang F / Esteves NC / Kelly RJ / Sebastian A / Kreutzberger MAB / Leiman PG / Scharf BE / Egelman EH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Neck and capsid architecture of the robust Agrobacterium phage Milano. 著者: Ravi R Sonani / Nathaniel C Esteves / Abigail A Horton / Rebecca J Kelly / Amanda L Sebastian / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Petr G Leiman / Birgit E Scharf / Edward H Egelman / 要旨: Large gaps exist in our understanding of how bacteriophages, the most abundant biological entities on Earth, assemble and function. The structure of the "neck" region, where the DNA-filled capsid is ...Large gaps exist in our understanding of how bacteriophages, the most abundant biological entities on Earth, assemble and function. The structure of the "neck" region, where the DNA-filled capsid is connected to the host-recognizing tail remains poorly understood. We describe cryo-EM structures of the neck, the neck-capsid and neck-tail junctions, and capsid of the Agrobacterium phage Milano. The Milano neck 1 protein connects the 12-fold symmetrical neck to a 5-fold vertex of the icosahedral capsid. Comparison of Milano neck 1 homologs leads to four proposed classes, likely evolved from the simplest one in siphophages to more complex ones in myo- and podophages. Milano neck is surrounded by the atypical collar, which covalently crosslinks the tail sheath to neck 1. The Milano capsid is decorated with three types of proteins, a minor capsid protein (mCP) and two linking proteins crosslinking the mCP to the major capsid protein. The extensive network of disulfide bonds within and between neck, collar, capsid and tail provides an exceptional structural stability to Milano. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29503.map.gz | 322.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29503-v30.xml emd-29503.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29503_fsc.xml | 14.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29503.png | 129.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29503.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_29503_half_map_1.map.gz emd_29503_half_map_2.map.gz | 317.9 MB 317.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29503 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fweMC 8fwbC 8fwcC 8fwgC 8fwmC 8fxpC 8fxrC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29503_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29503_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Agrobacterium phage Milano
全体 | 名称: Agrobacterium phage Milano (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Agrobacterium phage Milano
超分子 | 名称: Agrobacterium phage Milano / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2557550 / 生物種: Agrobacterium phage Milano / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア) |
-分子 #1: Collar sheath protein, gp13
分子 | 名称: Collar sheath protein, gp13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ) |
分子量 | 理論値: 24.490402 KDa |
配列 | 文字列: MYFFSVDPRN GASKSGDVCG SCCCESISAR PGEVNGVMVS YAAWSAPLRG HGLTNKTTFE IDGVSVTPPK VSNAFGRTKV GVVFEGTLS DLFPNPEGEQ VEYEISELNG PSNGVVELGA NGAFTYTPGA LFTGVDRFWF SINGNIGEYV ISVDPTTSEL P QPPFTTPV ...文字列: MYFFSVDPRN GASKSGDVCG SCCCESISAR PGEVNGVMVS YAAWSAPLRG HGLTNKTTFE IDGVSVTPPK VSNAFGRTKV GVVFEGTLS DLFPNPEGEQ VEYEISELNG PSNGVVELGA NGAFTYTPGA LFTGVDRFWF SINGNIGEYV ISVDPTTSEL P QPPFTTPV YVPAARRSVD PRTHVLKFVL GVSPAAIPGD VYRLTVRQVA IDCDGNEFVH ISCYDISIGS CG UniProtKB: Virion-associated protein |
-分子 #2: Portal protein, gp7
分子 | 名称: Portal protein, gp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ) |
分子量 | 理論値: 45.840844 KDa |
配列 | 文字列: MLGIPLLTRK AALTPPAPSA NPAKIFIRRF FSAGVAKNVV SYSNVMAAQR AMEHPVAFRC LDKLGLTVQS VKWDVGKDPQ NTQVGDGGM SASQRKALQQ ILQRPNPTMS GAQLRYSAAL SWACFGRMAF KVSVMSDGSV NAIWPLGIPF LKQKFDRYGD V ESFQYGDE ...文字列: MLGIPLLTRK AALTPPAPSA NPAKIFIRRF FSAGVAKNVV SYSNVMAAQR AMEHPVAFRC LDKLGLTVQS VKWDVGKDPQ NTQVGDGGM SASQRKALQQ ILQRPNPTMS GAQLRYSAAL SWACFGRMAF KVSVMSDGSV NAIWPLGIPF LKQKFDRYGD V ESFQYGDE AGKETIPSFT KVEKNDKGRP IKNYAFMIVK PSINGAMNFD VQNTPLQAIG VPVALYDALM ARAIDSADGT PN SKWLVTA SRDLDDGQAK EVKEGIEETK PGGDNGGEII FIAGTDVKVQ EMKNDLSDIH SKVPLDDQAR TIAGNFGIPI ALL GFAGAD GSKFANNYDE SRKAFFEDTI EPGYLTPLED GFSMFLCGAG YRVIFDRDSI PALRKSRADI AATYDKVTFI TEEE KREVT GWPAKKEGQT QNDDA UniProtKB: Portal protein |
-分子 #3: Neck 2 protein, gp15
分子 | 名称: Neck 2 protein, gp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ) |
分子量 | 理論値: 16.052353 KDa |
配列 | 文字列: MRTADRKHRV IVCSQQSDVD DEGRLLITRA GVIQGWAAIA PVKAIRFSQD GVSMQKDTMQ PTHDITMNYN PDVNVSVSAW VYEHRLKSP PRWFKVLSVV NVDECSRYMK IRCRLVETSD DVTPPVEEEK NSFGAVKIDI PL UniProtKB: Head completion protein |
-分子 #4: Tail-terminator protein, gp18
分子 | 名称: Tail-terminator protein, gp18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ) |
分子量 | 理論値: 20.268541 KDa |
配列 | 文字列: METKLTYGNR VTLPEFAKYI VAPAFHEIEG RAIPVTGVDD DASGTQATKL PFVLVGLRQG DTSGPATIAG NSTINLRDDF IVEFNMKKE RYRDRKGGET PFFSYYDYES IRDRLFNSMI EFSGEHGITF EFVSLDISTE GDVVYIEFRF RQNYEWCETV R EADTTIEA GRFSINLQGC UniProtKB: Virion-associated protein |
-分子 #5: Tail-tube, gp21
分子 | 名称: Tail-tube, gp21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ) |
分子量 | 理論値: 14.673427 KDa |
配列 | 文字列: MACNKQNGVK NILITFTDCD TQEVIGPISH EQPDDTLPTY KNCAWTNTAL TNGYVQRSAS NATMTLPVVR DLRVPLAFYQ GCAQVDVQV EKFDGTVMTL TEGAVVEPEE SDGRSVTMNI VASEIDELLP PGSLAAA UniProtKB: Virion-associated protein |
-分子 #6: Neck 1 protein, gp14
分子 | 名称: Neck 1 protein, gp14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ) |
分子量 | 理論値: 22.255439 KDa |
配列 | 文字列: MNLDTLLPLQ TIREHAKCDD NPRVTDDLLK LYREAAFEAA ELYTGLSFTP EKTIVEPIRL KGRRGKIILS ATPIAGRPVV FYGGGLGSP LELIPRPGSN VLFFPYGSPD RFQTWGDCHT CDVESQLMAT YVTGRRCENS VPAGIIIGIL KLIAWNINNP G DEVMSVRN ...文字列: MNLDTLLPLQ TIREHAKCDD NPRVTDDLLK LYREAAFEAA ELYTGLSFTP EKTIVEPIRL KGRRGKIILS ATPIAGRPVV FYGGGLGSP LELIPRPGSN VLFFPYGSPD RFQTWGDCHT CDVESQLMAT YVTGRRCENS VPAGIIIGIL KLIAWNINNP G DEVMSVRN TLNANAQGLI GGTNNGAVIS GAQDEWFRYR RVLL UniProtKB: Head-to-tail connector complex protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |