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- EMDB-2389: The limits of structural plasticity in a picornavirus capsid reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2389
タイトルThe limits of structural plasticity in a picornavirus capsid revealed by a massively expanded equine rhinitis A virus particle
マップデータReconstruction of native equine rhinitis A virus
試料
  • 試料: native equine rhinitis A virus
  • ウイルス: Equine rhinitis A virus (ウマライノウイルス)
キーワードvirus (ウイルス) / picornavirus (ピコルナウイルス科) / capsid structure / capsid expansion / uncoating (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Equine rhinitis A virus (ウマライノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Bakker SE / Groppelli E / Pearson AR / Stockley PG / Rowlands DJ / Ranson NA
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Limits of structural plasticity in a picornavirus capsid revealed by a massively expanded equine rhinitis A virus particle.
著者: Saskia E Bakker / Elisabetta Groppelli / Arwen R Pearson / Peter G Stockley / David J Rowlands / Neil A Ranson /
要旨: The Picornaviridae family of small, nonenveloped viruses includes major pathogens of humans and animals. They have positive-sense, single-stranded RNA genomes, and the mechanism(s) by which these ...The Picornaviridae family of small, nonenveloped viruses includes major pathogens of humans and animals. They have positive-sense, single-stranded RNA genomes, and the mechanism(s) by which these genomes are introduced into cells to initiate infection remains poorly understood. The structures of presumed uncoating intermediate particles of several picornaviruses show limited expansion and some increased porosity compared to the mature virions. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of native equine rhinitis A virus (ERAV), together with the structure of a massively expanded ERAV particle, each at ∼17-Å resolution. The expanded structure has large pores on the particle 3-fold axes and has lost the RNA genome and the capsid protein VP4. The expanded structure thus illustrates both the limits of structural plasticity in such capsids and a plausible route by which genomic RNA might exit.
IMPORTANCE: Picornaviruses are important animal and human pathogens that protect their genomic RNAs within a protective protein capsid. Upon infection, this genomic RNA must be able to leave the ...IMPORTANCE: Picornaviruses are important animal and human pathogens that protect their genomic RNAs within a protective protein capsid. Upon infection, this genomic RNA must be able to leave the capsid to initiate a new round of infection. We describe here the structure of a unique, massively expanded state of equine rhinitis A virus that provides insight into how this exit might occur.
履歴
登録2013年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2014年4月2日-
更新2014年5月28日-
現状2014年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4ctf
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4ctf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2389.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of native equine rhinitis A virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.72 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-4.61396217 - 5.0
平均 (標準偏差)0.05795313 (±1.01771605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 412.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.721.721.72
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z412.800412.800412.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-4.6145.0000.058

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : native equine rhinitis A virus

全体名称: native equine rhinitis A virus
要素
  • 試料: native equine rhinitis A virus
  • ウイルス: Equine rhinitis A virus (ウマライノウイルス)

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超分子 #1000: native equine rhinitis A virus

超分子名称: native equine rhinitis A virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One icosahedral virus particle / Number unique components: 1

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超分子 #1: Equine rhinitis A virus

超分子名称: Equine rhinitis A virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: ERAV / NCBI-ID: 47000 / 生物種: Equine rhinitis A virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: ERAV
宿主生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HeLa cells
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 316 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
グリッド詳細: 300 mesh quantifoil R1.2/1.3 grids, glow discharged in air.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 87209 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2011年1月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 15 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping, each particle
最終 2次元分類クラス数: 78
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 260

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1asj

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4ctf:
The limits of structural plasticity in a picornavirus capsid revealed by a massively expanded equine rhinitis A virus particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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