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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22989 | |||||||||
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タイトル | Structure of kinase and Central lobes of yeast CKM | |||||||||
マップデータ | Structure of kinase and Central lobes of yeast CKM | |||||||||
試料 |
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キーワード | Mediator / Transcription (転写 (生物学)) / Kinase (キナーゼ) / Cdk8 / Med13 / Med12 / CycC / CDK / Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / RNA Polymerase II (RNAポリメラーゼII) / PIWI. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of filamentous growth / positive regulation of transcription by galactose / CKM complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / サイクリン依存性キナーゼ ...negative regulation of filamentous growth / positive regulation of transcription by galactose / CKM complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / meiotic cell cycle / protein destabilization / transcription coactivator activity / protein kinase activity / リン酸化 / protein serine kinase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Li YC / Chao TC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structure and noncanonical Cdk8 activation mechanism within an Argonaute-containing Mediator kinase module. 著者: Yi-Chuan Li / Ti-Chun Chao / Hee Jong Kim / Timothy Cholko / Shin-Fu Chen / Guojie Li / Laura Snyder / Kotaro Nakanishi / Chia-En Chang / Kenji Murakami / Benjamin A Garcia / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai / 要旨: The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic ...The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic mutations causative for neurodevelopmental disorders and cancer congregate in CKM subunits. However, the structure of the intact CKM and the mechanism by which Cdk8 is non-canonically activated and functionally affected by oncogenic CKM alterations are poorly understood. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of CKM that redefines prior CKM structural models and explains the mechanism of Med12-dependent Cdk8 activation. Med12 interacts extensively with CycC and activates Cdk8 by stabilizing its activation (T-)loop through conserved Med12 residues recurrently mutated in human tumors. Unexpectedly, Med13 has a characteristic Argonaute-like bi-lobal architecture. These findings not only provide a structural basis for understanding CKM function and pathological dysfunction, but also further impute a previously unknown regulatory mechanism of Mediator in transcriptional modulation through its Med13 Argonaute-like features. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22989.map.gz | 202.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22989-v30.xml emd-22989.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22989_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22989.png | 73 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22989.cif.gz | 7.7 KB | ||
その他 | emd_22989_half_map_1.map.gz emd_22989_half_map_2.map.gz | 171.3 MB 172 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22989 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22989 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of kinase and Central lobes of yeast CKM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half-volume 1
ファイル | emd_22989_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume 2
ファイル | emd_22989_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : yeast CDK8 complex
全体 | 名称: yeast CDK8 complexCyclin-dependent kinase 8 |
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要素 |
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-超分子 #1: yeast CDK8 complex
超分子 | 名称: yeast CDK8 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 430 KDa |
-分子 #1: Meiotic mRNA stability protein kinase SSN3
分子 | 名称: Meiotic mRNA stability protein kinase SSN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: サイクリン依存性キナーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 62.940906 KDa |
配列 | 文字列: MYNGKDRAQN SYQPMYQRPM QVQGQQQAQS FVGKKNTIGS VHGKAPMLMA NNDVFTIGPY RARKDRMRVS VLEKYEVIGY IAAGTYGKV YKAKRQINSG TNSANGSSLN GTNAKIPQFD STQPKSSSSM DMQANTNALR RNLLKDEGVT PGRIRTTRED V SPHYNSQK ...文字列: MYNGKDRAQN SYQPMYQRPM QVQGQQQAQS FVGKKNTIGS VHGKAPMLMA NNDVFTIGPY RARKDRMRVS VLEKYEVIGY IAAGTYGKV YKAKRQINSG TNSANGSSLN GTNAKIPQFD STQPKSSSSM DMQANTNALR RNLLKDEGVT PGRIRTTRED V SPHYNSQK QTLIKKPLTV FYAIKKFKTE KDGVEQLHYT GISQSACREM ALCRELHNKH LTTLVEIFLE RKCVHMVYEY AE HDLLQII HFHSHPEKRM IPPRMVRSIM WQLLDGVSYL HQNWVLHRDL KPANIMVTID GCVKIGDLGL ARKFHNMLQT LYT GDKVVV TIWYRAPELL LGARHYTPAV DLWSVGCIFA ELIGLQPIFK GEEAKLDSKK TVPFQVNQLQ RILEVLGTPD QKIW PYLEK YPEYDQITKF PKYRDNLATW YHSAGGRDKH ALSLLYHLLN YDPIKRIDAF NALEHKYFTE SDIPVSENVF EGLTY KYPA RRIHTNDNDI MNLGSRTKNN TQASGITAGA AANALGGLGV NRRILAAAAA AAAAVSGNNA SDEPSRKKNR R UniProtKB: Meiotic mRNA stability protein kinase SSN3 |
-分子 #2: RNA polymerase II holoenzyme cyclin-like subunit
分子 | 名称: RNA polymerase II holoenzyme cyclin-like subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 37.834598 KDa |
配列 | 文字列: MSGSFWTSTQ RHHWQYTKAS LAKERQKLWL LECQLFPQGL NIVMDSKQNG IEQSITKNIP ITHRDLHYDK DYNLRIYCYF LIMKLGRRL NIRQYALATA HIYLSRFLIK ASVREINLYM LVTTCVYLAC KVEECPQYIR TLVSEARTLW PEFIPPDPTK V TEFEFYLL ...文字列: MSGSFWTSTQ RHHWQYTKAS LAKERQKLWL LECQLFPQGL NIVMDSKQNG IEQSITKNIP ITHRDLHYDK DYNLRIYCYF LIMKLGRRL NIRQYALATA HIYLSRFLIK ASVREINLYM LVTTCVYLAC KVEECPQYIR TLVSEARTLW PEFIPPDPTK V TEFEFYLL EELESYLIVH HPYQSLKQIV QVLKQPPFQI TLSSDDLQNC WSLINDSYIN DVHLLYPPHI IAVACLFITI SI HGKPTKG SSLASAASEA IRDPKNSSSP VQIAFNRFMA ESLVDLEEVM DTIQEQITLY DHWDKYHEQW IKFLLHTLYL RPA SAI UniProtKB: RNA polymerase II holoenzyme cyclin-like subunit |
-分子 #3: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
分子 | 名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 167.049812 KDa |
配列 | 文字列: MNNGSGRYLL TPPDDLHPYV PSSKPQEQVY PDFKPWEHTA AEDQILANFV AKGFYHTPMV NFESISARSS VHESLVTQSN ILSQQFDKI IKIREDHINK IPSNSTTTLH GPGFQLPNRI TLTDHRKETW LHELSSSHTS LVKIGKFIPH GLKRRQVIEQ C YLKFIPLK ...文字列: MNNGSGRYLL TPPDDLHPYV PSSKPQEQVY PDFKPWEHTA AEDQILANFV AKGFYHTPMV NFESISARSS VHESLVTQSN ILSQQFDKI IKIREDHINK IPSNSTTTLH GPGFQLPNRI TLTDHRKETW LHELSSSHTS LVKIGKFIPH GLKRRQVIEQ C YLKFIPLK RAIWLIKCCY FIEWKSNHKK KRSNAAGADD AISMHLLKDW TDTFVYILEK LIFDMTNHYN DSQQLRTWKR QI SYFLKLL GNCYSLRLIN KEIFHHWLVE FINKMENFEF LPLSLHILMI FWNDICQIDT NAPVAATITS SQKEPFFLVT KIT DMLLHK YYIVSSSKSM INDENYIIND IKKNNKIKLN ILKILSSLIL KIFQEQSLEV FIFPTSNWEI YKPLLFEIVS NADT NQNSD MKKKLELISY RNESLKNNSS IRNVIMSASN ANDFQLTIVT CKQFPKLSCI QLNCIDTQFT KLLDDNPTEF DWPTY VDQN PLTMHKIIQL ILWSIHPSRQ FDHYESNQLV AKLLLLRINS TDEDLHEFQI EDAIWSLVFQ LAKNFSAQKR VVSYMM PSL YRLLNILITY GIIKVPTYIR KLISSGLLYL QDSNDKFVHV QLLINLKISP LMKSQYNMVL RNVMEYDVKF YEIFNFD QL VEITEQIKMR ILSNDITNLQ LSKTPLSIKI MVAEWYLSHL CSGILSSVNR TVLLKIFKIF CIDLEVFHHF FKWIEFIV Y HQLLSDIESL EALMDILLCY QKLFSQFIND HILFTKTFIF IYKKVLKEKD VPAYNVTSFM PFWKFFMKNF PFVLKVDND LRIELQSVYN DEKLKTEKLK NDKSEVLKVY SMINNSNQAV GQTWNFPEVF QVNIRFLLHN SEIIDTNTSK QFQKARNNVM LLIATNLKE YNKFMSIFLK RKDFTNKNLI QLISLKLLTF EVTQNVLGLE YIIRLLPINL ENNDGSYGLF LKYHKEQFIK S NFEKILLT CYELEKKYHG NECEINYYEI LLKILITYGS SPKLLATSTK IIMLLLNDSV ENSSNILEDI LYYSTCPSET DL NDIPLGS GQPDNDTVVT NDDKSDDDDH TVDEIDHVEY YVMMDFANLW VFQAFTCFCI KKIMENNEPA MAMEDLKNFI FQI IEITNS NDLCSQIFDQ LKDMQTIEMI TQIVEKDFCT SCLQNNNQKI DDNYIVVVIE IITSLSMRFQ RETSGMIVIS MENY HLLIK IIRQLSELNE GNLSKREIQI DAVLKIFSFH QDSIFQRIIA DLSADKPTSP FIDSICKLFD KISFNLRLKL FLYEI LSSL KSFAIYSSTI DAPAFHTSGK VELPKKLLNL PPFQVSSFVK ETKLHSGDYG EEEDADQEES FSLNLGIGIV EIAHEN EQK WLIYDKKDHK YVCTFSMEPY HFISNYNTKY TDDMATGSND TTAFNDSCVN LSLFDARFER KNPH UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12 |
-分子 #4: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
分子 | 名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 160.175156 KDa |
配列 | 文字列: MSSDASTYRL EDVLSSFYRV EKIKKINYHQ YISKAQNDQW SIQMEFMLRK QDPKTLVALL SRDLWCFSIN DDPVPTPPAI EHKPVSPDK IGTFTADYSK PNLPPHYALF LKALRRKIYI NLALGSHNKL IQFGNACISL SGVPNYLVQL EPHLFVNGDL T VSLCAKNM ...文字列: MSSDASTYRL EDVLSSFYRV EKIKKINYHQ YISKAQNDQW SIQMEFMLRK QDPKTLVALL SRDLWCFSIN DDPVPTPPAI EHKPVSPDK IGTFTADYSK PNLPPHYALF LKALRRKIYI NLALGSHNKL IQFGNACISL SGVPNYLVQL EPHLFVNGDL T VSLCAKNM GLVPMKEENL EESFLSKHAL YLAPSGIRMH LAPASKQGYL ITPPKHTELL LTTLSVSHGI NLQNKKNLKW VA VVPDLGH LNGHTPTIAS YLTPLLEAKK LVWPLHLIFA QPVADIENST SGDPSEFHCL QDALDAIDDF IQLKQTAAYR TPG SSGVLS SNIAGTNPLS SDGAYTEQFQ HYKNNSISSQ PASYHSVQET NKISPKDFSP NFTGIDKLML SPSDQFAPAF LNTP NNNIN ENELFNDRKQ TTVSNDLENS PLKTELEANG RSLEKVNNSV SKTGSVDTLH NKEGTLEQRE QNENLPSDKS DSMVD KELF GEDEDEDLFG DSNKSNSTNE SNKSISDEIT EDMFEMSDEE ENNNNKSINK NNKEMHTDLG KDIPFFPSSE KPNIRT MSG TTKRLNGKRK YLDIPIDEMT LPTSPLYMDP GAPLPVETPR DRRKSVFAPL NFNPIIENNV DNKYKSGGKF SFSPLQK EE ALNFDISMAD LSSSEEEEDE EENGSSDEDL KSLNVRDDMK PSDNISTNTN IHEPQYINYS SIPSLQDSII KQENFNSV N DANITSNKEG FNSIWKIPQN DIPQTESPLK TVDSSIQPIE SNIKMTLEDN NVTSNPSEFT PNMVNSEISN LPKDKSGIP EFTPADPNLS FESSSSLPFL LRHMPLASIP DIFITPTPVV TISEKEQDIL DLIAEQVVTD YNILGNLGIP KIAYRGVKDC QEGLITTTM LQLFSTFDRL NGNDTISKFY NMKQPYVFVK KHHELIKVKH DSQPFIKFLN FRPPNGIKNF KSLLLSSSFK E DCLSFAPT LSQTYINQEL GFCELLKLTN EDPPGLMYLK AFDKNKLLLL AAQIVSYCSN NKNSIKNVPP ILIILPLDNA TL TELVDKA NIFQVIKNEV CAKMPNIELY LKVIPMDFIR NVLVTVDQYV NVAISIYNML PPKSVKFTHI AHTLPEKVNF RTM QQQQMQ QQQQQQQQQQ NNSTGSSSII YYDSYIHLAY SRSVDKEWVF AALSDSYGQG SMTKTWYVGN SRGKFDDACN QIWN IALNL ASKKFGKICL ILTRLNGILP DDELMNWRRL SGRNIHLAVV CVDDNSKISF IDEDKLYPSF KPIYKDTRFG GRMDM TRLY DYEIRDIDQD IHGIVFQHPF PLAHSQHRCA IRSGALIKFK KCDGDTVWDK FAVNLLNCPH SDSTQLLETI LEEFRN LAA LNVWYGLSDG EDGHIPWHIL AVKKMMNTLV HTRVKIANTS AATVHTATSS SIILSDK UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Hepes pH 7.4, 200 mM NaCl, and 0.005% NP-40 |
グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |