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万見
- EMDB-20397: Structure of Photosystem I Acclimated to Far-red Light -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20397
タイトルStructure of Photosystem I Acclimated to Far-red Light光化学系I
マップデータMap of trimeric photosystem I acclimated to far-red light光化学系I
試料
  • 複合体: Photosystem I from far-red light-adapted Fischerella thermalis PCC 7521光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / photosystem I reaction center / : / 光化学系I / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...チラコイド / photosystem I reaction center / : / 光化学系I / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / magnesium ion binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center protein subunit XI / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI subunit V / Photosystem I reaction center subunit IV ...Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center protein subunit XI / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI subunit V / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem one PsaX / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Gisriel CJ / Shen G / Kurashov V / Ho M / Zhang S / Williams D / Golbeck JH / Fromme P / Bryant DA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC 0001035 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1531991 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41-GM103311 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: The structure of Photosystem I acclimated to far-red light illuminates an ecologically important acclimation process in photosynthesis.
著者: Christopher Gisriel / Gaozhong Shen / Vasily Kurashov / Ming-Yang Ho / Shangji Zhang / Dewight Williams / John H Golbeck / Petra Fromme / Donald A Bryant /
要旨: Phototrophic organisms are superbly adapted to different light environments but often must acclimate to challenging competition for visible light wavelengths in their niches. Some cyanobacteria ...Phototrophic organisms are superbly adapted to different light environments but often must acclimate to challenging competition for visible light wavelengths in their niches. Some cyanobacteria overcome this challenge by expressing paralogous photosynthetic proteins and by synthesizing and incorporating ~8% chlorophyll f into their Photosystem I (PSI) complexes, enabling them to grow under far-red light (FRL). We solved the structure of FRL-acclimated PSI from the cyanobacterium PCC 7521 by single-particle, cryo-electron microscopy to understand its structural and functional differences. Four binding sites occupied by chlorophyll f are proposed. Subtle structural changes enable FRL-adapted PSI to extend light utilization for oxygenic photosynthesis to nearly 800 nm. This structure provides a platform for understanding FRL-driven photosynthesis and illustrates the robustness of adaptive and acclimation mechanisms in nature.
履歴
登録2019年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2020年2月26日-
現状2020年2月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0293
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of trimeric photosystem I acclimated to far-red light
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0293 / ムービー #1: 0.0293
最小 - 最大-0.16519657 - 0.2507048
平均 (標準偏差)0.00001651921 (±0.0058539025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.000424.000424.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1650.2510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I from far-red light-adapted Fischerella thermalis PC...

全体名称: Photosystem I from far-red light-adapted Fischerella thermalis PCC 7521光化学系I
要素
  • 複合体: Photosystem I from far-red light-adapted Fischerella thermalis PCC 7521光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaD光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: photosystem I subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: photosystem I reaction center subunit PsaK光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center protein subunit XI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem one PsaX
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: Chlorophyll F
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: Photosystem I from far-red light-adapted Fischerella thermalis PC...

超分子名称: Photosystem I from far-red light-adapted Fischerella thermalis PCC 7521
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 87.627914 KDa
配列文字列: MTLTPEREQE VRVVVDNDPV PTSFQKWSQP GHFDRTLAKG AKTTTWIWNL HANAHDFDTH TSDLEDISRK IFAAHFGHLA VVFIWLSGM YFHGARFSNF EAWMANPTGI KPSAQVVWPI FGQEILNGDM GGGFHGIQIT SGLFQMWRAA GFTNTFQLYC T AIGGLVMA ...文字列:
MTLTPEREQE VRVVVDNDPV PTSFQKWSQP GHFDRTLAKG AKTTTWIWNL HANAHDFDTH TSDLEDISRK IFAAHFGHLA VVFIWLSGM YFHGARFSNF EAWMANPTGI KPSAQVVWPI FGQEILNGDM GGGFHGIQIT SGLFQMWRAA GFTNTFQLYC T AIGGLVMA ALMLFAGWFH YHKRAPKLEW FQNTQSMLNH HLAGLLGLGS LGWTGHLIHV SLPTNKLLDT GVALKDIPLP HE FILNPSL MNKLYPHADW GFVKGVVPFF TLQWGHFTDF LTFKGGLNPV TGGLWLTDVA HHHLAIAVMF IIAGHMYRTN WGI GHSIKE MLDDARTPNM LPFLSFIGPV GHKGLFEVLT TSWHAQLSIN LAMLGSLSII IAHHMYAMPP YPYLATDYGT VVSL FTHHV WIGGFLIVGG AAHAAIYMVR DYDPEQNFNN VLDRVLRHRD AIISHLAWVC QFLGFHSFAM YCHNDTMRAF GRPQD MFSD TGIQLQPVFA QWLQHIHTMT IGNPSLQVAA PLGHAFGGLR NLELTGLGTA APNLHDPVSY AFGGGVVAVG GKVAMM PIT LGTADFLIHH IHAFTIHVTV LVLLKGVLFA RSSRLIPDKA NLGFRFPCDG PGRGGTCQVS AWDHVFLGLF WMYNSLS MV IFHFFWKMQS DVWGTVGADG VVTHITGGNF ATSSITNNGW LRDFLWAQST QVITSYNTSL SAYGLMFLGG HFIFGFSL M FLFSGRGYWQ ELIESIVWAH NKLKVAPAIQ PRALSIIHGR AVGVAHYLLG GIVTTWAFFL ARMTAFG

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 83.450969 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLANDPTTRR IFYAIATAHD FESHDGMTEE NLYQRIFASH FGHLAIIFLW ASGILFHVAW QGNFEVWIKD PVHVRPIAH AIWDAQFGPG AIKAFTQAGA RNPVDICYSG VYHWWYTIGL RTNTELYVGA LFLILLAAVF LFAGWLHLQP R YRPNLGWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLANDPTTRR IFYAIATAHD FESHDGMTEE NLYQRIFASH FGHLAIIFLW ASGILFHVAW QGNFEVWIKD PVHVRPIAH AIWDAQFGPG AIKAFTQAGA RNPVDICYSG VYHWWYTIGL RTNTELYVGA LFLILLAAVF LFAGWLHLQP R YRPNLGWF KNSEARLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLVHVA IPESRGQHVG WDNFLSTPPH PAGLWAFFTG NWGAYAQNPD TA EHVFSTS QGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVVLIIA GHMYRTNWRI GHSIKEMMDS KTFFGRKVEG PFN LPHQGL YETVNNSLHF QLSLALACLG VASSLTAQHM YSMPPYAFIA KDFTTMAALY THHQYIAGFL MVGAFSHAAI FWIK DYDPE QNKGNVLERV LKHKEAIIAH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VEVAFGAADK QILIEPVFAQ FIQSANGKIL YGFHT LLSN PDSIAFTAWP NHANVWLPGW LDAINNGTNS LFLTIGPGDF YVHHAIALGL HVTTLILVKG ALDARGSKLM PDKKDF GYA FPCDGPGRGG TCDISAWDAS YLAVFWMLNT LGWVTFYWHW KHLSIWQGNV AQFNESSTYL MGWFRDYLWA NSAQLIN GY NPYGTNNLAV WAWMFLFGHL AWAVSFMFLI TWRGYWQELI ETLAWAHEQT PLSFGYWRDK PVALSIVQAR LVGLTHFT V GYIATYGAFL IASTASKFGQ

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 8.853221 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCRAGQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I protein PsaD

分子名称: Photosystem I protein PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 17.776348 KDa
配列文字列:
MSPSAVLGCR KNVERRFMAE TLSGQTPIFG GSTGGLLKKA EVEEKYAITW TSPKEQVFEM PTGGAAIMRQ GQNLLYLARK EQCIALGGQ LRKFKITDYK IYRIYPNGET VYIHPADGVF PEKVNQGREK VRYNDRRIGQ NPSPSKVKFS GIATYDAPNS

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 8.070138 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWFQD VGTVASIEQG GTSRYPVIVR FDKVNYAGVN TNNFAQDELV EVEAPKAKAK KA

+
分子 #6: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 17.788021 KDa
配列文字列:
MKRIFALILA IFIWFSAVST ALAENTTLVP CYKSPAFVER MKNAPDSYYT TKPLKAYSQL LCGEDGLPRI ALDRLSLAVD VAIPIAIFL YTAGFIGWSG RSYLQAIKKQ DKAEEKEVFI DVPLFISCMV MALFWPMAVI KELLAGELVA KDEEIPISVR

+
分子 #7: photosystem I subunit VIII

分子名称: photosystem I subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 7.735956 KDa
配列文字列:
MMVDMTQLTG DYAASWLPWI MIPLVFYILP FPVFAILFLW IQKEASEEIK ETDNNLAEIG ELEVPNS

+
分子 #8: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ

分子名称: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 5.435492 KDa
配列文字列:
MEARYLFRYL SSAPVVATLA LIIISVILIV LNYLFPGLQY GTFFHSLP

+
分子 #9: photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 3.615425 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) VAA MAFGHVIGVA IVLGLTNIGK

+
分子 #10: Photosystem I reaction center protein subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center protein subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 18.543229 KDa
配列文字列:
MSNTVDTVDN DIIKPFKGDP CLGNLSTPIN DSPLAKAFIN NLPAYRKGLT PFMRGLEIGM AHGYFLVGPE VVIGPLRESA HGANLSGLI TAIYIAVSAC LGISIFAITT FQGNPKGSYS SYSKDSLRPL RTREEWSQLN GGIFLGAMGG AIFAYLLLEN F DALDAILR GAVNAS

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 3.471115 KDa
配列文字列:
MSISDTQVYI ALVVALVPGF LAWRLATELY K

+
分子 #12: Photosystem one PsaX

分子名称: Photosystem one PsaX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 11.132814 KDa
配列文字列:
MPGKESTALP RLHTLPTSLP LATQNHENIF NESGELGHLF GISEEVLKLG VHFMAKADTT ADLPVAKSTT AKPPYTFRTA WALLLLAIN FIVAAYYFHI IE

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 252 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #15: Chlorophyll F

分子名称: Chlorophyll F / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 12 / 式: F6C
分子量理論値: 905.457 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F / Chlorophyll f

+
分子 #16: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #18: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 63 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 12 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #21: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #22: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMC6H13NO5tricineトリシン (緩衝剤)
50.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.02 %BDDM
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5252 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 178666
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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