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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1940 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM density of green-type rubisco activase (R294V) from tobacco | |||||||||
マップデータ | Negative stain EM density of green-type rubisco activase from tobacco. Hexameric model based on p97 D2 ring is fitted into the structure. | |||||||||
試料 |
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キーワード | green type rubisco activase / AAA+ protein / ATPase / negative stain EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activator activity / chloroplast stroma / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nicotiana tabacum (タバコ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Stotz M / Mueller-Cajar O / Ciniawsky S / Wendler P / Hartl FU / Bracher A / Hayer-Hartl M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011 タイトル: Structure of green-type Rubisco activase from tobacco. 著者: Mathias Stotz / Oliver Mueller-Cajar / Susanne Ciniawsky / Petra Wendler / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl / 要旨: Rubisco, the enzyme that catalyzes the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, is subject to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Here we report the 2.95-Å crystal structure of ...Rubisco, the enzyme that catalyzes the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, is subject to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Here we report the 2.95-Å crystal structure of Nicotiana tabacum Rubisco activase (Rca), the enzyme that facilitates the removal of these inhibitors. Rca from tobacco has a classical AAA(+)-protein domain architecture. Although Rca populates a range of oligomeric states when in solution, it forms a helical arrangement with six subunits per turn when in the crystal. However, negative-stain electron microscopy of the active mutant R294V suggests that Rca functions as a hexamer. The residues determining species specificity for Rubisco are located in a helical insertion of the C-terminal domain and probably function in conjunction with the N-domain in Rubisco recognition. Loop segments exposed toward the central pore of the hexamer are required for the ATP-dependent remodeling of Rubisco, resulting in the release of inhibitory sugar. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1940.map.gz | 147.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1940-v30.xml emd-1940.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-1940.png | 122 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1940 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1940 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1940_validation.pdf.gz | 186.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1940_full_validation.pdf.gz | 185.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1940_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1940 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1940 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain EM density of green-type rubisco activase from tobacco. Hexameric model based on p97 D2 ring is fitted into the structure. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.308 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V)
全体 | 名称: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V)
超分子 | 名称: Nicotiana tabacum Rubisco Activase (R294V) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hexamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa / 手法: DSS cross linking, gel filtration |
-分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase activase 1, chloroplastic
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase activase 1, chloroplastic タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rubisco Activase (Rca) 詳細: Hexamer assembles upon addition of 1 mM ATPgammaS at 25 deg C コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Nicotiana tabacum (タバコ) / 別称: Common tobacco / Organelle: Chloroplast |
分子量 | 実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pHUENtRca |
配列 | InterPro: ATPase, AAA-type, core |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.044 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 2mM MgCl2,1mM ATPgammaS |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Grids were stained twice with 2% w/v uranyl acetate |
グリッド | 詳細: Plain carbon |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected for at 110k magnification |
日付 | 2011年6月22日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.95 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.47 µm |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single tilt / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flipping, each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 599 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body. A module of alpha helical domain and alpha-beta domain of neighbouring subunit was overlaid with p97 D2 (3CF3) structure and the hexamer was fitted into the EM map |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Local minimisation, fit in map |
得られたモデル | PDB-3zw6: |