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- EMDB-18918: Subtomogram average of the Vaccinia virus (WR) A4/A10 palisade tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18918
タイトルSubtomogram average of the Vaccinia virus (WR) A4/A10 palisade trimer in mature virions
マップデータ
試料
  • ウイルス: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein A10
    • タンパク質・ペプチド: Core protein A4
キーワードPalisade / A10 / A4 / p4a / Vaccinia (ワクシニアウイルス) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus A5 / Orthopoxvirus A5L protein-like / Poxvirus P4A / Poxvirus P4A protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major core protein OPG136 precursor / 39kDa core protein OPG130
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者Calcraft T / Hernandez-Gonzalez M / Nans A / Rosenthal PB / Way M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2024
タイトル: Palisade structure in intact vaccinia virions.
著者: Miguel Hernandez-Gonzalez / Thomas Calcraft / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Michael Way /
要旨: Vaccinia virus assembly in the cytoplasm of infected cells involves the formation of a biconcave viral core inside the maturing viral particle. The boundary of the core is defined by a ...Vaccinia virus assembly in the cytoplasm of infected cells involves the formation of a biconcave viral core inside the maturing viral particle. The boundary of the core is defined by a pseudohexagonal palisade layer, composed of trimers projecting from an inner wall. To understand the assembly of this complex core architecture, we obtained a subnanometer structure of the palisade trimer by cryo-electron tomography and subtomogram averaging of purified intact virions. Using AlphaFold2 structure predictions, we determined that the palisade is formed from trimers of the proteolytically processed form of the viral protein A10. In addition, we found that each A10 protomer associates with an α-helix (residues 24-66) of A4. Cellular localization assays outside the context of infection demonstrate that the A4 N-terminus is necessary and sufficient to interact with A10. The interaction between A4 and A10 provides insights into how the palisade layer might become tightly associated with the viral membrane during virion maturation. Reconstruction of the palisade layer reveals that, despite local hexagonal ordering, the A10/A4 trimers are widely spaced, suggesting that additional components organize the lattice. This spacing would, however, allow the adoption of the characteristic biconcave shape of the viral core. Finally, we also found that the palisade incorporates multiple copies of a hexameric portal structure. We suggest that these portals are formed by E6, a viral protein that is essential for virion assembly and required to release viral mRNA from the core early in infection.IMPORTANCEPoxviruses such as variola virus (smallpox) and monkeypox cause diseases in humans. Other poxviruses, including vaccinia and modified vaccinia Ankara, are used as vaccine vectors. Given their importance, a greater structural understanding of poxvirus virions is needed. We now performed cryo-electron tomography of purified intact vaccinia virions to study the structure of the palisade, a protein lattice that defines the viral core boundary. We identified the main viral proteins that form the palisade and their interaction surfaces and provided new insights into the organization of the viral core.
履歴
登録2023年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18918.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.56 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.021
最小 - 最大-0.1483242 - 0.1700079
平均 (標準偏差)-0.00016369166 (±0.00798003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 299.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18918_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18918_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18918_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia virus WR

全体名称: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
要素
  • ウイルス: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein A10
    • タンパク質・ペプチド: Core protein A4

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超分子 #1: Vaccinia virus WR

超分子名称: Vaccinia virus WR / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: A36-YdF / NCBI-ID: 10254 / 生物種: Vaccinia virus WR / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Core protein A10

分子名称: Core protein A10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 71.073477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMPIKSIVTL DQLEDSEYLF RIVSTVLPHL CLDYKVCDQL KTTFVHPFDI LLNNSLGSVT KQDELQAAIS KLGINYLIDT TSRELKLFN VTLNAGNIDI INTPINISSE TNPIINTHSF YDLPPFTQHL LNIRLTDTEY RARFIGGYIK PDGSDSMDVL A EKKYPDLN ...文字列:
MMPIKSIVTL DQLEDSEYLF RIVSTVLPHL CLDYKVCDQL KTTFVHPFDI LLNNSLGSVT KQDELQAAIS KLGINYLIDT TSRELKLFN VTLNAGNIDI INTPINISSE TNPIINTHSF YDLPPFTQHL LNIRLTDTEY RARFIGGYIK PDGSDSMDVL A EKKYPDLN FDNTYLFNIL YKDVINAPIK EFKAKIVNGV LSRQDFDNLI GVRQYITIQD RPRFDDAYNI ADAARHYGVN LN TLPLPNV DLTTMPTYKH LIMFEQYFIY TYDRVDIYYN GNKMLFDDEI INFTISMRYQ SLIPRLVDFF PDIPVNNNIV LHT RDPQNA AVNVTVALPN VQFVDINRNN KFFINFFNLL AKEQRSTAIK VTKSMFWDGM DYEEYKSKNL QDMMFINSTC YVFG LYNHN NTTYCSILSD IISAEKTPIR VCLLPRVVGG KTVTNLISET LKSISSMTIR EFPRKDKSIM HIGLSETGFM RFFQL LRLM ADKPHETAIK EVVMAYVGIK LGDKGSPYYI RKESYQDFIY LLFASMGFKV TTRRSIMGSN NISIISIRPR VTKQYI VAT LMKTSCSKNE AEKLITSAFD LLNFMVSVSD FRDYQSYRQY RNYCPRYFYA G

UniProtKB: Major core protein OPG136 precursor

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分子 #2: Core protein A4

分子名称: Core protein A4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 30.95235 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDFFNKFSQG LAESSTPKSS IYYSEEKDPD TKKDEAIEIG LKSQESYYQR QLREQLARDN MTVASRQPIQ PLQPTIHITP QPVPTATPA PILLPSSTVP TPKPRQQTNT SSDMSNLFDW LSEDTDAPAS SLLPALTPSN AVQDIISKFN KDQKTTTPPS T QPSQTLPT ...文字列:
MDFFNKFSQG LAESSTPKSS IYYSEEKDPD TKKDEAIEIG LKSQESYYQR QLREQLARDN MTVASRQPIQ PLQPTIHITP QPVPTATPA PILLPSSTVP TPKPRQQTNT SSDMSNLFDW LSEDTDAPAS SLLPALTPSN AVQDIISKFN KDQKTTTPPS T QPSQTLPT TTCTQQSDGN ISCTTPTVTP PQPPIVATVC TPTPTGGTVC TTAQQNPNPG AASQQNLDDM ALKDLMSNVE RD MHQLQAE TNDLVTNVYD AREYTRRAID QILQLVKGFE RFQK

UniProtKB: 39kDa core protein OPG130

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 詳細: 45mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 2.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 98 / 使用した粒子像数: 623174 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用したサブトモグラム数: 123492
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8r5i:
In situ structure of the Vaccinia virus (WR) A4/A10 palisade trimer in mature virions by flexible fitting into a cryoET map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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