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万見
- EMDB-16715: TFIIIC TauA complex map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16715
タイトルTFIIIC TauA complex map
マップデータ
試料
  • 複合体: TFIIIC TauA subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 6
キーワードTFIIIC / tRNA gene / B-Box promoter / DNA recognition (DNA型鑑定) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / skeletal muscle cell differentiation / rRNA transcription ...tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / skeletal muscle cell differentiation / rRNA transcription / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase III / 核小体 / 核膜 / nuclear body / ribonucleoprotein complex / 核小体 / DNA binding / 核質 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
TFIIIC subunit GTF3C6-like / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain ...TFIIIC subunit GTF3C6-like / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain / B-block binding subunit of TFIIIC / Tfc3, extended winged-helix domain / Transcription facto Tfc3-like / B-block binding subunit of TFIIIC / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor 3C polypeptide 1 / General transcription factor 3C polypeptide 6 / General transcription factor 3C polypeptide 5 / General transcription factor 3C polypeptide 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wolfram SD / Mathias G / Luis H / Thomas H / Sebastian E / Christoph M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Other government ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into human TFIIIC promoter recognition.
著者: Wolfram Seifert-Davila / Mathias Girbig / Luis Hauptmann / Thomas Hoffmann / Sebastian Eustermann / Christoph W Müller /
要旨: Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB ...Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB is the first critical step for tRNA synthesis but is mechanistically poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the six-subunit human TFIIIC complex unbound and bound to a tRNA gene. The τB module recognizes the B-box via DNA shape and sequence readout through the assembly of multiple winged-helix domains. TFIIIC220 forms an integral part of both τA and τB connecting the two subcomplexes via a ~550-amino acid residue flexible linker. Our data provide a structural mechanism by which high-affinity B-box recognition anchors TFIIIC to promoter DNA and permits scanning for low-affinity A-boxes and TFIIIB for Pol III activation.
履歴
登録2023年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16715.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-3.6346633 - 5.180893
平均 (標準偏差)0.005058167 (±0.08223427)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 289.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16715_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16715_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16715_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TFIIIC TauA subcomplex

全体名称: TFIIIC TauA subcomplex
要素
  • 複合体: TFIIIC TauA subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor 3C polypeptide 6

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超分子 #1: TFIIIC TauA subcomplex

超分子名称: TFIIIC TauA subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 330 KDa

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分子 #1: General transcription factor 3C polypeptide 1

分子名称: General transcription factor 3C polypeptide 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 244.200719 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDALESLLDE VALEGLDGLC LPALWSRLET RVPPFPLPLE PCTQEFLWRA LATHPGISFY EEPRERPDLQ LQDRYEEIDL ETGILESRR DPVALEDVYP IHMILENKDG IQGSCRYFKE RKNITNDIRT KSLQPRCTMV EAFDRWGKKL IIVASQAMRY R ALIGQEGD ...文字列:
MDALESLLDE VALEGLDGLC LPALWSRLET RVPPFPLPLE PCTQEFLWRA LATHPGISFY EEPRERPDLQ LQDRYEEIDL ETGILESRR DPVALEDVYP IHMILENKDG IQGSCRYFKE RKNITNDIRT KSLQPRCTMV EAFDRWGKKL IIVASQAMRY R ALIGQEGD PDLKLPDFSY CILERLGRSR WQGELQRDLH TTAFKVDAGK LHYHRKILNK NGLITMQSHV IRLPTGAQQH SI LLLLNRF HVDRRSKYDI LMEKLSVMLS TRTNHIETLG KLREELGLCE RTFKRLYQYM LNAGLAKVVS LRLQEIHPEC GPC KTKKGT DVMVRCLKLL KEFKRNDHDD DEDEEVISKT VPPVDIVFER DMLTQTYDLI ERRGTKGISQ AEIRVAMNVG KLEA RMLCR LLQRFKVVKG FMEDEGRQRT TKYISCVFAE ESDLSRQYQR EKARSELLTT VSLASMQEES LLPEGEDTFL SESDS EEER SSSKRRGRGS QKDTRASANL RPKTQPHHST PTKGGWKVVN LHPLKKQPPS FPGAAEERAC QSLASRDSLL DTSSVS EPN VSFVSHCADS NSGDIAVIEE VRMENPKESS SSLKTGRHSS GQDKPHETYR LLKRRNLIIE AVTNLRLIES LFTIQKM IM DQEKQEGVST KCCKKSIVRL VRNLSEEGLL RLYRTTVIQD GIKKKVDLVV HPSMDQNDPL VRSAIEQVRF RISNSSTA N RVKTSQPPVP QGEAEEDSQG KEGPSGSGDS QLSASSRSES GRMKKSDNKM GITPLRNYHP IVVPGLGRSL GFLPKMPRL RVVHMFLWYL IYGHPASNTV EKPSFISERR TIKQESGRAG VRPSSSGSAW EACSEAPSKG SQDGVTWEAE VELATETVYV DDASWMRYI PPIPVHRDFG FGWALVSDIL LCLPLSIFIQ IVQVSYKVDN LEEFLNDPLK KHTLIRFLPR PIRQQLLYKR R YIFSVVEN LQRLCYMGLL QFGPTEKFQD KDQVFIFLKK NAVIVDTTIC DPHYNLARSS RPFERRLYVL NSMQDVENYW FD LQCVCLN TPLGVVRCPR VRKNSSTDQG SDEEGSLQKE QESAMDKHNL ERKCAMLEYT TGSREVVDEG LIPGDGLGAA GLD SSFYGH LKRNWIWTSY IINQAKKENT AAENGLTVRL QTFLSKRPMP LSARGNSRLN IWGEARVGSE LCAGWEEQFE VDRE PSLDR NRRVRGGKSQ KRKRLKKDPG KKIKRKKKGE FPGEKSKRLR YHDEADQSAL QRMTRLRVTW SMQEDGLLVL CRIAS NVLN TKVKGPFVTW QVVRDILHAT FEESLDKTSH SVGRRARYIV KNPQAYLNYK VCLAEVYQDK ALVGDFMNRR GDYDDP KVC ANEFKEFVEK LKEKFSSALR NSNLEIPDTL QELFARYRVL AIGDEKDQTR KEDELNSVDD IHFLVLQNLI QSTLALS DS QMKSYQSFQT FRLYREYKDH VLVKAFMECQ KRSLVNRRRV NHTLGPKKNR ALPFVPMSYQ LSQTYYRIFT WRFPSTIC T ESFQFLDRMR AAGKLDQPDR FSFKDQDNNE PTNDMVAFSL DGPGGNCVAV LTLFSLGLIS VDVRIPEQII VVDSSMVEN EVIKSLGKDG SLEDDEDEED DLDEGVGGKR RSMEVKPAQA SHTNYLLMRG YYSPGIVSTR NLNPNDSIVV NSCQMKFQLR CTPVPARLR PAAAPLEELT MGTSCLPDTF TKLINPQENT CSLEEFVLQL ELSGYSPEDL TAALEILEAI IATGCFGIDK E ELRRRFSA LEKAGGGRTR TFADCIQALL EQHQVLEVGG NTARLVAMGS AWPWLLHSVR LKDREDADIQ REDPQARPLE GS SSEDSPP EGQAPPSHSP RGTKRRASWA SENGETDAEG TQMTPAKRPA LQDSNLAPSL GPGAEDGAEA QAPSPPPALE DTA AAGAAQ EDQEGVGEFS SPGQEQLSGQ AQPPEGSEDP RGFTESFGAA NISQAARERD CESVCFIGRP WRVVDGHLNL PVCK GMMEA MLYHIMTRPG IPESSLLRHY QGVLQPVAVL ELLQGLESLG CIRKRWLRKP RPVSLFSTPV VEEVEVPSSL DESPM AFYE PTLDCTLRLG RVFPHEVNWN KWIHLGGGSG GGSGGSLEVL FQGPGSGSDY KDDDDKGDYK DDDDKGDYKD DDDK

UniProtKB: General transcription factor 3C polypeptide 1

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分子 #2: General transcription factor 3C polypeptide 3

分子名称: General transcription factor 3C polypeptide 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.387969 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSGFSPELID YLEGKISFEE FERRREERKT REKKSLQEKG KLSAEENPDD SEVPSSSGIN STKSQDKDVN EGETSDGVRK SVHKVFASM LGENEDDEEE EEEEEEEEEE EETPEQPTAG DVFVLEMVLN RETKKMMKEK RPRSKLPRAL RGLMGEANIR F ARGEREEA ...文字列:
MSGFSPELID YLEGKISFEE FERRREERKT REKKSLQEKG KLSAEENPDD SEVPSSSGIN STKSQDKDVN EGETSDGVRK SVHKVFASM LGENEDDEEE EEEEEEEEEE EETPEQPTAG DVFVLEMVLN RETKKMMKEK RPRSKLPRAL RGLMGEANIR F ARGEREEA ILMCMEIIRQ APLAYEPFST LAMIYEDQGD MEKSLQFELI AAHLNPSDTE EWVRLAEMSL EQDNIKQAIF CY TKALKYE PTNVRYLWER SSLYEQMGDH KMAMDGYRRI LNLLSPSDGE RFMQLARDMA KSYYEANDVT SAINIIDEAF SKH QGLVSM EDVNIAAELY ISNKQYDKAL EIITDFSGIV LEKKTSEEGT SEENKAPENV TCTIPDGVPI DITVKLMVCL VHLN ILEPL NPLLTTLVEQ NPEDMGDLYL DVAEAFLDVG EYNSALPLLS ALVCSERYNL AVVWLRHAEC LKALGYMERA AESYG KVVD LAPLHLDARI SLSTLQQQLG QPEKALEALE PMYDPDTLAQ DANAAQQELK LLLHRSTLLF SQGKMYGYVD TLLTML AML LKVAMNRAQV CLISSSKSGE RHLYLIKVSR DKISDSNDQE SANCDAKAIF AVLTSVLTKD DWWNLLLKAI YSLCDLS RF QEAELLVDSS LEYYSFYDDR QKRKELEYFG LSAAILDKNF RKAYNYIRIM VMENVNKPQL WNIFNQVTMH SQDVRHHR F CLRLMLKNPE NHALCVLNGH NAFVSGSFKH ALGQYVQAFR THPDEPLYSF CIGLTFIHMA SQKYVLRRHA LIVQGFSFL NRYLSLRGPC QESFYNLGRG LHQLGLIHLA IHYYQKALEL PPLVVEGIEL DQLDLRRDIA YNLSLIYQSS GNTGMAQTLL YTYCSI

UniProtKB: General transcription factor 3C polypeptide 3

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分子 #3: General transcription factor 3C polypeptide 5

分子名称: General transcription factor 3C polypeptide 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.46882 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQGMAAEAA DLGLGAAVPV ELRRERRMVC VEYPGVVRDV AKMLPTLGGE EGVSRIYADP TKRLELYFRP KDPYCHPVC ANRFSTSSLL LRIRKRTRRQ KGVLGTEAHS EVTFDMEILG IISTIYKFQG MSDFQYLAVH TEAGGKHTSM Y DKVLMLRP ...文字列:
MHHHHHHENL YFQGMAAEAA DLGLGAAVPV ELRRERRMVC VEYPGVVRDV AKMLPTLGGE EGVSRIYADP TKRLELYFRP KDPYCHPVC ANRFSTSSLL LRIRKRTRRQ KGVLGTEAHS EVTFDMEILG IISTIYKFQG MSDFQYLAVH TEAGGKHTSM Y DKVLMLRP EKEAFFHQEL PLYIPPPIFS RLDAPVDYFY RPETQHREGY NNPPISGENL IGLSRARRPH NAIFVNFEDE EV PKQPLEA AAQTWRRVCT NPVDRKVEEE LRKLFDIRPI WSRNAVKANI SVHPDKLKVL LPFIAYYMIT GPWRSLWIRF GYD PRKNPD AKIYQVLDFR IRCGMKHGYA PSDLPVKAKR STYNYSLPIT VKKTSSQLVT MHDLKQGLGP SGTSGARKPA SSKY KLKDS VYIFREGALP PYRQMFYQLC DLNVEELQKI IHRNDGAENS CTERDGWCLP KTSDELRDTM SLMIRQTIRS KRPAL FSSS AKADGGKEQL TYESGEDEED EEEEEEEEED FKPSDGSENE METEILDYV

UniProtKB: General transcription factor 3C polypeptide 5

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分子 #4: General transcription factor 3C polypeptide 6

分子名称: General transcription factor 3C polypeptide 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.0696 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAAADERSP EDGEDEEEEE QLVLVELSGI IDSDFLSKCE NKCKVLGIDT ERPILQVDSC VFAGEYEDTL GTCVIFEENV EHADTEGNN KTVLKYKCHT MKKLSMTRTL LTEKKEGEEN IGGVEWLQIK DNDFSYRPNM ICNFLHENED EEVVASAPDK S LELEEEEI ...文字列:
MAAAADERSP EDGEDEEEEE QLVLVELSGI IDSDFLSKCE NKCKVLGIDT ERPILQVDSC VFAGEYEDTL GTCVIFEENV EHADTEGNN KTVLKYKCHT MKKLSMTRTL LTEKKEGEEN IGGVEWLQIK DNDFSYRPNM ICNFLHENED EEVVASAPDK S LELEEEEI QMNDSSNLSC EQEKPMHLEI EDSGPLIDIP SETEGSVFME TQMLP

UniProtKB: General transcription factor 3C polypeptide 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 6 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2 model
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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