[日本語] English
![](img/lk-miru.gif)
- EMDB-16705: HIV-1 mature capsid hexamer next to pentamer (type I) from CA-IP6 CLPs -
+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HIV-1 mature capsid hexamer next to pentamer (type I) from CA-IP6 CLPs | ||||||||||||||||||
![]() | |||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Stacey JCV / Briggs JAG | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Two structural switches in HIV-1 capsid regulate capsid curvature and host factor binding. 著者: James C V Stacey / Aaron Tan / John M Lu / Leo C James / Robert A Dick / John A G Briggs / ![]() ![]() ![]() 要旨: The mature HIV-1 capsid protects the viral genome and interacts with host proteins to travel from the cell periphery into the nucleus. To achieve this, the capsid protein, CA, constructs conical ...The mature HIV-1 capsid protects the viral genome and interacts with host proteins to travel from the cell periphery into the nucleus. To achieve this, the capsid protein, CA, constructs conical capsids from a lattice of hexamers and pentamers, and engages in and then relinquishes multiple interactions with cellular proteins in an orchestrated fashion. Cellular host factors including Nup153, CPSF6, and Sec24C engage the same pocket within CA hexamers. How CA assembles pentamers and hexamers of different curvatures, how CA oligomerization states or curvature might modulate host-protein interactions, and how binding of multiple cofactors to a single site is coordinated, all remain to be elucidated. Here, using single-particle cryoEM, we have determined the structure of the mature HIV-1 CA pentamer and hexamer from conical CA-IP polyhedra to ~3 Å resolution. We also determined structures of hexamers in the context of multiple lattice curvatures and number of pentamer contacts. Comparison of these structures, bound or not to host protein peptides, revealed two structural switches within HIV-1 CA that modulate peptide binding according to CA lattice curvature and whether CA is hexameric or pentameric. These observations suggest that the conical HIV-1 capsid has different host-protein binding properties at different positions on its surface, which may facilitate cell entry and represent an evolutionary advantage of conical morphology. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.7 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 103.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ckxMC ![]() 8ckvC ![]() 8ckwC ![]() 8ckyC ![]() 8ckzC ![]() 8cl0C ![]() 8cl1C ![]() 8cl2C ![]() 8cl3C ![]() 8cl4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16705_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16705_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Mature Capsid
全体 | 名称: HIV-1 Mature Capsid |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: HIV-1 Mature Capsid
超分子 | 名称: HIV-1 Mature Capsid / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Pentamer adjacent hexamer (type I) |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 26 KDa |
-分子 #1: Gag polyprotein
分子 | 名称: Gag polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.761623 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPIVQNLQGQ MVHQAISPRT LNAWVKVVEE KAFSPEVIPM FSALSEGATP QDLNTMLNTV GGHQAAMQML KETINEEAAE WDRLHPVHA GPIAPGQMRE PRGSDIAGTT STLQEQIGWM THNPPIPVGE IYKRWIILGL NKIVRMYSPT SILDIRQGPK E PFRDYVDR ...文字列: MPIVQNLQGQ MVHQAISPRT LNAWVKVVEE KAFSPEVIPM FSALSEGATP QDLNTMLNTV GGHQAAMQML KETINEEAAE WDRLHPVHA GPIAPGQMRE PRGSDIAGTT STLQEQIGWM THNPPIPVGE IYKRWIILGL NKIVRMYSPT SILDIRQGPK E PFRDYVDR FYKTLRAEQA SQEVKNWMTE TLLVQNANPD CKTILKALGP GATLEEMMTA CQGVGGPGHK ARVL |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 6.1 構成要素:
| |||||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | VLP assembly |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 27252 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-8ckx: |