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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of stalled rabbit 80S ribosomes in complex with human CCR4-NOT and CNOT4 | ||||||||||||||||||
![]() | Postprocessed map | ||||||||||||||||||
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![]() | translational control / mRNA decay / ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() CCR4-NOT core complex / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Absmeier E / Chandrasekaran V / O'Reilly FJ / Stowell JAW / Rappsilber J / Passmore LA | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Modulation of GluA2-γ5 synaptic complex desensitization, polyamine block and antiepileptic perampanel inhibition by auxiliary subunit cornichon-2. 著者: Shanti Pal Gangwar / Laura Y Yen / Maria V Yelshanskaya / Aryeh Korman / Drew R Jones / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: Synaptic complexes of α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA) receptors (AMPARs) with auxiliary subunits mediate most excitatory neurotransmission and can be targeted to treat ...Synaptic complexes of α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA) receptors (AMPARs) with auxiliary subunits mediate most excitatory neurotransmission and can be targeted to treat neuropsychiatric and neurological disorders, including epilepsy. Here we present cryogenic-electron microscopy structures of rat GluA2 AMPAR complexes with inhibitory mouse γ5 and potentiating human cornichon-2 (CNIH2) auxiliary subunits. CNIH2 appears to destabilize the desensitized state of the complex by reducing the separation of the upper lobes in ligand-binding domain dimers. At the same time, CNIH2 stabilizes binding of polyamine spermidine to the selectivity filter of the closed ion channel. Nevertheless, CNIH2, and to a lesser extent γ5, attenuate polyamine block of the open channel and reduce the potency of the antiepileptic drug perampanel that inhibits the synaptic complex allosterically by binding to sites in the ion channel extracellular collar. These findings illustrate the fine-tuning of synaptic complex structure and function in an auxiliary subunit-dependent manner, which is critical for the study of brain region-specific neurotransmission and design of therapeutics for disease treatment. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 99.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 108 KB 108 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 202.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 476.8 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 20.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 15.5 MB 382 MB 383.3 MB 383.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bhfMC ![]() 8ss2C ![]() 8ss3C ![]() 8ss4C ![]() 8ss5C ![]() 8ss6C ![]() 8ss7C ![]() 8ss8C ![]() 8ss9C ![]() 8ssaC ![]() 8ssbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Postprocessed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.829 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 2-fold downscaled map used for interpretation
ファイル | emd_16052_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 2-fold downscaled map used for interpretation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Refined map before postprocessing
ファイル | emd_16052_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Refined map before postprocessing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half 1 map
ファイル | emd_16052_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half 1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half 2 map
ファイル | emd_16052_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half 2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Ribosome complex
+超分子 #1: Ribosome complex
+分子 #1: Ribosomal protein L15
+分子 #2: 60S ribosomal protein L13a
+分子 #3: 60S ribosomal protein L17
+分子 #4: Ribosomal protein L18
+分子 #5: Ribosomal protein L19
+分子 #6: 60S ribosomal protein L18a
+分子 #7: 60S ribosomal protein L21
+分子 #8: 60S ribosomal protein L22
+分子 #9: 60S ribosomal protein L23
+分子 #10: TRASH domain-containing protein
+分子 #11: Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein
+分子 #12: Ribosomal protein L26
+分子 #13: 60S ribosomal protein L27
+分子 #14: 60S ribosomal protein L27a
+分子 #15: 60S ribosomal protein L29
+分子 #16: 60S ribosomal protein L30
+分子 #17: 60S ribosomal protein L31
+分子 #18: Ribosomal protein L32
+分子 #19: 60S ribosomal protein L35a
+分子 #20: 60S ribosomal protein L34
+分子 #21: 60S ribosomal protein L35
+分子 #22: 60S ribosomal protein L36
+分子 #23: Ribosomal protein L37
+分子 #24: 60S ribosomal protein L38
+分子 #25: 60S ribosomal protein L39-like
+分子 #26: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #27: 60S ribosomal protein L41
+分子 #28: Ribosomal protein L36a like
+分子 #29: 60S ribosomal protein L37a
+分子 #30: 60S ribosomal protein L28
+分子 #31: 60S acidic ribosomal protein P0
+分子 #32: 60S ribosomal protein L12
+分子 #33: 60S ribosomal protein L10a
+分子 #35: CCR4-NOT transcription complex subunit 3
+分子 #37: nascent chain
+分子 #42: 40S_SA_C domain-containing protein
+分子 #43: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #44: 40S ribosomal protein S2
+分子 #45: Ribosomal protein S3
+分子 #46: 40S ribosomal protein S4
+分子 #47: Ribosomal protein S5
+分子 #48: 40S ribosomal protein S6
+分子 #49: 40S ribosomal protein S7
+分子 #50: 40S ribosomal protein S8
+分子 #51: Ribosomal protein S9 (Predicted)
+分子 #52: Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein
+分子 #53: 40S ribosomal protein S11
+分子 #54: 40S ribosomal protein S12
+分子 #55: ribosomal protein uS15
+分子 #56: Ribosomal protein S14
+分子 #57: 40S ribosomal protein S15
+分子 #58: Ribosomal protein S16
+分子 #59: 40S ribosomal protein S17
+分子 #60: 40S ribosomal protein S18
+分子 #61: 40S ribosomal protein S19
+分子 #62: Ribosomal protein S20
+分子 #63: 40S ribosomal protein S21
+分子 #64: Ribosomal protein S15a
+分子 #65: Ribosomal protein S23
+分子 #66: 40S ribosomal protein S24
+分子 #67: 40S ribosomal protein S25
+分子 #68: 40S ribosomal protein S26
+分子 #69: 40S ribosomal protein S27
+分子 #70: Ribosomal protein S28
+分子 #71: 40S ribosomal protein S29
+分子 #72: Ubiquitin-like domain-containing protein
+分子 #73: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
+分子 #74: Ribosomal protein RACK1
+分子 #75: 60S ribosomal protein L8
+分子 #76: Ribosomal protein L3
+分子 #77: 60S ribosomal protein L4
+分子 #78: 60S ribosomal protein L5
+分子 #79: 60S ribosomal protein L6
+分子 #80: 60S ribosomal protein L7
+分子 #81: 60S ribosomal protein L7a
+分子 #82: 60S ribosomal protein L9
+分子 #83: Ribosomal protein L10
+分子 #84: 60S ribosomal protein L11
+分子 #85: 60S ribosomal protein L13
+分子 #86: 60S ribosomal protein L14
+分子 #34: mRNA
+分子 #36: P-site tRNA
+分子 #38: 28S ribosomal RNA
+分子 #39: 5S ribosomal RNA
+分子 #40: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #41: 18S ribosomal RNA
+分子 #87: MAGNESIUM ION
+分子 #88: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 47.5 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |