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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13919 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up | |||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSコロナウイルス) / Escherichia virus T4 (T4ファージ) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ginex T / Marco-Marin C / Wieczor M / Mata CP / Krieger J / Lopez-Redondo ML / Frances-Gomez C / Ruiz-Rodriguez P / Melero R / Sanchez-Sorzano CO ...Ginex T / Marco-Marin C / Wieczor M / Mata CP / Krieger J / Lopez-Redondo ML / Frances-Gomez C / Ruiz-Rodriguez P / Melero R / Sanchez-Sorzano CO / Martinez M / Gougeard N / Forcada-Nadal A / Zamora-Caballero S / Gozalbo-Rovira R / Sanz-Frasquet C / Bravo J / Rubio V / Marina A / Geller R / Comas I / Gil C / Coscolla M / Orozco M / LLacer JL / Carazo JM | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スペイン, 8件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022 タイトル: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation. 著者: Tiziana Ginex / Clara Marco-Marín / Miłosz Wieczór / Carlos P Mata / James Krieger / Paula Ruiz-Rodriguez / Maria Luisa López-Redondo / Clara Francés-Gómez / Roberto Melero / Carlos ...著者: Tiziana Ginex / Clara Marco-Marín / Miłosz Wieczór / Carlos P Mata / James Krieger / Paula Ruiz-Rodriguez / Maria Luisa López-Redondo / Clara Francés-Gómez / Roberto Melero / Carlos Óscar Sánchez-Sorzano / Marta Martínez / Nadine Gougeard / Alicia Forcada-Nadal / Sara Zamora-Caballero / Roberto Gozalbo-Rovira / Carla Sanz-Frasquet / Rocío Arranz / Jeronimo Bravo / Vicente Rubio / Alberto Marina / / Ron Geller / Iñaki Comas / Carmen Gil / Mireia Coscolla / Modesto Orozco / José Luis Llácer / Jose-Maria Carazo / 要旨: The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta ...The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta subvariant AY.4.2, raising questions about its specific effect on viral infection. We report combined serological, functional, structural and computational studies characterizing the impact of this mutation. Our results reveal that S:A222V promotes an increased RBD opening and slightly increases ACE2 binding as compared to the parent S:D614G clade. Finally, S:A222V does not reduce sera neutralization capacity, suggesting it does not affect vaccine effectiveness. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13919.map.gz | 79.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13919-v30.xml emd-13919.xml | 25.7 KB 25.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13919.png | 100.8 KB | ||
その他 | emd_13919_additional_1.map.gz emd_13919_half_map_1.map.gz emd_13919_half_map_2.map.gz | 50 MB 83.7 MB 83.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13919 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qdhMC 7qdgC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up unsharpened map
ファイル | emd_13919_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up half map 1
ファイル | emd_13919_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up half map 2
ファイル | emd_13919_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant
全体 | 名称: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSコロナウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 340 KDa |
-分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin
分子 | 名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia virus T4 (T4ファージ) |
分子量 | 理論値: 138.902688 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: CVNLTTRTQL PPAYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLGV YYHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ P FLMDLEGK ...文字列: CVNLTTRTQL PPAYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLGV YYHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ P FLMDLEGK QGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPINL VRDLPQGFSA LEPLVDLPIG INITRFQTLL ALHRSYLTPG DS SSGWTAG AAAYYVGYLQ PRTFLLKYNE NGTITDAVDC ALDPLSETKC TLKSFTVEKG IYQTSNFRVQ PTESIVRFPN ITN LCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQ TGKIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN NLDSKVGGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGSTP CNGVEGFNCY FPLQS YGFQ PTNGVGYQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTESNKK FLPFQQFGRD IADTTD AVR DPQTLEILDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVPVAIHAD QLTPTWRVYS TGSNVFQTRA GCLIGAE HV NNSYECDIPI GAGICASYQT QTNSPASVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEILPV SMTKTSVD C TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDFG GFNFSQILPD PSKPSKRSF IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LTVLPPLLTD EMIAQYTSAL LAGTITSGWT FGAGAALQIP FAMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTASALG KLQDVVNQNA QALNTLVKQL SSNFGAISSV L NDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS AP HGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRNFYEPQI ITTDNTFVSG NCDVVIGIVN NTV YDPLQP ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDLGDISGIN ASVVNIQKEI DRLNEVAKNL NESLIDLQEL GKYEQYIKWP LVPR GSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVFL STFLSPHHHH HHHHHEQKLI SEEDL |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2492 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 32.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 268763 |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND, Gctf, cryoSPARC) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model generation |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 3次元分類 | ソフトウェア: (名称: RELION, Scipion) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 82102 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7qdh: |