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- EMDB-13245: E. faecalis 70S ribosome with P-tRNA, state IV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13245
タイトルE. faecalis 70S ribosome with P-tRNA, state IV
マップデータ70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. From RELION Refine3D.リボソーム
試料
  • 複合体: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA (initiation complex), state IV.リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: x 46種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site ...Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 ...Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / Streptococcus faecalis (乳酸球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe C / Wilson DN
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)WI3285/8-1 ドイツ
Swedish Research Council2017-03783 スウェーデン
引用
ジャーナル: mSphere / 年: 2018
タイトル: The Enterococcus Cassette Chromosome, a Genomic Variation Enabler in Enterococci.
著者: A Sivertsen / J Janice / T Pedersen / T M Wagner / J Hegstad / K Hegstad /
要旨: has a highly variable genome prone to recombination and horizontal gene transfer. Here, we have identified a novel genetic island with an insertion locus and mobilization genes similar to those of ... has a highly variable genome prone to recombination and horizontal gene transfer. Here, we have identified a novel genetic island with an insertion locus and mobilization genes similar to those of staphylococcus cassette chromosome elements SCC This novel element termed the enterococcus cassette chromosome (ECC) element was located in the 3' region of and encoded large serine recombinases similar to SCC Horizontal transfer of an ECC element termed ECC:: containing a knock-in chloramphenicol resistance determinant occurred in the presence of a conjugative plasmid. We determined the ECC:: insertion site in the 3' region of in the recipient by long-read sequencing. ECC:: also mobilized by homologous recombination through sequence identity between flanking insertion sequence (IS) elements in ECC:: and the conjugative plasmid. The genes were found in 69 of 516 genomes in GenBank. Full-length ECC elements were retrieved from 32 of these genomes. ECCs were flanked by and sites of approximately 50 bp. The sequences were found by PCR and sequencing of circularized ECCs in three strains. The genes in ECCs contained an amalgam of common and rare genes. Taken together, our data imply that ECC elements act as hot spots for genetic exchange and contribute to the large variation of accessory genes found in is a bacterium found in a great variety of environments, ranging from the clinic as a nosocomial pathogen to natural habitats such as mammalian intestines, water, and soil. They are known to exchange genetic material through horizontal gene transfer and recombination, leading to great variability of accessory genes and aiding environmental adaptation. Identifying mobile genetic elements causing sequence variation is important to understand how genetic content variation occurs. Here, a novel genetic island, the enterococcus cassette chromosome, is shown to contain a wealth of genes, which may aid in adapting to new environments. The transmission mechanism involves the only two conserved genes within ECC, , large serine recombinases that insert ECC into the host genome similarly to SCC elements found in staphylococci.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for PoxtA-mediated resistance to Phenicol and Oxazolidinone antibiotics
著者: Crowe-McAuliffe C / Murina V / Kasari M / Takada H / Turnbull KJ / Sundsfjord A / Hegstad K / Atkinson GC / Wilson DN / Hauryliuk V
履歴
登録2021年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p7u
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13245.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. From RELION Refine3D.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.010022075 - 0.05231893
平均 (標準偏差)0.0018462405 (±0.004089388)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 344.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z344.400344.400344.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.0100.0520.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13245_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. Sharpened map.

ファイルemd_13245_additional_1.map
注釈70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. Sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. Half map.

ファイルemd_13245_half_map_1.map
注釈70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. Half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. Half map.

ファイルemd_13245_half_map_2.map
注釈70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA, state IV. Half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA (initiation complex), s...

全体名称: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA (initiation complex), state IV.リボソーム
要素
  • 複合体: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA (initiation complex), state IV.リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type Bリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S rRNA5SリボソームRNA
    • RNA: tRNA-fMet
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • RNA: 16S rRNA
    • RNA: mRNA伝令RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 1,4-DIAMINOBUTANEプトレシン
  • リガンド: SPECTINOMYCINスペクチノマイシン

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超分子 #1: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA (initiation complex), s...

超分子名称: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA (initiation complex), state IV.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
詳細: Obtained by affinity purification of FLAG-tagged PoxtA.
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

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分子 #1: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.342562 KDa
配列文字列:
MKVKEIRELT TAEMLDKEKQ LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIKEVRQSI ARIKTVLREQ AN

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.365469 KDa
配列文字列:
MAELKITLKR SVIGRPQNQR ATVKALGLGK VNSTVTKPAN EAIKGMVNTI SHLVDVEEV

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.138101 KDa
配列文字列:
MKQDIHPNYQ PVVFMDSTTG FKFLSGSTKG SSETVEWEDG NTYPLLRVEV TSDSHPFYTG RQKFTQADGR VDRFNKKYGL KDENANPDA

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.548759 KDa
配列文字列:
MAVPARRTSK AKKAKRRTHY KLTIKGLNAC SNCGEMKKSH HVCPACGHYD GKDVMSKEA

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.052027 KDa
配列文字列:
MRVNITLECT SCKERNYLTN KNKRNNPDRL EKQKYCPRER KVTLHRETK

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 5.373507 KDa
配列文字列:
MKRTYQPNKR KRQKVHGFRK RMSTKNGRRV LASRRRKGRK VISA

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.727316 KDa
配列文字列:
MPKQKTHRGL AKRVKRTGGG GLKRGRAFTS HRFHGKTKKQ RRQLRKASMV AKGDYKRIRQ QLARMK

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 4.440534 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPM CEHCKVIRRK GRVMVICPAN PKHKQRQG

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 30.291008 KDa
配列文字列: MAIKKYKPTT NGRRNMTSSD FAEITTSTPE KSLLQPLKNN AGRNNNGRIT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRN KDNVAAVVKT IEYDPNRSA NIALVHYEDG VKAYILAPKG LEVGMRLVSG PEADIKVGNA LPLENIPVGT VIHNIEMKPG KGGQLIRSAG T SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPTT NGRRNMTSSD FAEITTSTPE KSLLQPLKNN AGRNNNGRIT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRN KDNVAAVVKT IEYDPNRSA NIALVHYEDG VKAYILAPKG LEVGMRLVSG PEADIKVGNA LPLENIPVGT VIHNIEMKPG KGGQLIRSAG T SAQVLGKE GKYVLIRLNS GEVRMILATC RATIGSVGNE QHELINIGKA GRSRWMRKRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGK TP IGRKAPV SPWGQPAIGY KTRNKKAKSD KLIVRRRTK

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分子 #13: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.758479 KDa
配列文字列: MTKGILGKKV GMTQIFTESG ELIPVTVVEA TPNVVLQVKT VETDGYEAIQ VGYQDKREVL SNKPAKGHVA KANTAPKRFI KEFKNVELG EYEVGKEIKV DVFQAGDVVD VTGTTKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV APNRVFKNKR L AGRMGGDR ...文字列:
MTKGILGKKV GMTQIFTESG ELIPVTVVEA TPNVVLQVKT VETDGYEAIQ VGYQDKREVL SNKPAKGHVA KANTAPKRFI KEFKNVELG EYEVGKEIKV DVFQAGDVVD VTGTTKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV APNRVFKNKR L AGRMGGDR VTIQNLEVVK VDVERNVILI KGNIPGAKKS LITIKSAVKA K

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.549717 KDa
配列文字列: MPNVALFKQD GTQNGEITLN EEIFGIEPNE SVVYDAIIMQ RASLRQGTHA VKNRSAVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KFPKKVRRLA MKSVLSDKVA ENNLVAVEGL SFDAPKTKEF KQVLANLSID TKVLVVLENG N DFAALSAR ...文字列:
MPNVALFKQD GTQNGEITLN EEIFGIEPNE SVVYDAIIMQ RASLRQGTHA VKNRSAVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KFPKKVRRLA MKSVLSDKVA ENNLVAVEGL SFDAPKTKEF KQVLANLSID TKVLVVLENG N DFAALSAR NLPNVSVVTS DNVSVLDVVS ANKVLATQTA LTQIEEVLA

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分子 #15: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 20.12349 KDa
配列文字列:
MNRLKEKYIK EVTPSLVEKF NYSSVMQTPK VDKIVINMGV GDAVSNAKNL DKAVEELALI TGQKPLITKA KKSIAGFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYEF LDKLVTVSLP RVRDFHGVSK KAFDGRGNYT LGIKEQLIFP EVDYDLVDKV RGMDIVIVTT A NTDEESRE LLAQLGMPFQ K

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 19.437303 KDa
配列文字列:
MSRIGNKVVV LPAGVEIKQD GNNITVKGPK GELTREFSSD IKMNIEGNEV TFIRPNDSKE MKTIHGTTRA NFNNMVVGVS EGFQKALEL IGVGYRAQVQ GNKLTLNVGY SHPVEMTAPE GVTFEVPANT QVIVKGINKE VVGELAANIR GVRPPEPYKG K GIRYVGEF VRRKEGKTGK

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 16.325902 KDa
配列文字列:
MRTTYMAKAG EVERKWYVVD ATDVPLGRLS AVVASVLRGK NKPTFTPHVD TGDFVIVINA DKVKLTGKKA TDKIYYRHSM YPGGLKSVT AGELRDKNSR RLIETSVKGM LPKNTLGRKQ FTKLNVYGGA EHPHAAQQPE VLDITNLI

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分子 #18: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.165275 KDa
配列文字列:
MIQQESRLRV ADNSGAREIL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV ATVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RADGSYIKFD ENAAVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVL

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.602868 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRQVRNRVG RGTSSGNGKT AGRGQKGQKA RSGGGVRLGF EGGQTPLFRR LPKRGFTNIN RKDYAVVNLD TLNRFEDGT EVTPVVLKEA GIVKNEKAGI KVLADGELTK KLTVKAAKFS KSAQEAIEAA GGSIEVI

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 16.261168 KDa
配列文字列:
MLVPKRVKHR REFRGKMRGE AKGGKEVAFG EWGLQATESH WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HKSYTSKAIG VRMGKGKGA PEGWVSPVKR GKIMFEIAGV PEEVAREALR LASHKLPVKT KIVKREEMGG ESNEG

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.503704 KDa
配列文字列:
MSYRKLGRTS SQRKAMLRDI TTDLIINERI VTTEARAKEV RSTVEKMITL GKRGDLHARR QAATFVRNEV ASVREEDESI VVESALQKL FNDLGPRFAE RQGGYTRILK TEPRRGDAAP MVVIEFVK

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.937829 KDa
配列文字列:
MITKPDKNKT RQKRHRRVRN KISGTAECPR LNIFRSNKNI YAQVIDDVAG VTLASASALD KEISGGTKTE TAAAVGKLVA ERAAEKGIK KVVFDRGGYL YHGRVQALAE AARENGLEF

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.244479 KDa
配列文字列:
MNPLIQELTQ EQLRTDIPAF RPGDTVRVHA KVVEGTRERI QLFEGVVIKR RGAGISETYT VRKVSNGVGV ERTFPLHTPR VAQIEVVRY GKVRRAKLYY LRALHGKAAR IKEIRR

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.674152 KDa
配列文字列:
MARVKGGTVT RKRRKKVLKL AKGYYGSKHT LFKSAKEQVM NSYYYAFRDR RQKKRDFRKL WIARINAAAR MNGLSYSKLM HGLKLAEID INRKMLADLA VNDAAAFTAL AEQAKDALSK

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.166986 KDa
配列文字列:
MYAIIKTGGK QVKVEVGQAI YVEKLNVEAG EKVVFDEVIL VGGESTKVGA PTVAGATVEG TVEKHGKQKK VVTFQYKPKK HSHRKQGHR QPYTKVMIEA INA

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.473464 KDa
配列文字列:
MSEQITSAKA TAKTVRTSPR KARLVIDLIR GKSVADAISI LKFTPNKSAG IIEKVLMSAV ANAENNFDLD VESLVVSEAF VNEGPTMKR FRPRAKGSAS PINKRTSHIT VVVTEK

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.089021 KDa
配列文字列:
MELLDVIKRP VITEKSMLAM DEKKYTFEVD TRANKTLVKQ AVESAFDVKV ANVNILNVRP KFKRMGKYAG YTKKRRKAIV TLTEDSKEI QLFEAAE

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.137063 KDa
配列文字列:
MFVKKGDKVK VITGKDKNKE GVVLAAFPKQ DKVIVEGVNV VKKHQKPNQA APQGGILEVE APIHVSNVMV IDPSNGEATK VAFKEVDGK KVRVSKKTGE VLDK

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.175572 KDa
配列文字列:
MLLTMNLQLF AHKKGGGSTS NGRDSESKRL GAKSADGQTV TGGSILYRQR GTKIYPGVNV GIGGDDTLFA KVDGVVRFER KGRDKKQVS VYPVAN

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.005314 KDa
配列文字列:
MAKVCYFTGR KTSSGNNRSH AMNSTKRTVK PNLQKVRVLI DGKPKKVWVS TRALKSGKIE RV

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 29.500635 KDa
配列文字列: MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKLV DAAYDYMKNV AEEGGVALFV GTKKQAQEAI KDEAIRAGQ YYVNHRWLGG TLTNWDTIQK RIARLKKINA MEEDGTFEVL PKKEVAGLNK ERERLEKFLG GIADMPRIPD V MYIVDPRK ...文字列:
MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKLV DAAYDYMKNV AEEGGVALFV GTKKQAQEAI KDEAIRAGQ YYVNHRWLGG TLTNWDTIQK RIARLKKINA MEEDGTFEVL PKKEVAGLNK ERERLEKFLG GIADMPRIPD V MYIVDPRK ERIAVQEAHK LNIPIVAMVD TNCDPDEIDV VIPSNDDAIR AVKLITAKMA DAFIEGNQGE DQATEELFVE ET PEATSIE EIVDVVEGNN ESAE

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 24.415184 KDa
配列文字列: MGQKVHPIGM RVGIIRDWDA KWYAEKEYAE FLHEDLRIRK FIATKLADAA VSTIEIERAA NRVNISIHTA KPGMVIGKGG SEVENLRKE LNKLTGKRVH INIVEIKKPD LDAKLVGEGI ARQLENRVAF RRAQKQAIQR AMRAGAKGIK TQVSGRLNGA D IARSEGYS ...文字列:
MGQKVHPIGM RVGIIRDWDA KWYAEKEYAE FLHEDLRIRK FIATKLADAA VSTIEIERAA NRVNISIHTA KPGMVIGKGG SEVENLRKE LNKLTGKRVH INIVEIKKPD LDAKLVGEGI ARQLENRVAF RRAQKQAIQR AMRAGAKGIK TQVSGRLNGA D IARSEGYS EGTVPLHTLR ADIDYAWEEA DTTYGKLGVK VWIYRGEILP TKKNTEKGGK

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 23.273652 KDa
配列文字列: MSRYTGPSWK VSRRLGISLS GTGKELARRP YKPGQHGPNS RGKVSEYGMQ LTEKQKLRHM YGMNERQFRT LFIKASKIKE GKHGVNFMV LLEQRLDNVV YRLGLATTRR QARQLVNHGH ITVDGKRVDI PSYHVEVGQV IGVREKSQNI STIKEAVEAT V GRPAFVSF ...文字列:
MSRYTGPSWK VSRRLGISLS GTGKELARRP YKPGQHGPNS RGKVSEYGMQ LTEKQKLRHM YGMNERQFRT LFIKASKIKE GKHGVNFMV LLEQRLDNVV YRLGLATTRR QARQLVNHGH ITVDGKRVDI PSYHVEVGQV IGVREKSQNI STIKEAVEAT V GRPAFVSF DTEKLEGSFT RLPERDELYP EIDEALVVEY YNQKL

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 17.444357 KDa
配列文字列:
MVYIDPKHLE LEDRVVAINR VTKVVKGGRR LRFAALVVVG DKNGHVGFGT GKAQEVPEAI RKAIEDAKKN LVEVPMVGST IPHEVIGVF GGGRILMKPA VEGSGVAAGG PVRAVLELAG VADITSKSLG SNTPINVVRA TVEGLKQLKR AEEVAALRGK S VEEIIG

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.621188 KDa
配列文字列:
MSQDTKYEIM YIIRPNIDEE AKTALVERFD TILKDNGAEV IESKDWEKRR LAYEMNGFRE GIYHIVNVTS PSTAGAINEF DRLAKINDD IIRHMIVKVE A

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 17.864625 KDa
配列文字列:
MPRKGPVAKR DVLPDPIYNS KLVTRLINRV MVDGKRGIAA NIIYNSFDII KESTGNDPLE VFEQAMKNVM PVLEVKARRV GGSNYQVPV EVRPERRTTL GLRWVVNYAR LRGEHTMEER LAKEIMDAAN NTGASVKKRE DTHKMADANR AFAHYRW

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.936396 KDa
配列文字列:
MVMTDPIADF LTRIRNANMV KHETLEVPAS KIKRDIAEIL KREGFIRDVE YIEDDKQGVI RVFLKYGKNE ERVITNLKRI SKPGLRAYV KADEVPKVLN GLGIAIISTS EGVITDKEAR AKNIGGEVIA YVW

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.27148 KDa
配列文字列:
MAQVQYSGTG RRKNAVARVR LVPGTGKITV NKKDVEEYIP HADLREVINQ PFGVTETKGA YDVIVNVNGG GYAGQSGAIR HGIARALLQ VDPDFRSALK RAGLLTRDAR MVERKKPGLK KARKASQFSK R

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.731739 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYEHRILDQ SADKIVETAK RTGADVSGPI PLPTERSLYT VIRATHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIVNPT PKTVDALMK LDLPSGVNIE IKL

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.739913 KDa
配列文字列:
MAAKKVSRKR RVKKNIESGV AHIHSTFNNT IVMITDTHGN ALAWSSAGSL GFKGSKKSTP FAAQMAAEAA TKVAMEHGLK TVDVTVKGP GSGREAAIRS LQATGLEVTA IRDVTPVPHN GCRPPKRRRV

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 15.309817 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK PRKSKVEKSD SPALNKGYNS FKKTQTNVNS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL SNLIEVTAYI PGIGHNLQE HSVVLLRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTAG VNDRKQSRSK YGTKRPKA

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 13.595774 KDa
配列文字列:
MARIAGVDIP RDKRVVVSLT YIYGIGNTTA KKVLANVGVS EDVRVRDLTN EQTDAIRAEI DKLKVEGDLR REVNLNIKRL MEIGSYRGI RHRRGLPTRG QNTKNNARTR KGPTKTVAGK KK

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.172593 KDa
配列文字列:
MAKKSMIAKN KRPAKHSTQA YTRCERCGRP HSVYRKFHLC RICFRELAYK GQIPGVKKAS W

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.668236 KDa
配列文字列:
MAISQERKNE IIKEYARHEG DTGSPEVQIA VLTEDINQLN EHARTHKKDH HSYRGLMKKI GHRRNLLAYL RKTDIQRYRE LIQRLGLRR

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.35615 KDa
配列文字列:
MAVKIRLKRM GSKKSPFYRI VVADSRSPRD GRFIETVGTY NPLKDPAEVV LKEDLVLDWL SKGAQPSDTV RNILSKEGVM KKHHEAKNV KK

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.3321 KDa
配列文字列:
MTEERNQRKV YQGRVVSDKM DKTITVVVET KKNHPIYGKR MKYSKKYKAH DENNTAKVGD IVKIMETRPL SATKRFRLLE VVEEAVII

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 9.262891 KDa
配列文字列:
MAQQRRGGRK RRKVDYIAAN HIEYIDYKDT ELLKRFISER GKILPRRVTG TGAKNQRKLT IAIKRARIMG LLPFVSDEQ

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 10.586332 KDa
配列文字列:
MGRSLKKGPF VDDHLMKKVE AQQGAEKKKV IKTWSRRSTI FPSFVGFTIA VYDGRKHVPV YIQEDMVGHK LGEFAPTRTY RGHVADDKK TKR

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 8.97232 KDa
配列文字列:
MPNIESAIKR VRTSANANAK NSSQTNAMRT AIKKFEEAVA AGADNVDALY NEAVKAVDMA ATKGLIHKNK ANRDKIRLSK LAK

+
分子 #9: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 944.000625 KDa
配列文字列: GGUUAAGUGA AUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACUAACACCG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUA UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGGAACCC AAUAUCUUUU AUAGGAUAUU ACUUUUCAGU G AAUACAUA ...文字列:
GGUUAAGUGA AUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACUAACACCG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUA UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGGAACCC AAUAUCUUUU AUAGGAUAUU ACUUUUCAGU G AAUACAUA GCUGAUUAGA GGUAGACGCA GAGAACUGAA ACAUCUUAGU ACCUGCAGGA AGAGAAAGAA AAUUCGAUUC CC UGAGUAG CGGCGAGCGA AACGGGAAGA GCCCAAACCA ACAAGCUUGC UUGUUGGGGU UGUAGGACUC CGAUAUGGUA GUC UGUUAG UAUAGUUGAA GGAUUUGGAA AAUUCCGCUA AAGAGGGUGA AAGCCCCGUA GACGAAAUGC UGACAACACC UAGG AGGAU CCUGAGUACG GCGGAACACG AGAAAUUCCG UCGGAAUCCG CGGGGACCAU CCCGCAAGGC UAAAUACUCC CUAGU GACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGU GAAAAGCACC CCGGAAGGGG AGUGAAAUAG AUCCUGAAAC CGUGUG CCU ACAACAAGUC AAAGCUCGUU AAUGAGUGAU GGCGUGCCUU UUGUAGAAUG AACCGGCGAG UUACGAUUGC AUGCGAG GU UAAGUCGAAG AGACGGAGCC GCAGCGAAAG CGAGUCUGAA UAGGGCGAAU GAGUAUGUAG UCGUAGACCC GAAACCAU G UGAUCUACCC AUGUCCAGGU UGAAGGUGCG GUAAAACGCA CUGGAGGACC GAACCCACGU ACGUUGAAAA GUGCGGGGA UGAGGUGUGG GUAGCGGAGA AAUUCCAAAC GAACUUGGAG AUAGCUGGUU CUCUCCGAAA UAGCUUUAGG GCUAGCCUCG GAAUUGAGA AUGAUGGAGG UAGAGCACUG UUUGGACUAG GGGCCCAUCU CGGGUUACCG AAUUCAGAUA AACUCCGAAU G CCAUUCAU UUAUAUCCGG GAGUCAGACU GCGAGUGAUA AGAUCCGUAG UCGAAAGGGA AACAGCCCAG ACCACCAGCU AA GGUCCCA AAAUAUAUGU UAAGUGGAAA AGGAUGUGGG GUUGCACAGA CAACUAGGAU GUUGGCUUAG AAGCAGCCAC CAU UUAAAG AGUGCGUAAU AGCUCACUAG UCGAGUGACC CUGCGCCGAA AAUGUACCGG GGCUAAACAU AUUACCGAAG CUGU GGACU ACACCAUUAG GUGUAGUGGU AGGAGAGCGU UCUAAGGGCG UUGAAGGUCG AUCGUGAGGA CGGCUGGAGC GCUUA GAAG UGAGAAUGCC GGUAUGAGUA GCGAAAGACA GGUGAGAAUC CUGUCCACCG UAUGACUAAG GUUUCCUGGG GAAGGC UCG UCCGCCCAGG GUUAGUCGGG ACCUAAGCCG AGGCCGAUAG GCGUAGGCGA UGGACAACAG GUUGAUAUUC CUGUACC AG UUGUUUUUGU UUGAGCAAUG GAGGGACGCA GUAGGCUAAG GAAUGCAUGC GAUUGGAAGU GCAUGUCCAA GCAAUGAG U CUUGAGUAGA GUUAAAUGCU UUACUCUUUA AGGACAAGUU GUGACGGGGA GCGAAAUAAU AGUAGCGAAG UUCCUGACG UCACACUGCC AAGAAAAGCU UCUAGUGAGA AAACAACUGC CCGUACCGUA AACCGACACA GGUAGUCGAG GAGAGUAUCC UAAGGUGAG CGAGCGAACU CUCGUUAAGG AACUCGGCAA AAUGACCCCG UAACUUCGGG AGAAGGGGUG CUGACUUCGG U CAGCCGCA GUGAAUAGGC CCAAGCGACU GUUUAUCAAA AACACAGGUC UCUGCAAAAU CGUAAGAUGA AGUAUAGGGG CU GACGCCU GCCCGGUGCU GGAAGGUUAA GAGGAUGGGU UAGCUUCGGC GAAGCUCAGA AUUGAAGCCC CAGUAAACGG CGG CCGUAA CUAUAACGGU CCUAAGGUAG CGAAAUUCCU UGUCGGGUAA GUUCCGACCC GCACGAAAGG CGUAACGAUU UGGG CACUG UCUCAACGAG AGACUCGGUG AAAUUUUAGU ACCUGUGAAG AUGCAGGUUA CCCGCGACAG GACGGAAAGA CCCCA UGGA GCUUUACUGU AGUUUGAUAU UGAGUGUUUG UACCACAUGU ACAGGAUAGG UAGGAGCCGA UGAGACCGGA ACGCUA GUU UCGGAGGAGG CGCUGGUGGG AUACUACCCU UGUGUUAUGA ACCCUCUAAC CCGCACCACU AAUCGUGGUG GGAGACA GU GUCAGAUGGG CAGUUUGACU GGGGCGGUCG CCUCCUAAAA GGUAACGGAG GCGCCCAAAG GUUCCCUCAG AAUGGUUG G AAAUCAUUCG AAGAGUGUAA AGGCAGAAGG GAGCUUGACU GCGAGACCUA CAAGUCGAGC AGGGACGAAA GUCGGGCUU AGUGAUCCGG UGGUUCCGCA UGGAAGGGCC AUCGCUCAAC GGAUAAAAGC UACCCUGGGG AUAACAGGCU UAUCUCCCCC AAGAGUCCA CAUCGACGGG GAGGUUUGGC ACCUCGAUGU CGGCUCGUCG CAUCCUGGGG CUGUAGUCGG UCCCAAGGGU U GGGCUGUU CGCCCAUUAA AGCGGCACGC GAGCUGGGUU CAGAACGUCG UGAGACAGUU CGGUCCCUAU CCGUCGCGGG CG UUGGAAA UUUGAGAGGA GCUGUCCUUA GUACGAGAGG ACCGGGAUGG ACUUACCGCU GGUGUACCAG UUGUUCUGCC AAG GGCAUU GCUGGGUAGC UAUGUAGGGA AGGGAUAAAC GCUGAAAGCA UCUAAGUGUG AAGCCCACCU CAAGAUGAGA UUUC CCAUU UCUUUAAGAA AGUAAGACCC CUGAGAGAUG AUCAGGUAGA UAGGUUGGAA GUGGAAGGCU AGUGAUAGUU GGAGC GGAC CAAUACUAAU CGGUCGAGGA CUUAACCA

+
分子 #10: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 37.433188 KDa
配列文字列:
UGUGGUGGCG AUAGCGAGAA GGAUACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUU CUUAGCGCCG AUUGUAGUGA AGGGUUUCC CUUUGUGAGA GUAGGACGUC GCCACGC

+
分子 #11: tRNA-fMet

分子名称: tRNA-fMet / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 24.811795 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGUCAGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGGUCG UAGGUUCAAA UCCUGCCCCC GCAACCA

+
分子 #31: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 504.222625 KDa
配列文字列: GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CCUAAUACAU GCAAGUCGAA CGCUUCUUUC CUCCCGAGUG CUUGCACUC AAUUGGAAAG AGGAGUGGCG GACGGGUGAG UAACACGUGG GUAACCUACC CAUCAGAGGG GGAUAACACU U GGAAACAG ...文字列:
GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CCUAAUACAU GCAAGUCGAA CGCUUCUUUC CUCCCGAGUG CUUGCACUC AAUUGGAAAG AGGAGUGGCG GACGGGUGAG UAACACGUGG GUAACCUACC CAUCAGAGGG GGAUAACACU U GGAAACAG GUGCUAAUAC CGCAUAACAG UUUAUGCCGC AUGGCAUAAG AGUGAAAGGC GCUGGCGGGU GUCGCUGAUG GA UGGACCC GCGGUGCAUU AGCUAGUUGG UGAGGUAACG GCUCACCAAG GCCACGAUGC AUAGCCGACC UGAGAGGGUG AUC GGCCAC ACUGGGACUG AGACACGGCC CAGACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUAGGGAA UCUUCGGCAA UGGACGAAAG UCUG ACCGA GCAACGCCGC GUGAGUGAAG AAGGUUUUCG GAUCGUAAAA CUCUGUUGUU AGAGAAGAAC AAGGACGUUA GUAAC UGAA CGUCCCCUGA CGGUAUCUAA CCAGAAAGCC ACGGCUAACU ACGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUACGUAGGU GGCAAG CGU UGUCCGGAUU UAUUGGGCGU AAAGCGAGCG CAGGCGGUUU CUUAAGUCUG AUGUGAAAGC CCCCGGCUCA ACCGGGG AG GGUCAUUGGA AACUGGGAGA CUUGAGUGCA GAAGAGGAGA GUGGAAUUCC AUGUGUAGCG GUGAAAUGCG UAGAUAUA U GGAGGAACAC CAGUGGCGAA GGCGGCUCUC UGGUCUGUAA CUGACGCUGA GGCUCGAAAG CGUGGGGAGC AAACAGGAU UAGAUACCCU GGUAGUCCAC GCCGUAAACG AUGAGUGCUA AGUGUUGGAG GGUUUCCGCC CUUCAGUGCU GCAGCAAACG CAUUAAGCA CUCCGCCUGG GGAGUACGAC CGCAAGGUUG AAACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGUGGA G CAUGUGGU UUAAUUCGAA GCAACGCGAA GAACCUUACC AGGUCUUGAC AUCCUUUGAC CACUCUAGAG AUAGAGCUUU CC CUUCGGG GACAAAGUGA CAGGUGGUGC AUGGUUGUCG UCAGCUCGUG UCGUGAGAUG UUGGGUUAAG UCCCGCAACG AGC GCAACC CUUAUUGUUA GUUGCCAUCA UUUAGUUGGG CACUCUAGCG AGACUGCCGG UGACAAACCG GAGGAAGGUG GGGA UGACG UCAAAUCAUC AUGCCCCUUA UGACCUGGGC UACACACGUG CUACAAUGGG AAGUACAACG AGUCGCUAGA CCGCG AGGU CAUGCAAAUC UCUUAAAGCU UCUCUCAGUU CGGAUUGCAG GCUGCAACUC GCCUGCAUGA AGCCGGAAUC GCUAGU AAU CGCGGAUCAG CACGCCGCGG UGAAUACGUU CCCGGGCCUU GUACACACCG CCCGUCACAC CACGAGAGUU UGUAACA CC CGAAGUCGGU GAGGUAACCU UUUUGGAGCC AGCCGCCUAA GGUGGGAUAG AUGAUUGGGG UGAAGUCGUA ACAAGGUA G CCGUAUCGGA AGGUGCGGCU GGAUCACCUC CUCCUCC

+
分子 #32: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 32
詳細: Sequence unknown. Likely a mixture of several mRNA sequences.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
分子量理論値: 6.21985 KDa
配列文字列:
GGAGGUAAAA AAAUGACAA

+
分子 #52: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #53: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 152 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #54: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 186 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #55: 1,4-DIAMINOBUTANE

分子名称: 1,4-DIAMINOBUTANE / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 1 / 式: PUT
分子量理論値: 88.151 Da
Chemical component information

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン / プトレシン

+
分子 #56: SPECTINOMYCIN

分子名称: SPECTINOMYCIN / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 1 / 式: SCM
分子量理論値: 332.35 Da
Chemical component information

ChemComp-SCM:
SPECTINOMYCIN / スペクチノマイシン / 抗生剤*YM / スペクチノマイシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 9
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Grid was prepared by four applications of elution fraction from affinity purification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3639 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 30.255 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 203231
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Initial model generated with RELION.
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 18512
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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