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- EMDB-11079: Helical reconstruction of influenza A virus M1 in complex with nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11079
タイトルHelical reconstruction of influenza A virus M1 in complex with nucleic acid
マップデータsymmetrised helical reconstruction map
試料
  • 複合体: Helical reconstruction of influenza A virus M1 protein in complex with nucleic acid
    • タンパク質・ペプチド: Matrix protein 1
キーワードM1 / Matrix protein (基質タンパク質) / Influenza virus (オルトミクソウイルス科) / Assembly / ribonucleoprotein complex (核タンパク質) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / 出芽 / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / 出芽 / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xiong X / Qu K / Briggs JAG
資金援助 英国, European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432European Union
German Research Foundation (DFG)240245660 - SFB1129 ドイツ
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: The native structure of the assembled matrix protein 1 of influenza A virus.
著者: Julia Peukes / Xiaoli Xiong / Simon Erlendsson / Kun Qu / William Wan / Leslie J Calder / Oliver Schraidt / Susann Kummer / Stefan M V Freund / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by ...Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by forming an endoskeleton beneath the virus membrane. The structure of full-length M1, and how it oligomerizes to mediate the assembly of virions, is unknown. Here we determine the complete structure of assembled M1 within intact virus particles, as well as the structure of M1 oligomers reconstituted in vitro. We find that the C-terminal domain of M1 is disordered in solution but can fold and bind in trans to the N-terminal domain of another M1 monomer, thus polymerizing M1 into linear strands that coat the interior surface of the membrane of the assembling virion. In the M1 polymer, five histidine residues-contributed by three different monomers of M1-form a cluster that can serve as the pH-sensitive disassembly switch after entry into a target cell. These structures therefore reveal mechanisms of influenza virus assembly and disassembly.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: The native structure of the full-length, assembled influenza A virus matrix protein, M1.
著者: Peukes J / Xiong X / Erlendsson S / Qu K / Wan W / Calder LJ / Schraidt O / Kummer S / Freund SMV / Krausslich HG / Briggs JAG
履歴
登録2020年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0114
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0114
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z5l
  • 表面レベル: 0.0114
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6z5l
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11079.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11079.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈symmetrised helical reconstruction map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0114 / ムービー #1: 0.0114
最小 - 最大-0.01972976 - 0.052892283
平均 (標準偏差)0.0007184917 (±0.0037097456)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 564.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z564.000564.000564.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0200.0530.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11079_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical reconstruction of influenza A virus M1 protein in complex...

全体名称: Helical reconstruction of influenza A virus M1 protein in complex with nucleic acid
要素
  • 複合体: Helical reconstruction of influenza A virus M1 protein in complex with nucleic acid
    • タンパク質・ペプチド: Matrix protein 1

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超分子 #1: Helical reconstruction of influenza A virus M1 protein in complex...

超分子名称: Helical reconstruction of influenza A virus M1 protein in complex with nucleic acid
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Influenza A M1 in complex with 6.4 Kb DNA plasmid
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 28 KDa

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分子 #1: Matrix protein 1

分子名称: Matrix protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 28.97143 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSLLTEVETY VLSIIPSGPL KAEIAQRLED VFAGKNTDLE VLMEWLKTRP ILSPLTKGIL GFVFTLTVPS ERGLQRRRFV QNALNGNGD PNNMDKAVKL YRKLKREITF HGAKEISLSY SAGALASCMG LIYNKMGAVT TEVAFGLVCA TCEQIADSQH R SHRQMVTT ...文字列:
MSLLTEVETY VLSIIPSGPL KAEIAQRLED VFAGKNTDLE VLMEWLKTRP ILSPLTKGIL GFVFTLTVPS ERGLQRRRFV QNALNGNGD PNNMDKAVKL YRKLKREITF HGAKEISLSY SAGALASCMG LIYNKMGAVT TEVAFGLVCA TCEQIADSQH R SHRQMVTT TNPLIRHENR MVLASTTAKA MEQMAGSSEQ AAEAMEVASQ ARQMVQAMRT IGTHPSSSAG LKNDLLENLQ AY QKRMGVQ MQRFKLEHHH HHH

UniProtKB: Matrix protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 10
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
100.0 mMC2H5NO2glycineグリシン
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: sample was applied 3 times each with 30s adsorption time.
詳細M1 at 0.1 mg/ml plasmid DNA at 0.25 mg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2347 / 平均電子線量: 47.1 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 463152 / ソフトウェア - 名称: SPRING (ver. 0.86)
ソフトウェア - 詳細: Used for selecting segments of similar diameters
詳細: Manual picking
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.08413 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -11.1081 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 17984

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1aa7


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 37.9 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6z5l:
Helical reconstruction of influenza A virus M1 in complex with nucleic acid.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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