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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0287 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat mutant | |||||||||
マップデータ | Pol epsilon deltacat | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / 遺伝子変換 / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling ...DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / 遺伝子変換 / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / DNA複製 / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / 細胞周期 / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Goswami P / Nans A / Costa A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of DNA-CMG-Pol epsilon elucidates the roles of the non-catalytic polymerase modules in the eukaryotic replisome. 著者: Panchali Goswami / Ferdos Abid Ali / Max E Douglas / Julia Locke / Andrew Purkiss / Agnieszka Janska / Patrik Eickhoff / Anne Early / Andrea Nans / Alan M C Cheung / John F X Diffley / Alessandro Costa / 要旨: Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, ...Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, Dpb2, Dpb3, Dpb4. While a truncation of the catalytic N-terminal Pol2 supports cell division, Dpb2 and C-terminal Pol2 (C-Pol2) are essential for viability. Dpb2 and C-Pol2 are non-catalytic modules, shown or predicted to be related to an exonuclease and DNA polymerase, respectively. Here, we present the cryo-EM structure of the isolated C-Pol2/Dpb2 heterodimer, revealing that C-Pol2 contains a DNA polymerase fold. We also present the structure of CMG/C-Pol2/Dpb2 on a DNA fork, and find that polymerase binding changes both the helicase structure and fork-junction engagement. Inter-subunit contacts that keep the helicase-polymerase complex together explain several cellular phenotypes. At least some of these contacts are preserved during Pol epsilon-dependent CMG assembly on path to origin firing, as observed with DNA replication reconstituted in vitro. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0287.map.gz | 15.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0287-v30.xml emd-0287.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0287.png | 121.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0287 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0287 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0287.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Pol epsilon deltacat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C-Pol2+C-Dpb2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C-Pol2+C-Dpb2) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: DNA polymerase epsilon subunit B
分子 | 名称: DNA polymerase epsilon subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 78.408758 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD ...文字列: MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD YFKVINASQQ QRFSYNPHKM QFIFVPNKKQ NGLGGIAGFL PDIEDKVQMF LTRYYLTNDR VMRNENFQNS DM FNPLSSM VSLQNELSNT NRQQQSSSNS ITPIKNLLGR DAQNFLLLGL LNKNFKGNWS LEDPSGSVEI DISQTIPTQG HYY VPGCMV LVEGIYYSVG NKFHVTSMTL PPGERREITL ETIGNLDLLG IHGISNNNFI ARLDKDLKIR LHLLEKELTD HKFV ILGAN LFLDDLKIMT ALSKILQKLN DDPPTLLIWQ GSFTSVPVFA SMSSRNISSS TQFKNNFDAL ATLLSRFDNL TENTT MIFI PGPNDLWGSM VSLGASGTLP QDPIPSAFTK KINKVCKNVV WSSNPTRIAY LSQEIVIFRD DLSGRFKRHR LEFPFN ESE DVYTENDNMM SKDTDIVPID ELVKEPDQLP QKVQETRKLV KTILDQGHLS PFLDSLRPIS WDLDHTLTLC PIPSTMV LC DTTSAQFDLT YNGCKVINPG SFIHNRRARY MEYVPSSKKT IQEEIYI |
-分子 #2: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
分子 | 名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 104.984844 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: SMIRKQAESY ANSTWEVLQY KDSGEPGVLE VFVTINGKVQ NITFHIPKTI YMKFKSQTMP LQKIKNCLIE KSSASLPNNP KTSNPAGGQ LFKITLPESV FLEEKENCTS IFNDENVLGV FEGTITPHQR AIMDLGASVT FRSKAMGALG KGIQQGFEMK D LSMAENER ...文字列: SMIRKQAESY ANSTWEVLQY KDSGEPGVLE VFVTINGKVQ NITFHIPKTI YMKFKSQTMP LQKIKNCLIE KSSASLPNNP KTSNPAGGQ LFKITLPESV FLEEKENCTS IFNDENVLGV FEGTITPHQR AIMDLGASVT FRSKAMGALG KGIQQGFEMK D LSMAENER YLSGFSMDIG YLLHFPTSIG YEFFSLFKSW GDTITILVLK PSNQAQEINA SSLGQIYKQM FEKKKGKIET YS YLVDIKE DINFEFVYFT DISKLYRRLS QETTKLKEER GLQFLLLLQS PFITKLLGTI RLLNQMPIVK LSLNEVLLPQ LNW QPTLLK KLVNHVLSSG SWISHLIKLS QYSNIPICNL RLDSMDYIID VLYARKLKKE NIVLWWNEKA PLPDHGGIQN DFDL NTSWI MNDSEFPKIN NSGVYDNVVL DVGVDNLTVN TILTSALIND AEGSDLVNNN MGIDDKDAVI NSPSEFVHDA FSNDA LNVL RGMLKEWWDE ALKENSTADL LVNSLASWVQ NPNAKLFDGL LRYHVHNLTK KALLQLVNEF SALGSTIVYA DRNQIL IKT NKYSPENCYA YSQYMMKAVR TNPMFSYLDL NIKRYWDLLI WMDKFNFSGL ACIEIEEKEN QDYTAVSQWQ LKKFLSP IY QPEFEDWMMI ILDSMLKTKQ SYLKLNSGTQ RPTQIVNVKK QDKEDSVENS LNGFSHLFSK PLMKRVKKLF KNQQEFIL D PQYEADYVIP VLPGSHLNVK NPLLELVKSL CHVMLLSKST ILEIRTLRKE LLKIFELREF AKVAEFKDPS LSLVVPDFL CEYCFFISDI DFCKAAPESI FSCVRCHKAF NQVLLQEHLI QKLRSDIESY LIQDLRCSRC HKVKRDYMSA HCPCAGAWEG TLPRESIVQ KLNVFKQVAK YYGFDILLSC IADLT |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 161376 |
詳細 | Volta phase plate |